rstudio 修改代码间距_【科研猫绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享）...

作者：科研猫 | 小飞鼠

责编：科研猫 | 依米

暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。

那么，什么是火山图(Volcano Plot)。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常伴随热图一起出现。

火山图是散点图的一种展现形式。以实验组和对照组转录组数据为例，一张完美的火山图，通常由几个部分组成，显著上调差异表达基因，显著下调差异表达基因。一般来说，x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异，而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值。火山图上，一个点代表一个基因，而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。

好了，基础知识就介绍到这里，下面让我们来看如何绘制一张完美的火山图。

首先，让我们先看一下数据。我们的数据使用的是RNAseq表达谱计算出来的差异基因，差异基因的计算方法为limma。在RNAseq分析中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，使用excel打开改文件，一共有7列数据：第一列Symbol为基因名；第二列logFC为实验组比上对照组的倍数差异，其中大于0为实验组上调基因，小于0为实验组下调基因；第三列AveExpr为该基因在所有样本中表达量均值；第四列t为t统计量；第五列P.value为实验组比对照组的P值；第六列adj.p.value为校正后的P值，因为基因和基因并不是相互独立的，所以我们需要对P值进行校正来降低结果的假阳性，常用的校正方法为FDR校正；第七列B为B统计量。

然后，让我们打开Rstudio，开始安装一些必须的包，这里推荐一款ggplot2一键绘图神器，ggpubr (http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/)。这个包是在ggplot2的基础上，整合了很多绘图函数，对用户十分友好。另外需要用到的一个包围ggthemes，这个包整合了很多ggplot2的绘图主题，对科研人员十分友好。