linux medea 软件安装,linux下超详细教程安装phonopy

参考资料：

(1)        http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42178889

(2)        http://blog.sina.com.cn/s/blog_86e874d30102vvdd.html

(3)        http://muchong.com/html/201208/4874998.html

phonopy安装：

第一步：准备文件

1、python-3.6  (https://www.python.org/downloads/source/)

2、numpy-1.11.2  (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)

3、lxml-3.6.4  (http://lxml.de/)

4、matplotlib-1.5.0  (https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/)

5、PyYAML-3.12  (http://pyyaml.org/)

6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)

第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz

        tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz

        cd Python-3.6

        ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build

(在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定)

        make

        make install

设置环境变量

        vi  ~/.bashrc

在.bashrc文件末尾加入：

        export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/lib

export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH

        source  ~/.bashrc

测试

        命令行输入python3.6，若成功会出现(避免和系统自带/usr/bin混淆)

Python 3.6.0b3 (default, Nov  6 2016, 02:12:05)

[GCC 4.9.3] on linux

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>>

第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz

        tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz

        cd numpy-1.11.2

        cp site.cfg.example site.cfg

        vi site.cfg：

        修改文件中如下所示部分：

# [mkl]

# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/

# lapack_libs = mkl_lapack

# mkl_libs = mkl, guide

注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。

        修改后的如下(根据实际情况修改)：

[mkl]

library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64

include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include

lapack_libs = mkl_lapack95_lp64

mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5

(最后一行逗号为英文输入法下面的)

        python3.6 setup.py build --help-fcompiler  查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用

        python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem

        python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule

(pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录)

        vi  ~/.bashrc 添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib

/python"

export PYTHONPATH

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python

        source  ~/.bashrc

让python知道到哪里去找模块

        测试python是否能够调用numpy：

        cd .. (退出 numpy的目录)

这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy.

        输入：python3.6 进入python界面

        import numpy

执行 numpy 看是否出错

第四步：安装lxml-3.6.4.tgz

        tar xzvf lxml-3.6.4.tgz

        cd lxml-3.6.4

        vi  ~/.bashrc 添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib

/python"

(lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录)

        source  ~/.bashrc

        python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/lxml

第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz

        tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz

        cd matplotlib-1.5.0

        vi  ~/.bashrc 添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python"

(matplotlib是自己在python解压目录下新建的matplotlib安装目录)

        source  ~/.bashrc

        python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib

第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz

        tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz

        cd PyYAML-3.12

        vi  ~/.bashrc 添加下面内容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib

/python"

(pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录)

        source  ~/.bashrc

        python3.6 setup.py test

        python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml

第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz

        tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz

        cd phonopy-1.11.0

        python3.6 setup.py install

        把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy拷贝到usr/bin

测试

        在phonopy目录下命令行输入phonopy：

结果显示：

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1.11.0

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.

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