access2013数据库实验笔记_10X单细胞转录组数据都分析那么多了，实验过程要不要了解一下...

因为10X仪器的商业化成功，目前大家的单细胞转录组课题基本上都是10X数据，所以我在单细胞天地分享了一系列相关教程，希望可以接地气的帮助大家，如下：

• 我的课题只有一个10x样本肿么办？

• 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略

• 三个10X单细胞转录组样本CCA整合

• 多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包

在教程：使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本  和 seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比 我其实展示了如果10X的样本效应被去除，应该是什么样的效果。还有10X建库的时候混样的例子，明天我们再介绍。

也有从建库测序的fastq数据走cellranger流程的详细教程，如下：

• 单细胞实战(一)数据下载

• 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项

• 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探

• 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览

• 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果

得到表达矩阵标准3个文件，再走前面的下游分析教程。不管是上下游，都是数据分析阶段了，难道你不感兴趣你分析的数据是如何产生的吗？

联川生物的单细胞组织消化解离的详细步骤视频

圈内好友推送了联川生物的单细胞组织消化解离的详细步骤视频，希望本视频能够给那些在组织消化和单细胞悬液制备遇到困难的实验室小伙伴以启示，部分细节镜头停留时间较长。

本视频以10×Genomic平台的单细胞转录组为例，涉及的主要实验步骤都记录在了视频中，步骤包括

• 1.    文献资料查询，样本解离方案确定；

• 2.    样品接收(样品接收时的温度检测记录)；

• 3.    组织解离器具准备；

• 4.    组织剪切和清洗(去除血渍等，剪切程度，过筛)；

• 5.    酶液中组织的消化(组织转移，水浴，计时，中间观察)；

• 6.    离心收集细胞(离心)；

• 7.    去除死细胞提高细胞活率；

• 8.    自动化细胞技术仪对细胞进行计数；

• 9.    10×芯片进样操作和上机操作

• 10. 生成的GEM(油包水)转移回收

视频获取方式

在单细胞 天地后台回复 实验 即可拿到视频

还有一个惊喜

联川生物即将上市的工具书《单细胞测序一本通》的第五章，会有将近50页的篇幅为大家详细描述组织解离和单细胞悬液制备的各种细节。

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另外告诉大家一个好消息，联川生物的《单细胞测序工具书》已经新鲜出炉少量，大规模印刷正在紧急进行中。

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领取方式

想在新书上市第一时间内拿到本书的朋友，在单细胞天地本推文的留言区集赞即可，总赞数量超过38的前8名可以拿到联川生物的《单细胞测序工具书》，小编会联系符合资格的8位朋友提交收货地址。

活动截止时间：2020年1月9日17:30。

另外，虽然我们只有8个名额，但是 https://mp.weixin.qq.com/s/admQyO9fnnOVfxRQiqFYGQ 联川生物他们公司自己有66个名额，也欢迎大家前去碰碰运气哦。

我们单细胞天地有数据分析的完整文字版教程了

第一单元：文献背景及课程介绍

• (一)听说课程配笔记，学习无压力

• (二)单细胞转录组学习笔记-2

• (三)单细胞转录组上游分析之shell回顾

• (四)获取Github代码包以及准备工作

第二单元：常规转录组基础知识回顾

• (五)常说的表达矩阵，那得到之后呢？

• (六)由表达矩阵看内部异质性

• (七)重复平均表达量和变异系数相关性散点图

• (八)聚类算法之PCA与tSNE

• (九)统计细胞检测的基因数量

• (十)乳腺癌领域之PAM50分类

• (十一)生物学背景知识之细胞周期推断

• (十二)RPKM概念及计算方法

• (十三)差异分析及KEGG注释简介

第三单元：单细胞3大R包的学习

• (十四)学习scRNAseq这个R包

• (十五)利用scRNAseq包学习scater

• (十六)用Scater包分析文章数据

• (十七)用Seurat包分析文章数据(二)

• (十八)scRNA包学习Monocle2

• (十九)使用monocle2分析文章数据

第四单元：重复文章图表

• (二十)使用作者代码重复结果

第五单元：结合公共数据库

• (二十一)基因在任意癌症表达量相关性

• (二十二)评估任意基因集在癌症的表现

• (二十三)多个基因集相关性热图

第二期单细胞视频笔记汇总

免疫治疗

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记1-前言

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记-2-配置Seurat的R语言环境

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-Seurat标准流程

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记-4-细胞亚群的生物学命名

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记-5-差异分析及可视化

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记-6-marker基因的表达量可视化

• 10X scRNA免疫治疗学习笔记-7-条条道路通罗马—单细胞分群分析

发育

• scRNA小鼠发育Smartseq2流程—前言及上游介绍

• 根据表达矩阵进行分群-1

• 根据表达矩阵进行分群-2

• 标记基因可视化

• 差异分析及功能注释(上)

• 差异分析及功能注释(下)

• 发育谱系推断及可视化

• 不同谱系的差异基因分类注释

单细胞基因组

• 单细胞基因组拷贝数变异流程

其它R包及笔记

• M3Drop

• 单细胞的qPCR

• 比较5种scRNA鉴定HVGs方法

• 单细胞分群后继续分亚群的一些例子

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