这篇博客介绍了如何使用R语言的vegan和pheatmap库来绘制不进行列聚类的多样性热图。首先，加载必要的包，然后计算Bray-Curtis相似性矩阵。接着，对数据进行重抽样均一化处理，并设置图例和颜色方案。最后，通过pheatmap函数绘制热图，其中设置了不进行列聚类，同时展示了如何自定义注释和颜色。
#载入packages
library(vegan) #计算矩阵
library(pheatmap) #绘图, 虽然这个package也可以计算矩阵, 但方法不适于生物多样性分析
library(RColorBrewer) #这个package提供"渐变(seq)", "极端(div)", "离散(qual)" 三种好用的配色方案
#读入community 矩阵, 行为样本, 列为OTUs. 将输入的数据赋值给"fcommunity", 第一行row为变量名, 第一列为行名
fcommunity
#
#(1)计算bray-curtis dissimilarity matrix, 并赋值给"fbray.dist", 算矩阵的时候OTU数量"0", 绘图时置换成"NA"
fbray.dist
#(2)已有矩阵: 由于计算多样性时, 样本测序深度(序列数)差异会造成α多样性差异(同理对β多样性也有影响?), 所以要按OTU最少的样本进行重抽样将数据均一化, MOTHUR可以实现这个功能, 所以我用MOTHUR计算的Bray-crutis dissimilarity distance. 在vegan中, 这个功能怎么实现?
fbray.dist
#设置annotation:
ann_row=data.frame(SampleSites=factor(rep(c("xx1", "xx2", "xx3"), c(3, 3, 3))))
rownames(fcommunity)=paste("Groups", 1:9, sep="")
rownames(annotation_row)=paste("Groups", 1:
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