clusterProfiler包用于富集分析和可视化是非常好用的,语法简洁而统一。
但是使用clusterProfiler包进行富集分析并绘图有时会遇到一个情况:一个富集分析的Terms的长度太长,会导致图片的轴标题或者legend很长,就会压缩了主绘图区域的显示。
一个示意图如下图所示,其实此图中的GO Terms长度相对是可以接受,实际情况下可能会遇到非常长的GO Terms,导致整个图的比例非常失调。
如果可以按照一定的长度折叠过长的GO Terms的话,那么这个问题就能得到解决了。
library(tidyverse)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
data(geneList, package="DOSE")
gene 2]
ego universe = names(geneList),
OrgDb = org.Hs.eg.db,
ont = "BP",
pAdjustMethod = "BH",
pvalueCutoff = 0.01,
qvalueCutoff = 0.05,
readable = TRUE)
dotplot(e