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wangprince2017

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原创 学习Python(一)

1 安装python软件1.1 Python环境搭建如果是32位机器,安装python-3.6.3.exe如果是64位机器,安装python-3.6.3-amd64.exe具体步骤略安装结束后,启动cmd命令行在DOS提示符后输入python,如果进入python命令行,则说明python已经安装完成编写简单的hello程序 pr...

2020-02-28 18:26:25 132

原创 gatb_core_components

2020-11-26 10:01:46 5

原创 一个植物转录组项目的实战

一个植物转录组项目的实战Posted on2017年11月2日其实这个植物是拟南芥,所以跟人类研究的数据处理大同小异。转录组转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA 。通过转录组测序,能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行转录本结构研究、变异研究、基因表达水平研究以及全新转录本发现等研究。其中,基因表达水平的探究是转录组领域最热门的方向,利用转录组数据来识别转录本和表达定量,是转录组数据的核心作用。.

2020-10-12 16:58:23 60

原创 Nature Communications∣开花过程中,拟南芥茎尖分生组织基因表达和组蛋白标记的时空动态

Nature Communications∣开花过程中,拟南芥茎尖分生组织基因表达和组蛋白标记的时空动态闫宗运微信公众号:植物科学SCI​关注他1 人赞同了该文章本文为2017年5月Nature Communications文章,原题目为:Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabidopsis shoot meristem during flowering摘要:植物可以通过位于其生

2020-10-12 16:49:28 73

原创 一个植物转录组项目的实战

转录组转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA 。通过转录组测序,能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行转录本结构研究、变异研究、基因表达水平研究以及全新转录本发现等研究。其中,基因表达水平的探究是转录组领域最热门的方向,利用转录组数据来识别转录本和表达定量,是转录组数据的核心作用。由于这个作用,他可以不依赖其他组学信息,单独成为一个产品项目RNA-seq测序。所以很多时候转录组测序会与RNA-seq混为一谈。

2020-10-11 10:58:51 96

原创 综述 | 语言分析技术在社会计算中的应用

综述 | 语言分析技术在社会计算中的应用刘知远社媒派SMP2016-01-27中国中文信息学会社会媒体处理专委会传统社会科学研究中的数据主要通过调查问卷或口头采访等方式获取,既耗时耗力,数据规模也很受限。进入互联网时代后,人类社会越来越多的信息以在线形式出现,为社会学研究提供了丰富的数据支持。特别是进入Web 2.0时代后,以用户为中心的服务(如微博、社交网站等)积累了大量的用户产生内容,包括用户个人档案(如性别、年龄、职业等信息)、用户社交关系网络(如关注关系、好友关系等)和文本信息...

2020-10-08 20:23:28 223

原创 社会计算研究组研究方向

社会计算研究组(Special Interest Group on Social Computing, SIGSC)依托学者网研发团队,主要开展社交媒体挖掘热点问题的研究与应用工作,目前主要研究方向包括社区发现、用户标签学习、社会化推荐以及可视化分析等。...

2020-10-08 20:11:47 16

原创 希望与骄傲

希望与骄傲(莫子英供稿)2020年8月29日晚7点半,湖南师范大学信息科学与工程学院张连明教授团队成员交流互动会在腾讯会议如期开展,本次互动会由信息科学与工程学院张老师提议,10级学生代表王家亮主持,共有往届、现届20多名学生参加,此次活动旨在建立师生之间常态化交流机制,围绕校内学术变化、组内课题、毕业生就业这几方面内容展开。互动会开始,张老师对近几年学校、学院变化进行了介绍,对组内课题进行了阐述,也分享了自己的日常生活。随后,学生代表王家亮对此次活动立意进行说明,张老师学生队伍不断壮大,.

2020-10-08 19:05:46 108

原创 The third generation sequencing: The advanced approach to genetic diseases

The third generation sequencing: The advanced approach to genetic diseasesAbstract:Genomic sequencing technologies have revolutionized mutation detection of the genetic diseases in the past few years. In recent years, the third generation sequencing (TG.

2020-10-05 19:58:23 73

原创 Question: Short And Long Read Sequencing

Question:Short And Long Read SequencingWhat is the difference between short and long read sequencing?What are the comparative advantages of each?Which one of them is used now-a-days for sequence assembly? andWhich one is preferred for future from .

2020-10-05 16:29:12 28

原创 Base-calling for next-generation sequencing platforms (译文)

Base-calling for next-generation sequencing platforms (译文)冬瓜排骨汤2014-04-05 17:56:114714已收藏1分类专栏:译文文章标签:算法DNA测序 base-calling生物第一次翻译文献,记录下来,给自己一个坚持下去的动力。加油!翻译中有一些专有名词没有译过来,有一些不明白的也没有翻译。翻译的不好,希望能得到别人的指正,得到进步和提高,谢谢。这篇文章主要内容是第二代测序平台Illumina和Ro...

2020-10-05 12:23:12 62

原创 Oxford Nanopore碱基识别(basecalling)软件性能大比拼

Oxford Nanopore碱基识别(basecalling)软件性能大比拼作者:Xiaofei 时间:2019-04-21 分类:论文解读 阅读: 1785 次 评论: 0 本论文除了评测了ONT开发的4个basecaller以及1个第三方的basecaller以外,还对不同方法的自训练模型进行了较为系统的评估,是目前最详细的对Nanopore碱基识别软件(basecaller)的横向评测的研究,非常值得仔细阅读。文章于今年2月在预印本在线期刊bio...

2020-10-05 12:13:47 199

原创 Advances in Single Molecule, Real-Time (SMRT) Sequencing

Advances in Single Molecule, Real-Time (SMRT) SequencingSpecial Issue InformationDear Colleagues,PacBio’s single molecule, real-time (SMRT) sequencing technology offers important advantages over the short-read DNA sequencing technologies that current

2020-10-04 19:47:04 78

原创 Long Read Sequencing Technology to Solve Complex Genomic Regions Assembly in Plants

Long Read Sequencing Technology to Solve Complex Genomic Regions Assembly in Plants Arnaud Bellec1 *, Audrey Courtial1 , Stephane Cauet1 , Nathalie Rodde1 , Sonia Vautrin1 , Genseric Beydon1 , Nadege Arnal1 , Nadine Gautier1 , Joelle Fourment1 , Elisa Pr

2020-10-04 19:42:23 17

原创 Comparative Evaluation of Genome Assemblers from Long-Read Sequencing for Plants and Crops

Comparative Evaluation of Genome Assemblers from Long-Read Sequencing for Plants and Crops植物和作物基因组组合的比较评价Hyungtaek Jung*,Min-Seung Jeon,Matthew Hodgett,Peter Waterhouse,andSeong-il Eyun*AbstractThe availability of recent state-of-the-art l...

2020-10-04 19:39:08 71

原创 The Third Revolution in Sequencing Technology

The Third Revolution in Sequencing TechnologyAbstractForty years ago the advent of Sanger sequencing was revolutionary as it allowed complete genome sequences to be deciphered for the first time.A second revolution came when next-generation sequencin

2020-10-04 19:16:40 69

原创 Size Matters! Long-Read DNA Sequencing

规模很重要!长readDNA测序现代基因组学似乎正在经历一个转变,从使用短读技术对大量基因组进行测序,目的是检测snp,到使用长读技术对较少的基因组进行测序,可以解决更复杂的事件,如结构重排、拷贝数变化和重复扩展。长读测序技术提供了高精度的测序数据,在以下应用领域获得了广泛关注:长读序列可用于合成长读,以支持从头组装和基因组整理应用。基因组测序。长期以来的技术使测序以前具有挑战性的基因组成为可能,例如,那些有许多高度重复元素的延伸。基因组定相。这指的是将等位基因分配到父性和母性染色体上的工

2020-10-04 19:08:18 41

原创 Single molecule real-time (SMRT) sequencing comes of age: applications and utilities for medical dia

Single molecule real-time (SMRT) sequencing comes of age: applications and utilities for medical diagnosticsSimon Ardui,Adam Ameur,Joris R Vermeesch,Matthew S HestandAuthor NotesNucleic Acids Research, Volume 46, Issue 5, 16 March 2018, Pages 21...

2020-10-04 18:58:17 143

原创 DNA sequencing technologies: 2006–2016

DNA sequencing technologies: 2006–2016Elaine R MardisNature Protocolsvolume12,pages213–218(2017)Cite this article 4749Accesses 117Citations 24Altmetric Metricsdetails AbstractRecent advances in the field of genomics have lar...

2020-10-04 18:52:01 19

原创 Advantages of genome sequencing by long-read sequencer using SMRT technology in medical area

Advantages of genome sequencing by long-read sequencer using SMRT technology in medical areaKazuma Nakano, Akino Shiroma, Makiko Shimoji, Hinako Tamotsu, Noriko Ashimine, Shun Ohki, Misuzu Shinzato, Maiko Minami, Tetsuhiro Nakanishi, Ku...

2020-10-04 18:49:00 143

原创 三代测序原理与数据文件简介(SMRT+Nanopore)

三代测序原理与数据文件简介(SMRT+Nanopore)一生雾梦2019-12-03 20:48:421578收藏2分类专栏:前沿文献分析文章标签:三代测序(SMS)SMRTNanopore生物信息测序原理版权Pacific Biosciences单分子实时测序(SMRT)原始文献——Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase MoleculesAbstract①We detected the...

2020-10-04 17:24:13 361

原创 Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase Molecules

Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase MoleculesReal-Time DNA Sequencing from Single Polymerase MoleculesAbstract①We detected the temporal order (时间顺序) of their enzymatic incorporation into a growing DNA strand with zero-mode waveguide .

2020-10-04 09:32:10 103

原创 Badread: simulation of error-prone long reads

Badread: simulation of error-prone long reads Badread:模拟容易出错的长readRyan R Wick1 1 Department of Infectious Diseases, Central Clinical School, Monash University, Melbourne, Victoria 3004, AustraliaBackgroundDNA sequencing platforms aim to measure the ...

2020-10-03 19:48:56 43

原创 第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述

第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述 王 昊1,陈 挺2*(1.清华大学 计算机科学与技术系,北京 10084; 2.清华大学 计算机系、清华大学人工智能研究院,北京 10084)摘要:DNA 测序是生物信息学研究的重要内容之一,对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要 的步骤。随着测序技术的不断更新,新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质, 针对这些性质,同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式。 本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理,并比...

2020-10-03 17:50:49 110

原创 第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述

第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述王昊1陈挺21. 清华大学计算机科学与技术系2. 清华大学计算机系清华大学人工智能研究院摘要:DNA测序是生物信息学研究的重要内容之一,对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要的步骤。随着测序技术的不断更新,新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质,针对这些性质,同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式。本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理,并比较了不同软件拼接结果。最后,本文对选择拼接软件以及提出新的混合拼接方

2020-10-03 17:48:57 88

原创 Computational methods for analysis of single molecule sequencing data

Computational methods for analysis of single molecule sequencing data 分析单分子测序数据的计算方法Computing Science - Theses, Dissertations, and other Required Graduate Degree Essays Theses, Dissertations, and other Required Graduate Degree EssaysAuthor:Hag...

2020-09-30 18:03:25 19

原创 Long read mapping at scale: Algorithms and applications

Long read mapping at scale: Algorithms and applicationsCapability to sequence DNA has been around for four decades now, providing ample time to explore its myriad applications and the concomitant development of bioinformatics methods to support them.Ne

2020-09-30 17:57:45 29

原创 The draft genome of MD-2 pineapple using hybrid error correction of long reads

The draft genome of MD-2 pineapple using hybrid error correction of long reads2.4. Error correction of long PacBio readsAdvancement in long-read sequencing technology such as from PacBio has proven to alleviate many of the difficulties in assembly ..

2020-09-30 17:54:38 31

原创 Efficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling of E. coli

Efficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling ofE. coliEfficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling ofE. coliJason G Powers, Victor J Weigman, Jenny Shu, John M Pufky, Donald Cox& Patri...

2020-09-30 16:52:21 118

原创 Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps

Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical mapsCaroline Belser, Benjamin Istace, […] Jean-Marc AuryNature Plantsvolume4,pages879–887(2018)Cite this article 6188Accesses 59Citations 78Altme...

2020-09-30 16:39:06 32

原创 Improving Illumina assemblies with Hi‐C and long reads: An example with the North African dromedary

Improving Illumina assemblies with Hi‐C and long reads: An example with the North African dromedaryJean P. ElbersMark F. RogersPolina L. PerelmanAnastasia A. ProskuryakovaNatalia A. SerdyukovaWarren E. JohnsonPetr Hori...

2020-09-30 16:38:17 162

原创 A Benchmark Study on Error Assessment and Quality Control of CCS Reads Derived from the PacBio RS

A Benchmark Study on Error Assessment and Quality Control of CCS Reads Derived from the PacBio RSAbstractPacBio RS, a newly emerging third-generation DNA sequencing platform, is based on a real-time, single-molecule, nano-nitch sequencing technology.

2020-09-30 16:34:46 40

原创 Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human

Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome精确的循环一致长读测序改进了人类基因组的变异检测和组装Aaron M. Wenger, Paul Peluso, […] Michael W. HunkapillerNature Biotechnologyvolume37,pages1155–1162(2019)Cite...

2020-09-30 14:24:50 17

原创 Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads

Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long readsMiten Jain, Sergey Koren, […] Matthew LooseNature Biotechnologyvolume36,pages338–345(2018)Cite this article 55kAccesses 433Citations 1509Altmetric Metr...

2020-09-30 14:22:09 92

原创 第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用

第三代测序技术的方法原理及其在生物领域的应用张子敬刘燕蓉张顺进贺花李佳霄刘贤吕世杰李志明王二耀雷初朝黄永震【摘要】:在自然界中,生物DNA的碱基序列包含着生物体中绝大多数的遗传信息,破译这些碱基序列就成了探索生命奥秘的至关重要的课题。随着第二代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)的发展和应用,其弊端正在显现,而第三代单分子测序技术在一定程度上可以弥补NGS技术在应用中的一些不足。本文阐述了第三代单分子测序技术的2个测...

2020-09-30 10:48:29 58

原创 A Sequence-Based Novel Approach for Quality Evaluation of Third-Generation Sequencing Reads

A Sequence-Based Novel Approach for Quality Evaluation of Third-Generation Sequencing Reads一种基于 序列的新方法,用于评价第三代测序Reads的质量作者:Wenjing Zhang,Neng Huang,Jiantao Zheng,Xingyu Liao,Jianxin Wang,Hong-Dong Li作者背景:School of Information Science and Engineer

2020-09-28 23:36:28 13

原创 A fresh look at the genomes enabled by highly accurate long read SMRT sequencing from PacBio

A fresh look at the genomes enabled by highly accurate long read SMRT sequencing from PacBio 由PacBio提供的高精度长读SMRT测序使基因组的全新面貌得以实现钱祖卫PacBio公司摘要:SMRT Sequencing is a DNA sequencing technology characterized by long read lengths and high consensus accur...

2020-09-28 23:32:41 17

原创 A Sequence-Based Novel Approach for Quality Evaluation of Third-Generation Sequencing Reads

A Sequence-Based Novel Approach for Quality Evaluation of Third-Generation Sequencing Reads一种基于序列的新方法,用于评价 第三代测序Reads的质量作者:Wenjing Zhang,Neng Huang,Jiantao Zheng,Xingyu Liao,Jianxin Wang,Hong-Dong Li作者背景:School of Information Science and Engineer

2020-09-28 23:31:16 20

原创 Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes

Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes长时间测序技术在复杂细菌基因组杂交组装中的比较作者:Nicola De Maio,Liam P. Shaw,Alasdair Hubbard,Sophie George,Nicholas D. Sanderson,Jeremy Swann,Ryan Wick,Manal AbuOun,Emma Stu

2020-09-28 23:28:51 9

原创 Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human

Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome精确的循环一致长读测序改进了人类基因组的变异检测和组装作者:Aaron M. Wenger,Paul Peluso,William J. Rowell,Pi-Chuan Chang,Richard J. Hall,Gregory T. Concepcion,Jana Ebler,Arka

2020-09-28 23:27:49 209

apache-tomcat-8.0.12-windows-x64.

apache-tomcat-8.0.12-windows-x64.,你值得拥有

2014-09-12

范磊课程源代码完整版课程

新手到高手范磊课程源代码完整版课程,循序渐进提高,对不起没分数了,理解一下

2014-07-23

传智播客java愚人节恶搞程序源代码

传智播客java愚人节恶搞程序源代码,没分数了,相互理解一下

2014-07-23

小颖Java源代码反编译专家 V1.4终极版.

小颖Java源代码反编译专家 V1.4终极版 没有积分了,理解一下

2014-07-12

VC++6.0助手

VC++6.0助手 方便快捷 有用,节约了大部分时间

2014-07-10

java基础视频课件 毕向东

java基础视频课件 毕向东 ppt 零基础

2014-04-26

C程序设计(第四版)

C程序设计(第四版) 谭浩强 电子书

2014-04-22

java语言 49集 郑莉 清华大学

java语言视频 49集 郑莉 清华大学 下载地址

2014-04-22

冯博琴贾应智C++教材PPT全十章

冯博琴 贾应智C++教材 PPT 全十章 中国铁道出版社

2014-04-13

毕向东_Java基础源代码Codes

毕向东_Java基础 源代码Codes 面向 零起点 学生

2014-04-13

Oracle 10g数据库基础教程[孙风栋 等][电子教案]

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2014-04-14

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2014-04-14

java语言程序设计_清华大学郑莉_ppt+源代码

java语言程序设计_清华大学=====郑莉_ppt+源代码

2014-04-14

2016年下半年 软件设计师 详细答案.docx

2016年下半年 软件设计师 中级,作为一门证明你的计算机能力的证件考试

2019-06-13

EndNote X8.part2

Endnote web 文献管理软件,可将存于网上的文献导入到word中

2017-10-13

EndnoteX8论文管理工具

EndnoteX8,论文查找管理的工具,方便搞科研,做学者的必备,学术界常用的工具,破解版,免费使用

2017-10-13

官网最新版本 MyEclipse 2017 CI 7 破解工具+安装包

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2017-09-24

AIDA64中文版是一个测试软硬件系统信息的工具

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2017-09-24

100个病毒源码

100个病毒源码,,学习,涨知识,,提高技术

2015-05-16

2014年下半年软件设计师上午试题(含答案

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2015-05-16

计算机图形学基础教程清华大学出版社

计算机图形学基础教程,清华大学出版社,换点积分

2015-03-10

wangchuang2017的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-01-02

哈哈

发表于 2013-05-09 最后回复 2013-05-10

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