linux查看文件行数
wc -l filename
查看文件
cat filename
less filename
more filename
head filename#-n指定前几行
tail filename
如果查看的是压缩文件
less filename#可以查看压缩文件
zcat filename
less filename |head -n 12
zcat filename |head -n 12 #zcat 会显示文件所有内容,head
zcat filename |head -n 12 |gzip >test.fq.gz#压缩
查看压缩文件行数
zcat filename|wc -l#zcat不会占用太多内存
less filename|wc -l
查找文件内特定的行
zgrep 'XXX' filename -A 3 #查找压缩文件,A,显示后3行
grep 'XXX' filename -A 3 #查找非压缩文件,A,显示后3行
zcat filename |grep 'XXX' -A 3#匹配的会突出显示
返回目标字符所在的行:
grep -n 'XXX' filename
zgrep -n 'XXX' filename
例如:
zgrep 'HWI-7001455:511:CC564ANXX:7:1205:8462:90012' H-CK-1-3_clean.fq.gz -A 3
结果:
@HWI-7001455:511:CC564ANXX:7:1205:8462:90012 1:N:0:GGTGCGAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGAAAGAACCCC
‘+’
BB@BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG#################
压缩文件
gzip filename
解压缩文件
gunzip filename