前两天老板升级了组内的服务器,我换了硬盘,由于之前是ubuntu16.04 server版本的系统,R环境也是3.4,,相关R包等等版本比较旧。所以我决定重新安装一次系统并重新配置了rstudio-server环境。
3.5版本一下的运行很多新的R包或者工具已经不好用了,所以本次我安装R3.6.1版本的环境,配置了rstudio-server1.2。
R和rstudio
sudo apt install apt-transport-https software-properties-common
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
#更新
sudo apt update
sudo apt -y upgrade
sudo apt -y install r-base
这时候R语言成功安装到环境中了,这次我安装的是1.2版本
18.04 / Linux Mint
安装 rstudio server
get install gdebi-core
开启服务
server
在浏览器中访问
http:
安装R包
在安装R包之前先安装一下几个依赖:不像conda安装R一样,这种安装方式需要配制好多dev,我子这里将过程中报错需要的dev写到这里,大家如果要安装这几个R包,请一个别漏掉全部安装。
get install libcurl4-openssl-
get install gfortran
首先安装R包工具 BiocManager 和 devtools
#instal R package meneger
最难安装第四名:phyloseq
这个包主要是依赖特别多,中间报错往往也是dev不存在,往往安装后就好了。其实还没有devtools难装,只是devtools是R包工具,不算是专业领域R包。
# install big R packages
install("phyloseq")
library(phyloseq)
最难安装第三名:microbiome
microbiome也是做微生物群落的大型软件,安装phyloseq后会减少microbiome安装所需的许多依赖,相对会容易一些,但是作为依赖的DESeq2包再我多次的安装中从来没有容易过。这里我还是单独拎出来安装。
BiocManager::
最难安装第二名:
microbiomeSeq是新的微生物组R包,功能有许多独特之处,后面我会做一些教程,依赖是相当多,目前还在github中开发中,好用的许多功能让我不得不先安装。这个包安装的困难程度又上了一个档次,需要手动安装许多依赖,每个依赖都可能会有独特的错误。其次还需要修改R包安装目录的权限。升级默认R包。
BiocManager::
BiocManager::install("impute")
BiocManager::install("preprocessCore")
BiocManager::install("GO.db")
BiocManager::install("adespatial")
BiocManager::install("units")
BiocManager::install("spdep")
BiocManager::install("adegenet")
BiocManager::install("adephylo")
查看R包安装路径
.libPaths()#得到所有包的文件路径
修改权限,这里我有些简单粗暴了。
#在terminl中输入,讲这些路径全部可用
最难安装第一名:MetaboAnalystR
MetaboAnalystR是MetaboAnalyst的R包版本,开发用与代谢组等多组学整合工具,依赖无敌多,但是这个包功能也是相当强悍。配套的网页工具可以先用来学习。
先说一下这个R包安装用的时间吧。大于2小时,可能要更多,编译起来相当费劲。相当多的依赖只能手动安装.可能超过100个依赖R包。
再安装完成依赖之后再本尊安装
devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR")
library("MetaboAnalystR")
"ellipse",
重要错误解决
因为这两个错误你并不知道缺乏什么,所以我单独拎出来,方便查对。
Rmpi R package
configure:
get install libopenmpi-
error Cairo R package
and/or s
get install libcairo2-