Phonopy 内网 安装 天河二号

1.加载环境变量

module load Python/3.8.10-anaconda 

2.安装依赖

2.1 下载依赖

在外网一台linux机器上,创建相同python版本的虚拟环境,激活环境变量

conda create -n phonopy python=3.8.10
conda activate phonopy

创建一个下载目录

mkdir pypi_packages
cd pypi_packages
2.1.1下载依赖 matplotlib的依赖
pip download -d . matplotlib
wget https://files.pythonhosted.org/packages/43/6e/59853546226ee6200f9ba6e574d11604b60ad0754d2cbd1c8f3246b70418/Pillow-9.1.1.tar.gz

其中Pillow的二进制经测试不能直接安装,需要手动安装,所以还要下载它的源码包

2.2.2 下载其他依赖
pip download -d . phonopy
wget https://files.pythonhosted.org/packages/08/12/db0d8c4d64240996a61671dbe9ff30fdafb887a6ccf101c11728f5f6c5af/spglib-1.16.5-cp38-cp38-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl

3.安装

3.1安装依赖

将外网下载好的二进制和源码波传到天河二号上

pip install spglib-1.16.5-cp38-cp38-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl
pip install h5py-3.7.0-cp38-cp38-manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl

pip install kiwisolver-1.4.3-cp38-cp38-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.whl
pip install pyparsing-3.0.9-py3-none-any.whl
pip install cycler-0.11.0-py3-none-any.whl
pip install packaging-21.3-py3-none-any.whl
pip install fonttools-4.33.3-py3-none-any.whl
pip install six-1.16.0-py2.py3-none-any.whl
pip install python_dateutil-2.8.2-py2.py3-none-any.whl
//Pillow没有打包好的二进制,需要编译安装
tar xzf Pillow-9.1.1.tar.gz
cd Pillow-9.1.1/ 
pip install .

//回到刚才的目录继续安装剩下的依赖
cd ..
pip install matplotlib-3.5.2-cp38-cp38-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.whl
pip install PyYAML-6.0-cp38-cp38-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl

其中不用安装numpy,因为使用module load Python/3.8.10-anaconda 后系统的

3.2 编译Phonopy

解压下载好的Phonopy源码包,指定路径编译安装

tar xzf phonopy-2.15.1.tar.gz
python setup.py install --prefix=/WORK/XXXX/software/phonopy

声明环境变量

export PATH=/WORK/XXXX/software/phonopy/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/WORK/XXXX/software/phonopy/lib/pythonXXX/site-packages:$PYTHONPATH


可加入/.bashrc

文章来源bitllion的hpc小站

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内网二进制安装MySQL可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先,从MySQL官网下载适合你系统的二进制文件。 2. 上传下载的二进制文件到内网服务器中。 3. 在服务器上创建一个MySQL安装目录,比如`/usr/local/mysql`。 4. 解压二进制文件到安装目录中。 5. 进入安装目录,执行以下命令设置文件权限: ``` cd /usr/local/mysql sudo chown -R mysql:mysql . ``` 6. 接下来,运行以下命令初始化MySQL数据目录: ``` sudo bin/mysqld --initialize --user=mysql --datadir=/var/lib/mysql ``` 7. 生成一个安全的密码,并将其保存在一个安全的地方,因为你将需要它来访问MySQL。 ``` sudo bin/mysql_secure_installation ``` 8. 启动MySQL服务: ``` sudo bin/mysqld_safe --user=mysql & ``` 9. 最后,验证MySQL是否成功安装并且可以正常工作: ``` sudo bin/mysql -u root -p ``` 请注意,以上步骤是根据Linux环境下安装MySQL 8的一般过程,具体步骤可能会有所不同,建议参考相应的安装教程[3]进行操作。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [Linux二进制方式安装mysql8](https://blog.csdn.net/qq877507054/article/details/126077442)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]
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