python中整型怎么样计算长度_Python如何计算序列长度

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根据你之前的问题，假定你的数62616964757a686964616fe58685e5aeb931333335313731据符合这种格式：>SeqName1

Seq1

>SeqName2

Seq2

...

这里不要求Seq1只占一行(即允许其中有换行符出现)。假如Seq总是只占一行的话，其实就是奇数行是名字，偶数行是序列本体而已，读取不要太简单……

以下是简单的实现。考虑到文件可能很大，使用迭代来逐个读入数据。文件较小的情况可以使用列表表达式直接实现- -。

遍历文件时的流程：

如当前行以'>'开始，将其存为k(序列名称)，直到发现下一个序列名称为止的所有行，填入v(序列)。再次发现'>'开始的行时，将(k, v)存入字典，并将v清空。此外的是实现细节。注释之后太啰嗦了，对哪里有疑问请追问。fileFa = open("SEQ.FASTA", "r")

dic, k, v = {}, '', []

for i in fileFa:

if i.startswith('>'):

dic[k] = v

k = i[1:-1]

v = []

else:

v.append(i)

dic[k] = v

dic.pop('')

print "%s sequences in total" % len(dic)

for (k, v) in dic.items():

print("SEQUENCE: %s\nLENGTH:%s" % (k, sum(map(len, v))))

使用你上一问题提供的4个序列，输出如下：4 sequences in total

SEQUENCE: qwe56_44514

LENGTH:98

SEQUENCE: qwe56_44606

LENGTH:82

SEQUENCE: qwe56_44424

LENGTH:43

SEQUENCE: qwe56_869

LENGTH:39