python读取文件_MNE-python读取.edf文件

文章来源于"脑机接口社区"

Python-EEG工具库MNE中文教程(7)-读取.edf文件​mp.weixin.qq.com
1f43698c856b300817576a464648eda4.png

EDF,全称是 European Data Format,是一种标准文件格式,用于交换和存储医疗时间序列。

该格式文件能够存储多通道的数据,允许每个信号拥有不同的采样频率。

在内部,它包括标题和一个或多个数据记录。标题包含一些一般信息(患者标识,开始时间......等等)以及每个信号的技术规格(校准,采样率,过滤,......等等),编码为 ASCII 字符。数据记录包含小端 16 位整数的样本。因此,EDF 也是多导睡眠图(PSG)录音的流行格式。

python读取edf文件,可以通过mne实现

方法原型:

mne.io.read_raw_edf(input_fname,
                    montage='deprecated', 
                    eog=None,
                    misc=None,
                    stim_channel='auto',
                    exclude=(), 
                    preload=False, 
                    verbose=None)

读取edf文件:Affaf Ikram 20121020 1839.L1.edf

第一步:导入工具包

from mne.io import concatenate_raws, read_raw_edf
import matplotlib.pyplot as plt
import mne

第二步:加载本地edf文件

raw=read_raw_edf("Affaf Ikram 20121020 1839.L1.edf",preload=False)

第三步:获取原始数据中事件

查看原始edf文件中保存的event id以及events

events_from_annot, event_dict = mne.events_from_annotations(raw)
print(event_dict)
print(events_from_annot)

701bf2ef0d79d3089bdf7b7a453d28c8.png

如上图可以发现,事件ID有1,2,3,4,5,6

每个ID对应着注释:['TRSP', 'bgin', 'fix+', 'resp', 'stm+', 'stm-']

共有517个事件

第四步:根据事件ID获取对应事件

下面只选取事件ID为5和6的所对应的事件

custom_mapping = {'stm+':5, 'stm-': 6}
(events_from_annot,
 event_dict) = mne.events_from_annotations(raw, event_id=custom_mapping)
print(event_dict)
print(events_from_annot)

6d2e6e3173a2fe6c42e4d26d816b1d52.png

第五步:绘制事件图

fig = mne.viz.plot_events(events_from_annot, sfreq=raw.info['sfreq'],
                          first_samp=raw.first_samp, event_id=event_dict)
fig.subplots_adjust(right=0.7)

77f59be08d6e25db8b6b713ded858b9a.png
epochs = mne.Epochs(raw, events=events_from_annot, 
                    event_id=event_dict)

epochs.plot_image()

5a42f1f3e11f0de2ba28c7ac7503633a.png
"""
获取采样频率sfreq

知识点:

“采样频率,也称为采样速度或者采样率,定义了每秒从连续信号中提取并组成离散信号的采样个数,它用赫兹(Hz)来表示。
采样频率的倒数是采样周期或者叫作采样时间,它是采样之间的时间间隔。
通俗的讲采样频率是指计算机每秒钟采集多少个信号样本。”

"""
sfreq=raw.info['sfreq']
"""
获取索引为m到n的样本,每个样本从第k次到第h次.
data,times=raw[m:n,k:h]

其中data为索引为m到n的样本,每个样本从第k次到第h次.
times是以第k次采样的时间作为开始时间,第h次采样时的时间为结束时间的时间数组。
"""
data,times=raw[:3,int(sfreq*1):int(sfreq*3)]
plt.plot(times,data.T)
plt.title("Sample channels")

0a647c21ff1ab1b13be423ae5412dc80.png

文章来源于"脑机接口社区"

Python-EEG工具库MNE中文教程(7)-读取.edf文件

MNE-Python处理脑电教程汇总

脑机接口社区:MNE-Python处理脑电教程汇总

5daf41eeeaea4271fcda0d4b62f0f1ed.png
  • 0
    点赞
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值