python对图片分割提取_使用Python图像处理对生物样品的照片进行分割，以提取感兴趣的圆形区域 - python...

我在完成一些生物样本照片的分割时遇到问题，我试图通过图像处理来分析细菌的生长，因为理论上它应该起作用。这是我拥有的原始图像之一：

我正在尝试对圆内的区域进行分割，以了解像素值随着时间的流逝如何变化。我一直在尝试很多技术，因为我对于分析这类样本还比较陌生，起初我使用的是opencv，但没有得到想要的结果，所以现在我对所有样本都使用scikit-image图像处理和分割技术。

这是我到目前为止的代码：

from skimage import morphology, exposure, io, filters

from scipy import ndimage as ndi

from skimage.color import rgb2gray, label2rgb

from skimage.filters import sobel, rank

import matplotlib.pyplot as plt

y1=400

y2=1600

x1=700

x2=1900

test_img = io.imread(folders_path+hour_tested[0]+'5.jpg')

roi_test = test_img[y1:y2, x1:x2,:]

gray_img = rgb2gray(roi_test)

denoised_img = rank.median(gray_img, morphology.disk(5))

val = filters.threshold_otsu(denoised_img)<