层次聚类python实现_Python机器学习——Agglomerative层次聚类

层次聚类(hierarchical clustering)可在不同层次上对数据集进行划分，形成树状的聚类结构。AggregativeClustering是一种常用的层次聚类算法。

其原理是：最初将每个对象看成一个簇，然后将这些簇根据某种规则被一步步合并，就这样不断合并直到达到预设的簇类个数。这里的关键在于：如何计算聚类簇之间的距离？

由于每个簇就是一个集合，因此需要给出集合之间的距离。给定聚类簇Ci,CjCi,Cj，有如下三种距离：

最小距离：

dmin(Ci,Cj)=minx⃗ i∈Ci,x⃗ j∈Cjdistance(x⃗ i,x⃗ j)dmin(Ci,Cj)=minx→i∈Ci,x→j∈Cjdistance(x→i,x→j)

它是两个簇的样本对之间距离的最小值。

最大距离：

dmax(Ci,Cj)=maxx⃗ i∈Ci,x⃗ j∈Cjdistance(x⃗ i,x⃗ j)dmax(Ci,Cj)=maxx→i∈Ci,x→j∈Cjdistance(x→i,x→j)

它是两个簇的样本对之间距离的最大值。

平均距离：

davg(Ci,Cj)=1|Ci||Cj|∑x⃗ i∈Ci∑x⃗ j∈Cjdistance(x⃗ i,x⃗ j)davg(Ci,Cj)=1|Ci||Cj|∑x→i∈Ci∑x→j∈Cjdistance(x→i,x→j)

它是两个簇的样本对之间距离的平均值。

当该算法的聚类簇采用dmindmin时，称为单链接single-linkage算法，当该算法的聚类簇采用dmaxdmax时，称为单链接complete-linkage算法，当该算法的聚类簇采用davgdavg时，称为单链接average-linkage算法。

下面给出算法：

输入：

数据集D=D={x⃗ 1,x⃗ 2,...,x⃗ Nx→1,x→2,...,x→N}

聚类簇距离度量函数

聚类簇数量KK

输出：簇划分C=C={C1,C2,...,CKC1,C2,...,CK}

算法步骤如下：

初始化：将每个样本都作为一个簇

Ci=[x⃗ i],i=1,2,...,NCi=[x→i],i=1,2,...,N

迭代：终止条件为聚类簇的数量为K。迭代过程如下：

计算聚类簇之间的距离，找出距离最近的两个簇，将这两个簇合并。

Python实战

AgglomerativeClustering是scikit-learn提供的层级聚类算法模型，其原型为：

class sklearn.cluster.AgglomerativeClustering(n_clusters=2, affinity=’euclidean’, memory=None, connectivity=None, compute_full_tree=’auto’, linkage=’ward’, pooling_func=)

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参数

n_clusters：一个整数，指定分类簇的数量

connectivity：一个数组或者可调用对象或者None，用于指定连接矩阵

affinity：一个字符串或者可调用对象，用于计算距离。可以为：’euclidean’，’l1’，’l2’，’mantattan’，’cosine’，’precomputed’，如果linkage=’ward’，则affinity必须为’euclidean’

memory：用于缓存输出的结果，默认为不缓存

n_components：在 v-0.18中移除

compute_full_tree：通常当训练了n_clusters后，训练过程就会停止，但是如果compute_full_tree=True，则会继续训练从而生成一颗完整的树

linkage：一个字符串，用于指定链接算法

‘ward’：单链接single-linkage，采用dmindmin

‘complete’：全链接complete-linkage算法，采用dmaxdmax

‘average’：均连接average-linkage算法，采用davgdavg

pooling_func：一个可调用对象，它的输入是一组特征的值，输出是一个数

属性

labels：每个样本的簇标记

n_leaves_：分层树的叶节点数量

n_components：连接图中连通分量的估计值

children：一个数组，给出了每个非节点数量

方法

fit(X[,y])：训练样本

fit_predict(X[,y])：训练模型并预测每个样本的簇标记

from sklearn import cluster

from sklearn.metrics import adjusted_rand_score

import numpy as np

import matplotlib.pyplot as plt

from sklearn.datasets.samples_generator import make_blobs

"""

产生数据

"""

def create_data(centers,num=100,std=0.7):

X,labels_true = make_blobs(n_samples=num,centers=centers, cluster_std=std)

return X,labels_true

"""

数据作图

"""

def plot_data(*data):

X,labels_true=data

labels=np.unique(labels_true)

fig=plt.figure()

ax=fig.add_subplot(1,1,1)

colors='rgbycm'

for i,label in enumerate(labels):

position=labels_true==label

ax.scatter(X[position,0],X[position,1],label="cluster %d"%label),

color=colors[i%len(colors)]

ax.legend(loc="best",framealpha=0.5)

ax.set_xlabel("X[0]")

ax.set_ylabel("Y[1]")

ax.set_title("data")

plt.show()

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这里写代码片

"""

测试函数

"""

def test_AgglomerativeClustering(*data):

X,labels_true=data

clst=cluster.AgglomerativeClustering()

predicted_labels=clst.fit_predict(X)

print("ARI:%s"% adjusted_rand_score(labels_true, predicted_labels))

"""

考察簇的数量对于聚类效果的影响

"""

def test_AgglomerativeClustering_nclusters(*data):

X,labels_true=data

nums=range(1,50)

ARIS=[]

for num in nums:

clst=cluster.AgglomerativeClustering(n_clusters=num)

predicted_lables=clst.fit_predict(X)

ARIS.append(adjusted_rand_score(labels_true, predicted_lables))

fig=plt.figure()

ax=fig.add_subplot(1,1,1)

ax.plot(nums,ARIS,marker="+")

ax.set_xlabel("n_clusters")

ax.set_ylabel("ARI")

fig.suptitle("AgglomerativeClustering")

plt.show()

"""

考察链接方式对聚类结果的影响

"""

def test_agglomerativeClustering_linkage(*data):

X,labels_true=data

nums=range(1,50)

fig=plt.figure()

ax=fig.add_subplot(1,1,1)

linkages=['ward','complete','average']

markers="+o*"

for i,linkage in enumerate(linkages):

ARIs=[]

for num in nums:

clst=cluster.AgglomerativeClustering(n_clusters=num,linkage=linkage)

predicted_labels=clst.fit_predict(X)

ARIs.append(adjusted_rand_score(labels_true, predicted_labels))

ax.plot(nums,ARIs,marker=markers[i],label="linkage:%s"%linkage)

ax.set_xlabel("n_clusters")

ax.set_ylabel("ARI")

ax.legend(loc="best")

fig.suptitle("AgglomerativeClustering")

plt.show()

centers=[[1,1],[2,2],[1,2],[10,20]]

X,labels_true=create_data(centers, 1000, 0.5)

test_AgglomerativeClustering(X,labels_true)

plot_data(X,labels_true)

test_AgglomerativeClustering_nclusters(X,labels_true)

test_agglomerativeClustering_linkage(X,labels_true)

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可以看到当n_clusters=4时，ARI指数最大，因为确实是从四个中心点产生的四个簇。

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可以看到，三种链接方式随分类簇的数量的总体趋势相差无几。但是单链接方式ward的峰值最大

python实现一个层次聚类方法

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