r语言ggplot2 多线图绘制图例_ggplot2绘图基础功不扎实？看完这5个资源-CSDN博客

单细胞技术大热，其数据分析里面很重要的一个环节就是可视化，真的是五花八门了！我们在单细胞天地公众号分享过 几百篇单细胞CNS文章阅读笔记，大家可以看得到：

单细胞助力分析靶向治疗药物性超敏反应综合征
使用scHCL探索单细胞转录组细胞类型
溃疡性结肠炎患者的细胞内和细胞间重排
一文了解单细胞基因调控网络(GRN)
胃癌前病变和早期胃癌的单细胞转录组研究

基本上每个研究的发表，都伴随着精美的图表，比如：

能制作这样图表的工具很多，我比较喜欢ggplot2+AI，当然，或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，不过，我做不到。 我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形，而且我个人觉得，把ggplot2学习到这个程度就足够了。一张统计图就是从数据到几何对象(点、线、条形等)的图形属性(颜色、形状、大小等)的一个映射。

✦ 数据(Data)，最基础的是可视化的数据和一系列图形映射(aesthetic mappings)，该映射描述了数据中的变量如何映射到可见的图形属性。
✦ 几何对象(Geometric objects, geoms)代表在图中实际看到的点、线、多边形等。
✦ 统计转换(Statistical trassformations, stats)是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。
✦ 标度(Scales)是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。
✦ 坐标系(Coordinate system, coord)描述数据是如何映射到图形所在的平面，同时提供看图所需的坐标轴和网格线。
✦ 分面(faceting)如何将数据分解为子集，以及如何对子集作图并展示。
✦ 主题(theme)控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。

ggplot2作者亲自写的书

链接：https://ggplot2-book.org/facet.html书名是：ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis
作者：Hadley WickhamThis is the online version of work-in-progress 3rd edition of “ggplot2: elegant graphics for data analysis”虽然这本书有对应的中文译本，但是时间上相对滞后，建议直接看这个在线实时更新版本。

Getting started

1 Introduction
2 Getting started with ggplot2
3 Frequently asked questions
II Toolbox

Introduction

4 Individual geoms
5 Collective geoms
6 Statistical summaries
7 Maps
8 Annotations
9 Arranging plots

III The Grammar

10 Mastering the grammar
11 Build a plot layer by layer
12 Scales, axes and legends
13 Coordinate systems
14 Facetting
15 Themes

IV Extending ggplot2

16 Programming with ggplot2
17 ggplot2 internals
18 Writing ggplot2 extensions
19 Extension Case Study: Springs, Part 1
References

看完你一定会觉得不虚此行！至少花十天时间哦。

知识点参考卡片(速记表，小抄)

链接：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/内容如下：

Plot basics
Layer: geoms
Layer: stats
Layer: position adjustment
Layer: annotations
Aesthetics
Scales
Guides: axes and legends
Facetting
Facetting: labels
Coordinate systems
Themes
Programming with ggplot2
Extending ggplot2
Vector helpers
Data
Autoplot and fortify

读这个知识点参考卡片，可以检验你ggplot2语法的记忆程度。

sthda网站的ggplot核心图表示例

链接：http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-essentials书籍本身提供售卖，价格是17欧元，不过内容都是电子化了，大家直接网页浏览，就是免费的哈！内容：

qplot(): Quick plot with ggplot2

Scatter plots
Bar plot
Box plot, violin plot and dot plot
Histogram and density plots

Box plots

Basic box plots
Box plot with dots
Change box plot colors by groups
- Change box plot line colors
- Change box plot fill colors
Change the legend position
Change the order of items in the legend
Box plot with multiple groups
Functions: geom_boxplot(), stat_boxplot(), stat_summary()

··· 中间省略 25个章节

Rotate a plot: flip and reverse

Horizontal plot : coord_flip()
Reverse y axis
Functions: coord_flip(), scale_x_reverse(), scale_y_reverse()

Faceting: split a plot into a matrix of panels

Facet with one variable
Facet with two variables
Facet scales
Facet labels
facet_wrap
Functions: facet_grid(), facet_wrap(), label_both(), label_bquote(), label_parsed()

内容之丰富，起码需要五天左右时间完全follow下来。还包括以下扩展包：

factoextra - Extract and Visualize the outputs of a multivariate analysis: PCA (Principal Component Analysis), CA (Correspondence Analysis), MCA (Multiple Correspondence Analysis) and clustering analyses.
easyggplot2: Perform and customize easily a plot with ggplot2: box plot, dot plot, strip chart, violin plot, histogram, density plot, scatter plot, bar plot, line plot, etc, …
ggplot2 - Easy way to mix multiple graphs on the same page
ggplot2: Correlation matrix heatmap. Functions: geom_raster() and geom_tile()
ggfortify: Allow ggplot2 to handle some popular R packages. These include plotting 1) Matrix; 2) Linear Model and Generalized Linear Model; 3) Time Series; 4) PCA/Clustering; 5) Survival Curve; 6) Probability distribution
GGally: GGally extends ggplot2 for visualizing correlation matrix, scatterplot plot matrix, survival plot and more.
ggRandomForests: Graphical analysis of random forests with the randomForestSRC and ggplot2 packages.
ggdendro: Create dendrograms and tree diagrams using ggplot2
ggmcmc: Tools for Analyzing MCMC Simulations from Bayesian Inference
ggthemes: Package with additional ggplot2 themes and scales
Theme used to create journal ready figures easily