热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异,直观、美丽、大方,深受科研工作者的喜爱,尤其是转录组类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,比如我们最常使用的excel;还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools,在公众号生信札记有比较详细的教程,感兴趣的可以自行搜索相关教程;今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap 包和 ggplot2 包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包;ggplot2是R语言中最常用的可视化工具包。R语言中还有一个专门用来绘制热图的工具包ComplexHeatmap,功能比pheatmap强大,帮助文档非常详细,感兴趣的可以自行查阅帮助文档,在这篇文章中就不做过多介绍。
1、利用pheatmap制作热图
这部分内容主要来自教程 https://flowingdata.com/2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/。原文用到的数据集:NBA basketball statistics from last season。可是回头再看这篇教程的写作时间已经是2010年了。“上一个赛季(last season)”那岂不是要追溯到2008-2009赛季了?那个时候科比还在,卡特未老,麦迪虽已巅峰不在,干拔跳投却依旧销魂;艾弗森虽然远赴掘金,但那份桀骜与坚持依旧感动着无数球迷;那时候纳什还在太阳,小斯还是劲爆的小霸王,再加上防守悍将马里昂,即使是与拥有GDP的马刺也能大战上六场;那时的姚明带领火箭闯进了季后赛第二轮,并与当年的总冠军湖人队大战了7场 ,同时还