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RSS订阅原创 Perl_子例程调用by引用
#第一种情况，传匿名子例程引用my $rs=\&greet;#$rs=\&greet();#wrong#$rs->('Joan','Kim');#当调用的已经是匿名子例程引用的时候。这行放在这里报错my $hidrs=sub{ my $ele=shift (@_); print "$ele say \"Hello World\".\n";
2013-10-28 11:12:04
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原创 Perl_引用
#about ref nummy $num=10;my $rnum=\$num;$$rnum += 2;print $$rnum."\n";#print 12${$rnum} += 2;print ${$rnum}."\n";#print 14my $rdnum=\10;#ref stringmy $a="string1";my $ra=\$a;
2013-10-26 14:18:41
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原创 生物信息_MAF_Minor_Allele_Frequency
生物信息_MAF_Minor_Allele_FrequencyMinor allele frequency (MAF) refers to the frequency at which the least common allele occurs in a given population.SNPs with a minor allele frequency o
2013-10-15 10:17:39
3013
原创 生物信息_Exon_CDS的区别
生物信息_Exon_CDS的区别http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=29552"Exon" refers to transcription and "CDS" to translation.Exon 包括UTR（Untranslated Region）和CDS（Coding DNA Sequence）。
2013-10-15 10:14:57
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原创 Linux_cat命令看行的结尾$以及tab键的显示_-A_-v
Linux_cat命令看行的结尾$以及tab键的显示_-A_-v-A相当于-vET-v表示给出不显示的使用^和M-的标识，除了LFD和TAB之外。-E是把每行结尾的$也输出。-T是用^I表示tab。$ cat -A ctrl_M.fileHere is a ctrl_m^M$No ctrl_m$Here is a tab between two"!"
2013-08-12 15:26:57
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原创 Linux_去掉和加上^M_ctrl_m
Linux_去掉和输入^M_ctrl_m想要去掉文档中的^M，注意下面命令中的^M是同时按下ctrl和v和m出现的，不是直接输^Msed 's/^M//g' file >new_file想要在vi中输入^M，也是在输入模式下同时按下ctrl和v和m
2013-08-12 15:05:44
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原创 Linux_查看正在运行的命令_top
Linux_查看正在运行的进程_toptop -u 用户名可以看到这个用户的命令。按下shift+H键，则展示线程（threads），再按一次就不展示线程。按下c，则可以显示完整命令。centOS 6.3中“top -u 用户名”之后：按下o（字母），进到调节列显示顺序的页面：top中的每一列对应一个字母，按下这个字母的大写则把对应列往左挪，小写则把对应列往
2013-07-26 17:24:57
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原创 Linux_找出最近修改的文件_find_-mtime_-n_+n
Linux_找出最近修改的文件_find_-mtime -nfind . -mtime -3表示找出当前目录（包括子目录）内，3天以内修改过的文件。find . -mtime +3表示找出当前目录（包括子目录）内，3天以前修改过的文件。find /home/root/ -mtime -3表示找出/home/root/（包括子目录）内，3天以内
2013-07-22 15:55:58
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原创 Linux_vi非贪婪匹配_\{-}
Linux_vi非贪婪匹配_\{-}vi打开一个文件同时按下shift和分号（即：）1,$s/1\..\{-}\(\t\)/1\1/g匹配1.后面加任意字符直到遇到第一个\t（tab）\{-}也即平时用的?.\{-}相当于.?\(\t\)与替换的\1对应，指的是第一个括号中的字符串。
2013-07-10 16:24:57
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原创 Algorithm_Big-O_notation_&_OMEGA
f(n) and g(n): the running times of two algorithm on inputs of size n.Let f(n) and g(n) be functions from positive integers to positive reals.f=O(g) (which means that"f grows no faster than g")
2013-04-15 12:33:52
652
原创 C++_string类型
C++_string类型要注意加上#include这句才能用string。输出的时候要用变量名.c_str()这样输出。#include#include#includeusing namespace std;string st1="This is a string!";int main(){ printf("string:
2013-04-07 11:09:36
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原创 C++_变量命名
C++_变量命名变量可以以字母或下划线_（Underscore）开头，后面可以跟字母、数字、下划线。例如：int a;int b=1;char _name;char c1;float f_n1;
2013-04-07 11:03:16
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原创 Linux_查看.gz压缩文件行数_zcat或者gzip_-dc
Linux_查看.gz压缩文件行数_zcat或者gzip_-dczcat 123.gz|wc -lgzip -dc 123.gz|wc -l注意：这种压缩文件不能直接wc -l
2012-10-12 10:07:02
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原创 Linux_查看队列包括的节点_qselect_-q_queue
Linux_查看队列包括的节点_qselect_-q_queueqhost可以看到所有节点，但是哪些才是某队列可以用的呢？qselect -q 队列名字这样就可以看到这个队列可以用的节点。
2012-10-11 20:53:56
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原创 Perl_匹配段落前略过的部分$`_匹配段落$&_匹配段落后的部分$'
Perl_匹配段落前略过的部分$`_匹配段落$&_匹配段落后的部分$'$`保存了正则表达式引擎在找到匹配段落前略过的部分。$&保留了匹配成功的部分。而$'保存了字符串中剩下的、从来没有匹配到的部分。my $s="aaaaaa{0,1}bbbbb";if ($s=~/a\{0,1\}/){ print $`."\n";#aaaaa prin
2012-10-10 09:28:01
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原创 Linux_给命令一个别名_alias
Linux_给命令一个别名_aliasvi ./.bashrc然后在里头加上这两句alias qq='qstat'alias x='clear'保存，命令行输入source ./.bashrc然后在命令行输gg或者x的话就等同于qstat或者clear在命令行想要查看某个别名对应的东西，可以这样：命令行输which x得到alia
2012-09-25 17:01:55
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原创 Perl_子程序数据传入传出_哈希
Perl_子程序数据传入传出_哈希第一种方法，传入哈希，哈希转数组，然后进行后面的处理。下面这个是网上别人的一个子程序，直接拿来用了use Array::Compare;sub hashcompare { my @hasharray=@_; my @array1=%{$hasharray[0]}; my @array2=%{$hasharray
2012-09-13 17:12:11
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原创 Linux_clustalW安装及使用（部分）
Linux_clustalW安装及使用首先解压压缩包tar -xzvf clustalw-2.1.tar.gz进到解压后的文件夹cd clustalw-2.1安装./configuremake进到下面这个文件夹cd src/运行即可./clustalw2用clustalW建树运行clustalW，先按1回车附上fa文件的完整路
2012-09-11 16:37:19
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原创 Linux_前一个投的任务跑完再跑另一个任务_qsub_-hold_jid
Linux_前一个投的任务跑完再跑另一个任务_qsub_-hold_jidperl program_1.pl input_1.file output_1.fileperl program_2.pl output_1.file output_2.file像这样的情况，第一个任务的输出是第二个任务的输入，第二个任务必须等第一个任务跑完了再跑。设想了一个方法：得到
2012-09-06 11:33:52
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原创 Linux_使shell显示每个被执行到的命令_-x
Linux_使shell显示每个被执行到的命令_-x 执行sh的时侯加上-xcat run.shperl run.plsh -x run.sh+ perl run.pl 或者在sh中写上set -xperl run.plset +x#set -x和+x之间的行在执行的时侯都会显示出来。cat run.shset -xperl run.
2012-07-01 22:05:49
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原创 Linux_printf的格式声明_百分号s_d
Linux_printf的格式声明_百分号s_d printf "get '%s,%s'\n" one two#get one two\nprintf "get '%s,%d,%s'\n" one 2 three#get one 2 three\n#%s表示string，%d表示数字，顺序表示对应的第几个输入。#printf输出换行的时侯直接写\n，这点与echo不同
2012-07-01 21:49:21
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原创 Linux_echo不打印最后的换行符_-n或者转义c
Linux_echo不打印最后的换行符_-n_转义c echo -n "string "echo "string \c"#string _#string后面下划线的地方可以继续键入
2012-07-01 21:43:00
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原创 Perl_哈希排序_sort
Perl_哈希排序_sort 对哈希的值排序my %hash;$hash{"a"}=1;$hash{"b"}=2;$hash{"c"}=21;$hash{"d"}=4;$hash{"e"}=13;$hash{"f"}=12;my @val =sort values %hash;foreach (@val){ print $_."\n";
2012-05-23 14:11:55
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原创 Linux_投任务到特定节点_h
Linux_投任务到特定节点_h qsub -cwd -l vf=1G,h=compute-12-13 run.sh这样写就是投一个叫run.sh的作业到compute-12-13这个节点。
2012-05-22 11:38:35
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原创 Linux_不挂断地运行命令（后台运行）_nohup
Linux_不挂断地运行命令（后台运行）_nohup nohup sh run.sh&这样执行的sh会在后台执行，这个时侯退出登录不会对你在运行的sh造成影响运行完之后，系统会有提示。要kill掉后台运行程序的话，可以先找到作业的id然后再删。
2012-05-22 11:35:09
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原创 Linux_挂起作业_qhold
Linux_挂起作业_qholdqstat 或者top一下，这个作业的job-ID，譬如是123456然后qhold 123456作业就挂起了qrls 123456作业就被释放了
2012-05-22 11:30:21
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原创 弹窗引发的用户上帝说
近日，牢骚小小白学习安卓开发，想好的界面一改再改，原本很简单的东西又弄复杂了，就单单是个时间设置都弄了半天，一个大好晚上兴致全无…… 改变时间，弹窗，可以，但是偏偏不想，为什么显示了时间的加减号了，还得弹窗？不解，考虑到我刚接触开发，想必是有不用弹窗的效果的。 用户，上帝也。想要让自己的想法实现，牢骚小小白是应该用自己用了也感到恶心的方法还是精益求精？噢，请让牢
2012-05-15 22:28:36
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原创 Android开发_弹出小小提示框_Toast
//Android开发_弹出小小提示框_Toast//放在MainActivity.java里面的public class MyOnItemSelectedListener implements OnItemSelectedListener { public void onItemSelected(AdapterView parent,View view, int pos, lo
2012-05-08 10:49:43
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原创 生物信息_SOAPsnp_参数设置_例子
生物信息_SOAPsnp_参数设置_例子 跑SOAPsnp：例：/dir/SOAPsnp -i /dir/SOAP_output/pe.soap.sort -d /dir/ref_index/sequence1 -o /dir/SOAPsnp_output/out1.cns -M /dir/SOAPsnp_output/matrix1.mat -L 90 2>/dir/SOAP
2012-05-03 15:51:41
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原创 生物信息_SOAPalign_参数设置_例子
生物信息_SOAPalign_参数设置_例子 跑SOAPalign之前要建库/dir/2bwt-builder 注：会得到一堆的.index文件，.index指代建库产生的一系列文件跑SOAPalign例：/dir/SOAP -D .index -t -l 35 -v 4 -m 28 -x 481 -g 1 -p 4 –a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.g
2012-05-03 11:51:56
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原创 Linux_.bashrc设置_添加目录、当前文件、光标所在行、总行数及字符数信息
.bashrc export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[32;1m\]\u \033[33;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[33;1m\]$ \[\e[0m\]"效果如图，白色行显示信息为目录、文件、光标所在行、总行数以及字符数
2012-05-02 11:59:41
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原创 生物信息_Call_snp_by_soapsnp_外显子
生物信息_Call_snp_by_soapsnp_外显子 数据：人外显子（5.6G左右，两个gz文件，Agilent 50M，pe测序，90读长）方法：call_snp_by_soapsnp每步估计需要投多大（仅作参考）：SOAP（也就是Soapaligner，5.6G）：从两个fq.gz到分染色体之后的.soap注：SOAP这步输入文件有一个chrOrder，要
2012-05-02 11:41:57
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原创 生物信息_odds_ratios、Likelihood_Ratios、发病率、frequency
casecontrolrisk->Gac Tbd odds ratio=(a/b)/(c/d)Likelihood ratio=(a/(a+b))/(c/(c+d))Likelihood ratio也就是LR，LR越大，case与contr
2012-05-02 11:26:05
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原创 Perl_把字符串分开成单独的字母_split(//,$var)
Perl_把字符串分开成单独的字母_split(//,$var) my $var="ABCDEFG";my @array=split(//,$var);foreach my $num (0..$#array){ print $array[$num]."\n";}output:ABCDEFG
2012-04-23 11:43:25
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原创 生物信息_Blast比对_blast
生物信息_Blast比对_blast 先对ref建库/bin/formatdb -i /dir/ref.fa -p F -o进行blast比对，输出是m8格式，具体很多参数，参看《常用生物数据分析软件》/bin/blastall -i input.fa -d /dir/ref.fa -o blast.out -p blastn -m 8
2012-04-20 19:23:29
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原创 生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组
生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组 数据：人全基因组（100多G，两个gz文件，已去接头，pe测序，90读长）方法：call_snp_by_soapsnp每步估计需要投多大（仅作参考）：Bwa（13G）：从两个clean.fq.gz到两个.sai再到一个.sam注：在生成完sam之后检查有没有报错，没有就可以把.sai删掉。Get_uni
2012-04-20 15:58:16
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原创 Perl_传入值or路径or文件名等_@ARGV
Perl_传入值or路径or文件名等_@ARGV die "usage: $0 [input1] [input2] [out]\n"unless (@ARGV == 3);open IN , "$ARGV[0]" || die "$!\n";open IN1, "$ARGV[1]" || die "$!\n";open OUT, "> $ARGV[2]" || die "$
2012-04-20 10:51:16
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原创 Perl_标准输入_STDIN
Perl_标准输入_STDIN #!usr/bin/perl -wuse strict;my @a=; #停止输入的时候按ctrl+Dmy $out="/dir/out";open OUT,">$out" || die "$!\n";foreach $a (@a){ print OUT "$a";}
2012-04-20 10:47:31
1400
原创 Perl_默认变量_$_and_@_
Perl_默认变量_$_and_@_ cat file1A\t2\t7\tDB\t4\t2\tCD\t2\t4\tE 例my $fil=/dir/file1;open IN, $fil || die "$!\n";while() { chomp; split(/\n/,$_,2); print $_[0]; print
2012-04-20 10:41:07
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