python医学图像可视化_医学图像预处理之可视化

1 前言

本文介绍两种医疗图像可视化的方案，一种是直接使用ITK-SNAP读取.nii.gz图像；另一种是使用python+SimpleITK将后缀名为.nii.gz转化成jgp的形式进行保存。虽然第二种方式即使用python+SimpleITK可以将医疗图像数据保存成JGP的形式，但是这种转化是有损失，所以如果你的目标是训练一个深度学习模型，我不建议采用这种方式。本文所使用的数据集为公开的胰腺分割数据集，其包含82个病人的胰腺数据集。

1.1 使用ITK-SNAP读取医疗图像

ITK-SNAP是一个用于三维医学图像分割的软件应用程序。它是宾夕法尼亚大学宾州图像计算与科学实验室(PICSL)的Paul Yushkevich博士和犹他大学科学计算与成像研究所(SCI)的Guido Gerig博士合作的产物，他的愿景是创造一个工具，将致力于一个特定的功能，分割，并将易于使用和学习。ITK-SNAP是免费的、开源的、多平台的，下载地址为http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP3。ITK-SNAP加载数据集之后初始界面如下：初始化界面中三张图分别表示某一个slice所对应的横断面、矢状面、冠状面截图。横断面表示的是从上往下看时，患者组织的截图；矢状面表示从左往右看时，患者组织的截图；冠状面表示从前往后看时，患者组织的截图；如图3所示。我们可以发现直接观察图像时，各个组织对比不是很明显，此时可以通过调整窗宽、窗位来使得组织之间的差异性变大，具体操作如图2所示。