python和r语言生物信息学_生物信息学的妹子如何自学R语言

作为生物信息学刚刚入门的小白,接触的第一门语言就是R,除了科研上的需要,当时上的课程经常需要R语言来写作业,就只好迅速的学了R。

对于学习过程呢,我将从以下几个方面叙述:

Part_1 初识R语言和ggplot

Part_2 一本书教会你作图

Part_3 吧啦吧啦~

Part_1 初识R语言和ggplot

首先对于R的安装,可以提一下在安装完R之后,再装Rstudio,之后写代码都在Rstudio进行。Rstudio可以说是一个用户友好的R的IDE,会有语法提示、警告语法错误、显示历史等等。所以用它当然是更方便一些啦。

接着进入正题。

当然,我第一步做的也是下了一本超级详尽的教程,想着学学语法什么的,毕竟这是一个从来没接触过编程的小白唯一能想到的。

然后嘞,我就发现这样很慢,而且冗长的pdf教程文件看着也贼无聊。然后我就想,要不去找个别的什么法子。

由于某门课程作业的缘故,我学了一些基本语法,当然是最基本的语法,比如循环语句、条件语句或者文件操作什么的。

这个很容易,所以我认为学哪门语言最重要的就是,学到一些很基本的语法,不要觉得这样显得自己很low,学完几个可以处理数据的语法,多加练习,等到需要的时候加以补充,不断充实,就可以了~

这时候那些冗长的pdf教程就起作用了,就像字典一样可以多查查,需要什么查查就好啦~

(当然这是我的个人意见,不乏大神看几遍教程就会了。在这过程我也没用视频去看,我可以在这放一下我文本教程,大家随便看看就好啦,类似的东西网上非常多)

Part_2 一本书教会你作图

这部分打算讲讲R的画图部分。其实当时我对用R作图或者其他语言作图没有任何概念=-=当真小白。

只是师兄非常推荐,我就学了一下R的ggplot包的画图功能。

当然,ggplot包的教程,有本经典书,广为流传,名为《ggplot2:数据分析与图形艺术》。这本书内容比较全,而且教程步骤也较为详细,可以跟着做做。

ggplot包里有很多示例数据集,很多函数语法我们可以直接按照教程,进行各种尝试。其实作图还是比较有趣的,悠哉悠哉哈~

但是每天看书练习练着练着…开始有趣后来就有点无聊了,而且没有尝试过其他作图函数,我就好奇用了R语言的基础作图的很多部分,这段时间,我充分感受到了ggplot包的简洁方便优越性~

如果你同样好奇,可以试试

当然, 思路呢,我还是那一套办法,在书里学到一些基本语法,应付基本作图是没有问题的。

比如说-确定数据集——确定坐标轴的对应变量——确定图形属性-

除此之外,我们可以对图形多加一些必要因素

(给文章加title——给坐标轴加标签——添加并加工图例)

这样呢,一个像个样子的图就可以做出来了。当然ggplot提供了对图片、标题或图例的微调,而且一点都不麻烦~相较于R语言的基础作图部分,做散点图、条形图、密度曲线图等,都需要记相应的函数和函数里各个参数。确实太过繁琐,而ggplot只需添加图形属性即可完成,所以ggplot既强大又方便的确值得入手啊~

哦对了,偶然得到了炼数成金的一些教程,帮助很大,这里面包括了R基础作图的内容,以及ggplot的作图内容,有视频素材和pdf,练习所需数据以及练习题,一应俱全,且无论是视频还是pdf都简明扼要,全无废话,很值得一看。

Part_3 吧啦吧啦~

但R能做的当然不止画图。

对于经常需要做统计分析的小伙伴来说,R绝对是你的好帮手。

虽然它处理文本文件比起其他语言可能确实是菜了那么一些,但是它有很多超级方便的关于统计的包~无疑省去了你很多麻烦。

举个例子,我由于之前的一些工作需要做主成分分析,了解原理之后本来想直接顺手用python写了,但是也写了好多行代码。

但是R语言做主成分分析只需要一行代码~有没有超级心动!

所以对于现在的我来说,python和R都是离不开的(我知道很大原因是由于现在能力还是比较菜)。但是不同语言还是各有优势的,有的时候也要合理利用。

最后,这些学习经历给我最大的感触是,学完基本语法,必须去尝试使用它,否则你对这些的印象并不会深,也不会知道不同方法在实际操作中的优劣。

实践出真知嘛,所以多做尝试,多思考,总是没错的。

以上是对我对R语言学习的一些粗浅的认识,欢迎互相交流。

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