在NGS基础:测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit
中的命令fastq-dump
从NCBI下载原始测序数据,命令如下。
nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 &
nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 &
这个代码,给我们4个提示:
fastq-dump
不只可以转换下载好的sra
文件为fastq
文件,还可以顺带下载sra
文件。只需提供
SRR
号,就可以获得FASTQ
序列。不需要先调用
prefetch
下载,然后再转换。其它参数解释见引用文章。
每一行命令后面
&
号表示把命令放入后台运行,当前终端可以继续输入其它命令;此处也相当于实现了一个手动并行下载多样本,配合
for
可以自动并行下载。nohup
表示让程序在终端因人为原因或网络原因断开后不挂断,适用于运行时间比较长的命令,一般与&
连用,形式如nohup 你的命令 &
(注意空格的存在)。如果程序运行输出错误信息,则会写