xshell开启文件服务器的命令,Xshell登陆服务器及Linux的简单命令

在之前的推文中，我已经给出了怎样利用Git登陆服务器”你在用xshell，putty登陆？推荐一个小工具(Git)登陆“其中包括xshell登陆服务器。今天讲讲常见的Linux命令，这个和之前将的利用Git中有很大一部分是一样的。

在命令中用到#井号表示注释，对该命令进行解释

#ls表示显示当前目录的文件

smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ lsgenome script1

#cd表示进入指定目录

smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ cd genome/

smyang@VM-0-2-ubuntu:~/genome$ lsmuxu

#进入到上一级目录

#cd ..smyang@VM-0-2-ubuntu:~/genome$ cd ..

#夸目录对指定文件夹的文件进行演示

#ls

#ls genome/muxu/

smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ ls genome/muxu/gene_location.txt Mtruncatula_285_Mt4.0v1.cds.fa Mtruncatula_285_Mt4.0v1.protein.fa muxu_ofp_22_id.txt Mtruncatula_285_Mt4.0.fa Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3 muxu.gff3 smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ ls genome/muxu/

#查看指定目录下文件：

less genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3

smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ less genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3

smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ less -SN genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3

常用简单命令

#表示清除该行

ctrl+u

#表示清屏，并不是清除记录

ctrl+l

#创建一个名为smyang的文件夹

mkdir smyang

#删除文件夹

rm -r smyang

#创建一个文件smyang.txt并进行保存

vi smyang.txtihello mayishengxinEscshift+;wq

#删除文件

rm smyang.txt7

#显示当前文件ls

#进入上级目录

cd ..

#上上一级

cd ../../

#进入上两级

#显示指定目录下的文件

ls ./genome/10

#显示文件内容

less filename.txtless -SN filename.txt

在Linux中双击文件或者文件名表示复制，之后鼠标右键即可粘贴

#合并文件cat file1.txt file2.txt > all.txt#读取文件cat file.txt#查看文件有多少行wc -l file.txt

所以使用Git也是一样的，相当于模拟Linux环境，部分命令是可以使用的

#$ df -h

Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on

C:/Program Files/Git 100G 79G 22G 79% /

D: 133G 104G 30G 79% /d

E: 133G 106G 28G 80% /e

H: 3.7T 2.9T 793G 79% /h

#当然wget也是可以用的，这个是在windows中，同样可以用wget

请参考：http://www.gzxuexi.xyz/?p=450

$ wget -h

GNU Wget 1.20.3, a non-interactive network retriever.

Usage: wget [OPTION]... [URL]...

Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.

#######################################################################

BLAST比对得到目标序列，主要分为两步：建库和比对

建库

makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -out databasename

#-in 输入需要建库的数据

#-dbtype 输入建库的类型，如果是核酸就用nucl,如何是蛋白prot

#-out 输出建库的名称

比对

tblastn -query at_tps_pep.fa -out tps.fasta.bls -db transcript.fa -outfmt 6 -evalue 1e-10

#tblastn表示比对是蛋白比对到核酸数据库中

#-query表示需要比对的数据

#-out表示比对输出结果

#-db表示上一步建库的名称

-outfmt表示输出的格式

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