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每年暑假前后,大三的同学们都忙于选择、联系导师。最近跟一位同学聊了一下,发现很多学生物的同学对我们生物信息学有些“恐惧”。为了澄清一些同学的误解,也为我自己的实验室做个招生广告,我专门写了几段。
一、什么是生物信息学,哪些人在研究生物信息学?维基百科的定义是,“利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题”。这个定义和各种教材上的定义都很宽泛,并且给人的印象是生物信息学是非生物学的人来研究生物学。其实不然。
对国内外的生物信息学实验室,我做一个粗糙但很实用的分类:一是开发、设计生物信息学方法、技术,构建生物信息学数据库;二是利用别人的方法、技术和数据库、辅之以简单的程序设计,来研究自己关心的生物学问题。三是二者结合,既做一些方法技术和数据库,也做一些纯生物学问题研究。第一类实验室的导师一般具有数学等非生物学背景。第二类实验室的导师一般具有生物学背景。第三类实验室的导师可能具有生物学背景、也可能来自于数学、信息学等学科。第三类实验室一般都是从事生物信息学时间较长,无论生物学、数学、还是计算机科学方面知识积累都很丰富,所以一般也都很成功。第三类典型的例子是NCBI的Koonin实验室。
二、生物学背景的学生可以报考生物信息学实验室吗?当然可以。如果勇于付出足够努力、不怕眼前的挫折,你去哪一类实验室都可以。但这只是最理想的说法。大多数人还是想找适合自己的实验室,希望少走一些弯路(其实弯路走多了,人的素质会提高很多)。
根据往年的经验,生物背景上了生物信息学研究生的同学可以分成两类。一是喜欢数学、计算机等,这些人非生物学素质在生物学学生中鹤立鸡群。这一类人是很主动地报考生物信息学实验室的研究生。另一类是数学、计算机一般或偏好,