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docker的原理是什么?我也不知道呀!!!
我只是知道这个东西比虚拟机,conda什么的都要好用。
为什么?
因为它解决了一个对我们这些生信小白和编程小白来说最致命的问题,那就是软件安装的问题(软件间的不兼容或者缺少必要的插件等等)。当你下载一个软件准备大干一场时,发现安装时出现一堆天书一般的报错代码,是不是想si,哈哈。
其次,有了它,你在window上再也不用安装虚拟机(其实他就是相当于安装了一个虚拟机,但是功能更加强大),同时它的启动也是快的飞起。
说了这么多怎么下载呢?直接去官网即可(https://hub.docker.com/),值得注意的是docker有两个版本,docker desktop和docker toolbox。现在大多数使用的都是desktop版本的,toolbox是相对古老的版本。但是如果你的电脑系统是window家庭版的安装desktop就很费劲(以前是不能安装的,但现在网上有些人说可以安装,具体我也没试过不清楚)。
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docker使用:
我自己电脑是mac所以安装比较方便,window安装好还需要调整一些设置,比如Hyper-V和CPU虚拟化,这里不赘述,自己百度吧。
在官网查找自己感兴趣的镜像(其实你不必纠结镜像到底什么,说实话我也不知道是什么),总之你就只需要按照自己的需求来搜索镜像,比如这里我们想做RNA-seq,就直接搜索rna-seq,就可以看到很多镜像下载就可以了。一般好点的镜像都会说明有哪些软件。同时可以在终端内查找镜像下载,不过都要利用同样的命令行。
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基本命令,
查看本地镜像:
docker images
搜索镜像:xxx想查找的镜像
docker search xxx
下载镜像:xxx同上
docker pull xxx
运行镜像:
container是一个运行images的基础,在你使用下面命令电脑会自动生产一个container。
一定注意这个命令,否则无法访问自己的本地文件呀!
docker run -it --rm -v $PWD:/xxx xxxxx:latest
# -i
# -t
# --rm 运行完镜像后删除container,感兴趣可以了解一下container
# -v 共享本地文件 $PWD:共享文件的位置 /xxx 随便写,就是个存放共享文件的临时文件名而已
#:latest 可以不加,问题不大
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删除镜像:
docker rmi -f xxx
#xxx 想删除的镜像
# -f 强制删除
列出当前运行的容器:
docker ps
# -a 列出所有的容器
# -f 列出最近一次启动的容器
综上所述,docker真的是比较好的一个软件,为我们生信人解决了不少烦心事,而且可以同时开始多个images相当于同时开多个虚拟机但不会卡。
第一次发生信的文章,内心忐忑,毕竟知乎上面大神太多,哈哈。如果对文章有疑问欢迎留言,要是文章有错误还请大家批评指正。