pfamscan 的使用_【T】每日一生信--PfamScan及fam数据库

Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/)是一个被广泛使用的蛋白家族数据库，在最新的版本26.0中包含超过13000个手工确定的蛋白家族，Pfam可以通过http://pfam.sanger.ac.uk/使用，他有两个数据库，高质量，手工确定的Pfam-A，自动注释的Pfam-B数据库。后面的数据产生是根据ADDA算法。是对A的补充。

下载：

应的数据库(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/)，按照说明说我下载的是

Pfam-A.hmm

Pfam-A.hmm.dat

Pfam-B.hmm

Pfam-B.hmm.dat

active_site.dat

HMMER3 (http://hmmer.janelia.org/software)

前准备工作：

Perl 和bioperl的安装 我的已经安装过了，据说可以通过一下方法安装

sudo

apt-get install perl ( replace perl with bioperl for installation

of bioperl)

Moose的安装

sudo -i ( the system will ask for

password type it in and youll find the user name change to root

marked in red. its ready to go now)

(因为之前没有权限，没用这一步，所以安装不来，导致后面的报错)

then use CPAN to install Moose use this:

CPAN Moose ( this will take a while)

HMMER3的安装

HMMER用来寻找同源序列数据库，做序列比对，它可用一条序列来寻找数据库，功能非常强大。

tar zxf hmmer-3.1b1.tar.gz

cd hmmer-3.1b1

./configure

make

make check

make install

cd easel;make inst