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wangprince2017

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原创 学习Python(一)

1 安装python软件1.1 Python环境搭建如果是32位机器,安装python-3.6.3.exe如果是64位机器,安装python-3.6.3-amd64.exe具体步骤略安装结束后,启动cmd命令行在DOS提示符后输入python,如果进入python命令行,则说明python已经安装完成编写简单的hello程序 pr...

2020-02-28 18:26:25 412 1

原创 Illumina测序为什么读长上不去?

尽管Illumina测序平台的读长上限较低,但是其高通量、高精度、低成本的特点,使其成为现代。研究中最常用的测序平台之一。同时,随着技术的不断发展和改进,未来Illumina测序平台的。生物科学与计算机科学的完美碰撞,激发出探索世界的全新视角。Illumina测序为什么读长上不去?上限也有望得到进一步提高。

2023-03-26 12:33:31 18

原创 PacBio第三代测序技术迎来创新性升级,准确度可与二代测序相媲美 | Nature Biotech

以PacBio、Oxford Nanopore为代表的第三代测序技术因测序读长较长,对于基因组中复杂区域尤其是复杂结构变异的研究具有得天独厚的优势,因此,该技术近些年备受科学界的青睐。此外,新方法有助于产生更加完整的基因组,以及分析所有基因区域的序列,包括短读长技术的低映射区域,且成本与当前的短读长测序相似。在DNA样本加载到测序仪之前就开始进行测序反应,经过几个小时的延伸,如果聚合酶还可以继续“工作”,研究人员就可以判断DNA没有受损,并选择性的将DNA加载到测序仪,进行长读长测序。同时,研究团队发现,

2023-03-13 20:01:46 117

原创 Graph Convolutional Network(GCN)

深入浅出GCN------Graph Convolutional Network文章目录深入浅出GCN------Graph Convolutional Network1 什么是GCN?2 提取拓扑图空间特征的两种方式?3 GCN的过度平滑问题?4 GCN相关资料?1 什么是GCN?类似于社交网络、信息网络这样的图论中抽象意义的拓扑图。2 提取拓扑图空间特征的两种方式?vertex domain(spatial domain)是非常直观的一种方式。顾名思义:提取拓扑图上的空间特征,那

2023-02-09 15:01:49 93

原创 基于多源信息和异构网络的circRNA与疾病关联关系预测

基于多源信息和异构网络的circRNA与疾病关联关系预测

2022-11-21 00:03:14 413 1

原创 序列联配Sequence Alignment

序列联配

2022-07-04 22:07:26 576

原创 Spring Boot Spring Cloud

Spring Cloud

2022-06-23 21:54:00 177

原创 测序平台和测序技术是怎么对应的?

测序技术迄今经历了三代的发展。

2022-06-16 16:46:38 303

原创 BWA,Bowtie,Bowtie2的比对算法推导

BWA,Bowtie,Bowtie2的比对算法推导

2022-06-05 21:20:59 986 1

原创 用BWA进行序列比对

BWA,即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。

2022-06-05 20:10:17 1049

原创 实体、协议、服务和服务访问点

实体、协议、服务和服务访问点

2022-06-04 08:49:10 1817

原创 水仙花数100-1000

水仙花数

2022-06-03 09:50:19 76

原创 魅力化学 化学魅力

魅力化学发布日期:2020-05-18 作者: 来源: 点击:7化学是关于物质的组成、结构、性质与变化规律的科学,是人类认识和改造物质世界的主要方法和手段之一,也是最具创造性的科学之一。化学规律的发现及其应用展示了它的社会美。它的出现产生了强大的社会力量,给人类创造了巨大的物质财富,为人类自身带来了美好的生活。化学关系人类生存衣食住行和健康需求的方方面面、关乎国家经济发展、社会进步和国防建设的命脉,也是生命科学、材料科学、能源科学、航空航天、资源环境、食品、医药等学科的基础。化学的物质魅力世界是物

2022-05-25 10:00:52 533

原创 1953年克里克和沃森发现DNA双螺旋结构

1953年克里克和沃森发现DNA双螺旋结构1953年,克里克(Francis Crick)和沃森(James D. Watson)发现DNA双螺旋结构。这一发现是分子生物学时代的开端。1962年,沃森、克里克和威尔金斯获得了诺贝尔医学及生理学奖。萨尔克(Jonas Salk)研究员研制出了小儿麻痹症(即脊髓灰质炎)疫苗。1953年,黑真(Elizabeth Lee Hazen) 和布朗(Rachel Fuller Brown)研制出第一种真菌抗生素——制霉菌素(NYSTATIN)。制霉菌素普遍用

2022-05-14 16:40:02 3622

原创 HG-CoLoR用一个变阶de Bruijn graph混合校正高噪声长读数

HG-CoLoR用一个变阶de Bruijn graph混合校正高噪声长读数1 简介 几年来,长读长测序技术不断发展,可以解决大型复杂基因组的组装问题,在此之前,仅使用短读长测序技术很难解决这些问题。 这些长读长测序技术的两个主要参与者是 Pacific Biosciences 和 Oxford Nanopore。 后者随着 MinION 设备的发布,可以在一台简单的笔记本电脑上运行,实现了低成本和简单的长读取测序。尽管长读长可以达到数十 kbps 的长度,但它们也达到了非常高的错误率,太平洋生

2022-05-05 22:37:37 251

原创 SMRT 分析:读取校正

SMRT 分析:读取校正介绍由于实时测序的性质,PacBio 读数很长,但质量相当差。 由于 PacBio 文库制备会产生环状 DNA 分子,因此一些较短的分子会被聚合酶处理数次。 这导致同一分子的多次读取,然后该信息用于产生高质量的循环共有 (CCS) 读取。 然而,在基因组组装中,即使质量很差,长读取也是极其重要的。 因此,已经实现了多种纠错长(即非CCS)读取的方法。 这些方法的共同点是短读长与长读长的比对,从而计算长读长的共有序列。使用 PacBio 读数的自我校正PacBi

2022-04-24 23:10:42 272

原创 Applications for PacBio circular consensus sequencing

PacBio 循环共有测序的应用发表于 2013 年 2 月 11 日通过 lexnederbragt我是 Pacific Biosciences PacBio RS 测序仪的粉丝,本博客的一些读者可能已经知道。 我们在工作中使用该仪器的数据,我所属的挪威测序中心 向其用户提供该技术。PacBio 最近 增加了他们的阅读长度。 使用这种所谓的 C2XL 化学,平均原始长度现在约为 4.3-4.5 kbp,最大读取长度可以超过 20kbp。 这些超长读取非常适合 从头 基因组测序应用,这...

2022-04-24 23:07:19 355

原创 【无标题】单分子纳米孔测序技术及其应用研究进展

单分子纳米孔测序技术及其应用研究进展曹影1,李伟2,褚鑫3,吴珂1,刘海舟1,刘翟1,4摘要:测序技术在通量和成本方面有了较大的改进,以单分子纳米孔测序技术为代表的第三代测序技术更是以其超长读长、实时检测和可以直接检测碱基甲基化修饰等优势在医学及生命科学等领域作出了较大贡献。文中就单分子纳米孔测序技术的原理进行了简要描述,并对其在临床、动物、植物、细菌及病毒等领域的应用和其未来的发展方向进行了讨论。关键词:纳米孔测序技术临床研究动物基因组...

2022-04-24 22:49:49 781

原创 学位论文 选题

学位论文 选题

2022-04-06 20:11:47 332

原创 机器学习ML

ml_codeA repository for recording machine learning code, including basic ml algorithms by using python (numpy). Also some very useful codes ofscikit-learnandtensorflow.1 basic algorithms practiceknn liner regression gradient descent demo logist...

2022-03-30 19:32:09 1652

原创 Genome assemblers

Genome assemblersList of genome assembly programs for PacBio long-read datasets. Not in any specific order :DSome of the assemblers are suitable also for ONT reads.Hifiasmhttps://github.com/chhylp123/hifiasmHifiasm is a fast haplotype-resolved de no

2022-03-29 20:58:57 426

原创 博士学位,学术研究

第一章 拿到博士学位需要多久一个比较实际的衡量标准就是你去参加会议的时候,有没有人在寻找你,想跟你讨论问题另外一种就是你的工作是否被同行所引用?第二章 博士生的终极目标等你毕业的时候,你想得到什么样的评价?我希望我能认可我的成长,包括英文的听说读写能力的提升,做talk的能力,发一篇以上的高质量论文,认可自己的研究成果,能有几个都还不错的工作选择。第一目标 成为最好:通过博士阶段的学习,你应该确立自己在某一领域的立足点和拥有者。你的研究工作要像一道光芒,普照到这一领域的每一个角落,能让每一.

2022-03-26 10:23:28 247

原创 机器学习的分类

机器学习的分类更新时间:2021-03-12 11:02:18标签:机器学习分类说明机器学习教程正在计划编写中,欢迎大家加微信 sinbam 提供意见、建议、纠错、催更。根据训练期间接受的监督数量和监督类型,可以将机器学习分为以下四种类型:监督学习、非监督学习、半监督学习和强化学习。监督学习监督学习(Supervised Learning,SL),这类算法的工作原理是使用带标签的训练数据来学习输入变量Image转化为输出变量Image的映射函数,换句话说就是求解方程Image中的..

2022-03-24 22:36:14 1976

原创 鸢尾花(iris)数据集

鸢尾花(iris)数据集更新时间:2021-03-21 01:01:09标签:数据集鸢尾花说明机器学习教程正在计划编写中,欢迎大家加微信 sinbam 提供意见、建议、纠错、催更。鸢【音:yuān】尾花(Iris)是单子叶百合目花卉,是一种比较常见的花,可能不经意间你就能在某个公园里碰见它,而且鸢尾花的品种较多。它是一个很小的数据集,仅有150行,5列。该数据集的四个特征属性的取值都是数值型的,他们具有相同的量纲,不需要你做任何标准化的处理,第五列为通过前面四列所确定的鸢尾花所属..

2022-03-24 22:11:04 12228

原创 PaSS:用于 PacBio 测序的测序模拟器

PaSS:用于 PacBio 测序的测序模拟器张文敏,1本佳,1魏朝春1,2作者信息文章注释版权和许可信息免责声明本文已被PMC 中的其他文章引用。相关数据补充材料数据可用性声明去:抽象的背景第三代测序平台,如 PacBio 测序,近年来发展迅速。PacBio 测序比第二代测序(或下一代测序,NGS)技术产生更长的读取,并且它具有独特的测序错误模式。有效的读取模拟器对于评估和促进用于 PacBio 测序数据分析的新生物信息...

2022-03-23 18:44:28 1187

原创 揭晓你所不了解的第三代测序技术

揭晓你所不了解的第三代测序技术浏览5440·讨论1biozy楼主发布于2015-07-10只看楼主什么是第三代测序技术?第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时,不需要经过PCR扩增,实现了对每一条DNA分子的单独测序。如果你还记得,我们之前说过二代测序之所以要进行PCR扩增是为了放大信号,而在第三代测序里,在没有进行PCR扩增的情况下,是怎样做到对碱基信号的识别的呢?本文为你揭晓。第三代测序技术原理第三代测序技术原理主...

2022-03-22 11:46:58 753

原创 基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹,国产化仍在布局二代测序?

基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹,国产化仍在布局二代测序?和义广业创新平台为医械创新创业者提供一站式产业转化服务取消关注1 人赞同了该文章导读【行业分析】基因测序系列,将聚焦基因测序设备,系统分析一代、二代、三代基因测序设备的技术原理,代表厂家,仪器特点以及未来趋势。本篇介绍三、四代测序技术及对应设备特点,市场情况。同时分析国内对基因测序设备的探索现状及技术趋势。二代测序方兴未艾,三代、四代测序已然来势汹汹。全球的科研、产业乃至资本力量都将目光投向了基因测序技术。2

2022-03-22 11:43:06 3140 2

原创 day04 JDBC java数据库连接

day04 JDBC java数据库连接yuxiaohu已关注2017.12.03 16:12:19字数 139阅读 851 导包mysql 提供的实现java接口的包路径C:\Program Files (x86)\MySQL\Connector.J 5.1\mysql-connector-java-5.1.42-bin.jarEclipse 导包 两种方式1:Project - Properties - Java Build Path - Add External JARs -

2022-03-20 01:43:10 60

原创 进程和线程简单理解

实现多任务方法:一是多颗CPU,二是单个CPU多个核心一般桌面端产品(手机、计算机)等很注重体积的产品,一般采用多核;而服务端领域,同时采用两者,更关注如何尽可能提升单台计算机的计算力密度那么对于单核CPU如何实现多任务?答案是分时系统:将CPU时间切成一段段时间片,每个时间片只运行某一个软件,比如这个时间段给软件A,下个时间段给软件B,由于时间片很小,我们会感觉AB同时运行,这种分时间片来实现的多任务系统就是分时系统。分时系统实现原理:把当前任务保存起来,把另一个任务的状态恢复,并把CPU执

2022-03-19 16:00:10 137

原创 人类基因测序被重新定义,时间减半创世界纪录

人类基因测序被重新定义,时间减半创世界纪录【新智元导读】近日,斯坦福大学研究团队把人类DNA测序的时间缩短至5小时2分钟,重新定义了人类基因组测序速度!DNA测序时间减半,还创下了最新吉尼斯世界纪录!近日,斯坦福大学研究团队完成了利用人工智能计算加速工作流程的「DNA巨量测序」技术。最新研究已于1月12发表在《新英格兰医学杂志》上。论文地址:https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2112090此研究中处理速度最快的病例样本仅用了5小时2

2022-03-19 00:23:37 188

原创 考研 计算生物学 四川大学生科院

计算生物学 · 语雀

2022-03-18 22:50:59 453

原创 传输层 TCP和UDP

传输层 TCP和UDP传输层的功能传输层为应用进程间提供端到端的逻辑通信(网络层是提供主机之间的逻辑通信),传输层两大重要的功能:复用和分用。  复用:在发送端,多个应用进程公用一个传输层;  分用:在接收端,传输层会根据端口号将数据分派给不同的应用进程。和网络层的区别:网络层为不同主机提供通信服务,而传输层为不同主机的不同应用提供通信服务。网络层只对报文头部进行差错检测,而传输层对整个报文进行差错检测。传输层两大协议:TCP(Transmission Contro.

2022-03-18 21:33:22 718

原创 生物信息学简史

生物信息学简史2018-08-15, 7127 words, 26 min read前几天看到Briefings in bioinformatics发了一篇文章介绍生物信息学发展历史。个人有两个感慨,一是这样的文章也可以发表(不禁想给自己的博客投稿),二是感慨生物信息学发展之快。对整篇文章进行了粗糙的翻译整理,供大家了解。起源:1950-197020 世纪 50 年代早期,DNA 的历史地位还没有被建立,那个时候人们普遍认为蛋白质才是遗传信息的载体。直到 1952 年的噬菌体...

2022-03-18 19:10:57 2388

原创 中国高校生物信息学中心有哪些

灵犀智库自1997年以来,国内高校陆续开设了生物信息学专业,至今已经20余年。其中部分院校设置了专门的生物信息学中心,具有专门的生物信息学网站,具有较高的参考性。以下为博主尽力搜集到的具有生信网站的高校一览表,持续更新中。* 注意:部分院校虽然没有专门的生信网站,但是生信研究实力也很强,不要小看各高校哦。* 注意:关注这个账号,更多生信知识等你来。不定期回复私信。成立时间 中心名称 高校名称 网址 备注 1997 北京大学生物信息中心 北京..

2022-03-18 18:32:45 5912

原创 解读生命密码的基本手段——DNA测序技术的前世今生

解读生命密码的基本手段——DNA测序技术的前世今生任鲁风于军(中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所)DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界。这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”。笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A、T、C、G..

2022-03-17 19:15:19 988 1

原创 拟南芥数据库

Index of /Share/linux_software/ 生物信息 Linux软件https://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/ 拟南芥数据库

2022-03-17 15:00:08 1269

原创 学术 科研 论文写作 生物信息学

SCI-Hub论文下载可用网址链接(实时更新) - YoviSun工具集谷歌学术镜像_Google学术搜索导航@思谋学术仙桃学术谷歌学术镜像_Google镜像站爱思搜索_让科研更精彩!Stack Overflow - Where Developers Learn, Share, & Build Careers纬度学术资源在线浙江图书馆中国知网学者网-SCHOLAT学术信息-中南大学计算机学院Schatz Laboratory生物信息 实

2022-03-17 14:53:37 235

原创 计算机 视频课程

全国高校教师网络培训中心--课程厦门大学数据库实验室 | 数据驱动生活彭珂个人网,恬恪学习网,恬恪资源网-对未来有美好憧憬的你,请现在就开始!C语言程序设计 李曾妍中国文化英语说(第一期)...

2022-03-17 14:43:24 1147

原创 JFinal Nutz

JFinal 极速开发项目Nutz-程序员小伙伴们的另一个选择 - Nutz

2022-03-17 14:36:10 84

原创 PACBIO:经历9件大事,终获一致认可?

PACBIO:经历9件大事,终获一致认可?2021-05-08|热心肠先生原创独家收藏(0)|阅读(19)■ 肠企简介PacBio总部在美国硅谷,为客户提供高精准的长读长测序技术,为致力于解决复杂的遗传挑战的科学家提供宝贵的见解。为了推动分子生物学的发展,PacBio 的创始人发明了一种新方法来研究 DNA 和 RNA。利用生物化学、光学、纳米制造等方面的先进技术,PacBio 开发了单分子实时(SMRT)测序技术。通过以单分子分辨率实时分析 DNA 分子,这项...

2022-03-16 12:08:36 2414

2016年下半年 软件设计师 详细答案.docx

2016年下半年 软件设计师 中级,作为一门证明你的计算机能力的证件考试

2019-06-13

EndNote X8.part2

Endnote web 文献管理软件,可将存于网上的文献导入到word中

2017-10-13

EndnoteX8论文管理工具

EndnoteX8,论文查找管理的工具,方便搞科研,做学者的必备,学术界常用的工具,破解版,免费使用

2017-10-13

官网最新版本 MyEclipse 2017 CI 7 破解工具+安装包

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2017-09-24

AIDA64中文版是一个测试软硬件系统信息的工具

中文版是一个测试软硬件系统信息的工具

2017-09-24

2014年下半年软件设计师上午试题(含答案

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2015-05-16

apache-tomcat-8.0.12-windows-x64.

apache-tomcat-8.0.12-windows-x64.,你值得拥有

2014-09-12

传智播客java愚人节恶搞程序源代码

传智播客java愚人节恶搞程序源代码,没分数了,相互理解一下

2014-07-23

范磊课程源代码完整版课程

新手到高手范磊课程源代码完整版课程,循序渐进提高,对不起没分数了,理解一下

2014-07-23

小颖Java源代码反编译专家 V1.4终极版.

小颖Java源代码反编译专家 V1.4终极版 没有积分了,理解一下

2014-07-12

VC++6.0助手

VC++6.0助手 方便快捷 有用,节约了大部分时间

2014-07-10

java语言 49集 郑莉 清华大学

java语言视频 49集 郑莉 清华大学 下载地址

2014-04-22

C程序设计(第四版)

C程序设计(第四版) 谭浩强 电子书

2014-04-22

Oracle 10g数据库[孙风栋 等][习题解答]

Oracle 10g数据库基础教程[孙风栋 等][习题解答]

2014-04-14

毕向东_Java基础源代码Codes

毕向东_Java基础 源代码Codes 面向 零起点 学生

2014-04-13

冯博琴贾应智C++教材PPT全十章

冯博琴 贾应智C++教材 PPT 全十章 中国铁道出版社

2014-04-13

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