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一、简介
BioCyc是一个含有16,822途径/基因组的数据库(Pathway/Genome Databases, 简称PGDBs)。BioCyc数据库中涉及细菌、古细菌、酵母、果蝇、小鼠和人类。而BioCyc数据库又可进一步被分成三级:
第一级:数据库至少有1人年的科学实验文献管理且是最准确的。MetaCyc属于这一级,具有20人年以上的管理。
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第二级和第三级:数据库包含代谢途径的计算预测、代谢途径中编码缺失酶的基因的预测和操纵子的预测。
MetaCyc是一个非冗余的、具有经过实验阐明的代谢途径和酶的数据库。MetaCyc数据库包括以下内容:
· 存储的代谢途径涉及初级代谢和次级代谢
· 存储了代谢物、酶、酶复合体和途径相关的基因
· 外部链接到包含蛋白和核酸测序数据、文献数据和蛋白质结构等其他生物学数据库
· 与EcoCyc相比,提供的基因组数据较少
二、应用
MetaCyc主要可被用于以下四个方面<