对于 OTU 矩阵这样稀疏的组成数据,我们往往会用专门的统计方法来计算其相关性,进行网络分析,一般最常用的就是 SparCC
,但其性能限制了高维数据集交互网络的计算。FastSpar
在 SparCC
算法的基础上进行改进,用 C++ 将算法重写,使其更为高效且支持并行运算。与 SparCC
相比,FastSpar
的运算结果几乎相同,同时可将计算时间减少 2-3 个数量级,并且占用内存更少。
GitHub 地址:https://github.com/scwatts/FastSpar
软件安装
FastSpar
可以通过预编译的二进制文件,Bioconda 或从源代码安装。
GNU/Linux
对于大多数 64 位 linux 发行版(例如 Ubuntu,Debian,RedHat 等),使用 FastSpar
最简单方法就是直接下载二进制文件。
Bioconda
conda install -c bioconda -c conda-forge fastspar