小鼠脑立体定位图谱_?Science|首个全生命周期人类胸腺细胞图谱，将助力细胞治疗...

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前沿分子生物学技术（29）

撰稿：偲忳

责编：文迪

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亮点：首次绘制出人类胸腺细胞图谱。

胸腺是T细胞发育和T细胞受体（TCR）形成的关键器官，T细胞是保护我们免受感染的免疫细胞。胸腺中T细胞的发育是空间协调的，这一过程是由构成胸腺微环境的多种细胞类型协调造成的。尽管已经使用多种动物模型来进行胸腺的研究，但如果没有人类胸腺的详细图谱，就无法正确理解人类免疫。

近日，由来自维康桑格研究所的Jong-Eun Park等人在science杂志上发表了题为‘A cell atlas of human thymic developmentdefines T cell repertoire formation’的文章。研究者通过对超过25万个细胞进行单细胞RNA测序，首次绘制出了全生命周期人类胸腺细胞图谱。

胸腺在建立适应性免疫和中枢耐受中起重要作用。该器官在生命早期退化，导致T细胞输出减少和与年龄相关的癌症、感染和自身免疫发病率提高。来自胎肝或骨髓的T细胞前体迁移到胸腺，在那里它们分化为各种类型的成熟T细胞。胸腺微环境协同支持T细胞分化。T细胞的发育涉及一个平行的过程，即T细胞的分期分化。这是通过从多个基因组拷贝中选择变量（V）、连接（J）和（在某些情况下）多样性（D）基因片段的基因组重组过程实现的。迄今为止，对VDJ重组的认识大多来自动物模型和人类外周血分析，而对人类胸腺疾病的图谱了解甚少。

为了提供一个完整的人类胸腺细胞图谱，研究者在人类发育、童年和成年期使用从胸腺分离的细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），采集了15个胚胎和胎儿胸腺，分别跨越了受孕后7周和17周的胸腺发育阶段，以及9个来自儿童和成人的出生后胸腺。利用从单细胞转录体中获得的标记基因，通过单分子荧光原位杂交（smFISH）对细胞状态进行了空间定位。为了提供人类和小鼠之间的系统比较，生成了出生后小鼠胸腺的单细胞数据，并将其与已有的小鼠数据集相结合。最后，为了研究人类TCR序列重组和选择的偏差，对TCR序列进行了丰富，结合TCR序列，在单细胞分辨率下重建T细胞发育轨迹。最后，提供了人类和小鼠胸腺细胞图谱的系统比较。

人类胸腺中有50多种不同的细胞状态。人类胸腺细胞状态在发育过程中以及在儿童和成人生命中的丰度和基因表达谱都发生动态变化。研究者鉴定了人类胸腺成纤维细胞和上皮细胞的新亚群，并对其进行原位定位。通过计算预测了人类T细胞从胎肝造血早期祖细胞发展到各种成熟T细胞类型的轨迹。利用这一轨迹，构建了一个假定的转录因子框架来决定T细胞的命运。在胸腺非常规T细胞中，发现CD8aa+T细胞有一个明显的亚群，以GNG4表达为标志，位于胸腺髓质周围。该亚群表达高水平的XCL1，并与XCR1+树突状细胞共定位。对人和小鼠胸腺细胞的比较显示了非常规T细胞类型的不同基因表达谱。最后，通过重组和多倍选择确定了人类VDJ的强烈偏差，包括CD8+T细胞的TCRa V-J偏差。

总之，胸腺单细胞转录组在整个人类生命周期和跨物种间提供了一个高分辨率的T细胞在自然组织微环境中发展的普查。人和小鼠胸腺的系统比较突出了人类特有的细胞状态和基因表达特征。详细的T细胞发育的胸腺生态位细胞网络将有助于建立体外器官培养模型，再现人体胸腺组织。