我经常发现自己写的R脚本会产生大量输出。 我发现它更干净,可以将此输出放到自己的目录中。 我在下面编写的内容将检查目录是否存在并移入该目录,或者创建目录然后移入该目录。 有没有更好的方法来解决这个问题?
mainDir
subDir
if (file.exists(subDir)){
setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))
}
#1楼
就一般体系结构而言,我建议在目录创建方面采用以下结构。 这将涵盖大多数潜在的问题,并且dir.create调用将检测到目录创建的其他任何问题。
mainDir
subDir
if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
cat("subDir exists in mainDir but is a file")
# you will probably want to handle this separately
} else {
cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}
if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
# By this point, the directory either existed or has been successfully created
setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
cat("subDir does not exist")
# Handle this error as appropriate
}
还要注意,如果~/foo不存在,则除非指定recursive = TRUE否则对dir.create('~/foo/bar') recursive = TRUE将失败。
#2楼
要找出路径是否为有效目录,请尝试:
file.info(cacheDir)[1,"isdir"]
file.info不在意最后的斜线。
如果目录中以斜杠结尾,则Windows上的file.exists将失败,如果没有该目录,则成功。 因此,这不能用于确定路径是否为目录。
file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE
file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE
file.info(cacheDir)["isdir"]
#3楼
从2015年4月16日开始,随着R 3.2.0的发布,有一个名为dir.exists()的新函数。 要使用此功能并创建目录(如果目录不存在),可以使用:
ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)
如果目录已经存在或无法创建,则返回FALSE如果目录不存在但创建成功,则返回TRUE 。
请注意,只需检查目录是否存在,即可使用
dir.exists(file.path(mainDir, subDir))
#4楼
在原始文章中,使用file.exists()来测试目录是否存在是一个问题。 如果subDir包含现有文件的名称(而不只是路径),file.exists()将返回TRUE,但是对setwd()的调用将失败,因为您无法将工作目录设置为指向文件。
我建议使用file_test(op =“-d”,subDir),如果subDir是现有目录,它将返回“ TRUE”,但是如果subDir是现有文件或不存在的文件或目录,则返回FALSE。 同样,可以使用op =“-f”完成文件检查。
此外,如另一条评论中所述,工作目录是R环境的一部分,应由用户而不是脚本控制。 理想情况下,脚本不应更改R环境。 为了解决这个问题,我可以使用options()将全局存储的目录存储在我想要所有输出的位置。
因此,请考虑以下解决方案,其中someUniqueTag只是选项名称的程序员定义的前缀,这使得不太可能已经存在具有相同名称的选项。 (例如,如果要开发一个名为“ filer”的软件包,则可以使用filer.mainDir和filer.subDir)。
以下代码将用于设置以后可在其他脚本中使用的选项(从而避免在脚本中使用setwd()),并在必要时创建文件夹:
mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"
options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")
if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
} else {
dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}
}
然后,在需要在subDir中操作文件的任何后续脚本中,都可以使用类似以下内容的代码:
mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))
该解决方案将工作目录置于用户的控制之下。
#5楼
我遇到了R 2.15.3的问题,当尝试在共享网络驱动器上递归创建树结构时,会出现权限错误。
为了避免这种怪异,我手动创建了结构。
mkdirs
if(!file.exists(fp)) {
mkdirs(dirname(fp))
dir.create(fp)
}
}
mkdirs("H:/foo/bar")