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RSS订阅原创 2021-04-12
HERB：中药高通量实验和参考数据库引言目前，药理转录组学已成为评估药物疗效和发现新药靶标的有力方法。最近，中药的研究已越来越多地转向高通量转录组筛选，以了解中药/成分的分子作用，确定对应的基因靶标，并与现代各种疾病关联起来。但这些数据都还未系统整理，供中医药研究使用。为更好支持中医药现代化，用数据指导现代药物发现，北京中医药大学、中国科学院计算技术研究所和四川大学华西医院肾脏研究所组成研究团队共同建立了HERB数据库，这是专门的中药高通量实验和参考数据库，中文名叫BenCaoZuJian（本草组建），
2021-04-12 10:41:31
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原创 中国医学科学院药物研究所委托爱菩新医药构建新药发现资源数据库
近期，爱菩新医药为中国医学科学院药物研究所设计构建的新药发现资源数据库（Resource databases for new drug discovery, rdndd，http://pharmdata.ncmi.cn/rdndd）正式上线，该数据库旨在建成一个开放型的药物资源信息交流平台，为药物设计、虚拟药物筛选、潜在活性化合物的确证以及进一步研究，提供信息支撑。新药发现资源数据库新药发现资源数据库是药物研发类数据库，也是新药研发资源数据共享平台，旨在为药物研发工作者以及药物、化合物和粗提物资源供应者
2020-10-14 14:04:06
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原创 天然产物数据库综述：2020年从哪里找天然产物数据
引言近十年，天然产物（NP）一直是科学界关注的焦点，并且对它们的研究兴趣也在不断增长。因此，近二十年来，各种以NP作为主题资源的数据库或数据集的数量迅速增加。德国Friedrich-Schiller大学的Maria Sorokina 和 Christoph Steinbeck教授研究发现自2000年建立的各种NP资源信息库有123种，但是有些数据库甚至是相对较新发布的已经不再可用，这导致了NP数据的巨大损失。在这123种信息库中，有98种仍可以通过某种方式访问，而只有50种是开放访问的。Sorokina和
2020-05-26 09:26:02
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原创 虚拟筛选在药物发现中的意义
文章概要近二十多年来，分子对接代表的基于结构的虚拟筛选已成为基于结构药物设计的标准方法。然而，随着对这些方法的局限性、潜力和优势的日益了解，人们对虚拟筛选也有了更高的期望。作者研究了2014-2018年近五年发表的虚拟筛选文章，试图从以下几个方面对虚拟筛选进行评价：1、预测的结合模式是否与蛋白晶体数据一致；2、是否如文献中常常形容的那样是一种优良筛选工具；3、是否能成功筛选到新颖的化学骨架，...
2020-04-07 11:37:42
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原创 如何快速建立化合物数据库
化合物库是创新药物发现的主要源头。随着人工智能大数据和实验筛选模型的迅速发展，化合物筛选已成为发现先导化合物的主要途径。纵观国内外各大药企，辉瑞、诺华、默沙东、药明康德等各大药企均有自己大型的高质量的化合物库，瑞士的诺华制药就拥有约150万种实体化合物。那么，小编在这里为大家整理一下部分目前常用的化合物数据库及化合物数量：公共数据库ZINC http://zinc.docking.org...
2020-01-02 17:14:10
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原创 Molkit为您的化合物库添加核心引擎
摘要：化合物库的核心引擎是化学结构搜索，爱菩新开发的Molkit，为化合物库管理添加核心引擎。化学大数据需要更高效的结构搜索服务结构式搜索是一种以输入化学分子结构图形为特征的化学信息搜索方式，区别于CAS号，化学名称等的数字或文字搜索方法，是目前化学家在科研或订购化学试剂时最常用的搜索方式。化学结构搜索主要包括全结构/精确搜索，子结构搜索和相似结构搜索。图2 三种检索方法示意图适用...
2019-12-17 16:19:22
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原创 微型化学信息工作站，1分钟部署，轻松管理百万级化合物
背景为什么要进行化学信息化建设？一是统筹管理整个药物研发生命周期，避免信息孤岛的需要。随着制药技术的发展和监管部门带来的压力，现如今新药、生物技术、仿制药公司都面临着前所未有的挑战。医药研发型机构需更加注重覆盖研发一站式的解决方案，从实验设计，实验执行，结果分析，研究报告的产生，实验室资源的管理到仪器原始数据的管理等。通过信息技术带动研发管理和决策模式的变革和创新，才能真正提高产品质量、生产率...
2019-11-19 14:29:24
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原创 细菌性感冒与病毒性感冒的区别及其用药
春天到了，随着温度的逐渐回升，感冒也随之而来，且正值冬春交替之际，气温变化大，稍不留神就会感冒，相信很多人坚持过一句话“感冒期间多喝热水，不过几天就能自愈了”，真的是这样吗？案例一：贵州一个7岁男孩小杨阳（化名）因为受凉感冒流鼻涕，家长刚开始也没有太在意，觉得这点小病在家里吃点药就好了。一连3天过去，小杨阳的病情还是没见好转，家长有些不放心，就带着他去医院。可是看到医院人山人海的挂号...
2019-03-08 14:22:28
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原创 现有改善肠道菌群的药物有哪些？
在上一篇小编介绍了肠道菌群与我们的健康生活的关系，肠道菌群失调可致人体许多疾病 ,保持肠道微生态平衡是维持人体健康所必需的。菌群失调是指由于某种原因（如滥用抗生素），正常菌群中各种微生物的种类和数量可发生较大的变化，偏离正常生理组合，临床上以腹泻最为明显。那改善肠道菌群使其保持平衡的有哪些药物呢？接下来小编给大家介绍一些，希望有所帮助。双歧杆菌三联活菌散本品为消化类非处方药药品...
2019-03-07 09:23:13
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原创 什么是CRAT治疗？
根据全国肿瘤登记中心主任陈万青教授的最新统计，中国5年内诊断为癌症且仍存活的白血病患者为11.73万人、淋巴癌患者为15.76万人。而CAR-T对治疗血液肿瘤有明显的效果。CAR-T全名为嵌合抗原受体T细胞免疫疗法（Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy），是一类经过基因工程改造，能够特异性消灭肿瘤细胞的免疫细胞。和其它免疫疗法...
2019-03-06 14:26:02
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原创 肠道菌群与健康的关系
肠道菌群是人体肠道的正常微生物，其构成主要为细菌、古细菌、真菌、病毒等。肠道细菌的总数达100万亿，是人体细胞总数的10倍，主要有硬壁菌、拟杆菌、放线菌和变形杆菌，其中严格厌氧菌的数量比兼性厌氧菌和需氧菌多2~3个数量级。它们能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应。肠道菌群与人类共同进化，从我们出生开始，身体里就存在大量的共生微生物，陪...
2019-03-05 09:02:37
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原创 药物研发——解决临床上未被满足的需求（上）
——临床上有大量未被满足的需求！——企业需要研发有竞争力的新药，推动着企业必须满足目前竞争者未能满足的临床需求。真正的新药研发是要满足中国以及全球尚未满足的临床需求，这是药物开发的本源。尽管近年来，国家给了国内企业的新药研发不少支持政策，但从成果来看，新药研发并没有多大的提升。比如2005-2015年国家食品药品监督管理总局共受理化药创新药注册申请414个，其中申请临床试验品种369...
2019-03-04 15:03:47
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原创 非酒精性脂肪性肝炎潜在治疗靶点及药物研究进展
随着肥胖及其相关代谢综合征全球化的流行趋势，非酒精性脂肪性肝病现已成为欧美等发达国家和我国富裕地区慢性肝病的重要病因，患病率约15%～40%，其中10～20%的非酒精性脂肪肝病患者会发展为非酒精性脂肪肝炎（NASH），预计全球范围内NASH的发病率在3～5%，在糖尿病人群中发病率会提高至22%。而NASH患者中约有15～25%的病人会发展成为肝硬化，鉴于全球肥胖和糖尿病的盛行，估计到2030...
2019-02-21 09:08:57
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转载 实验室信息化建设助力医药研发
随着科研投入的增加，实验室规模扩大，检测样品量增多，实验室每日都会产生大量的数据。传统的以人工、纸质等方式为主的管理模式存在工作效率低下、信息交流不通畅、资源配置不合理的弊端，严重制约了实验室的发展。实验室管理整体水平的高低直接影响着高校/机构/企业的科研水平、创新水平和管理水平。 以计算机及信息技术为核心，结合现代管理思想的实验室信息化管理工具应运而生，已成为发展实验室、提高科研效率所必...
2019-02-20 17:11:33
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原创 心脑血管疾病相关的药物和靶点
心脑血管疾病是心脏血管和脑血管疾病的统称，泛指由于高脂血症、血液黏稠、动脉粥样硬化、高血压等所导致的心脏、大脑及全身组织发生的缺血性或出血性疾病。心脑血管疾病是一种严重威胁人类，特别是50岁以上中老年人健康的常见病，具有高患病率、高致残率和高死亡率的特点，即使应用目前最先进、完善的治疗手段，仍可有50%以上的脑血管意外幸存者生活不能完全自理，全世界每年死于心脑血管疾病的人数高达1500万人，居...
2019-01-24 11:00:30
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原创 盘点|国内天然产物数据库
天然产物是新药发现的重要源泉，天然产物化学成分实物库与数据库的建设对天然产物的研究与开发有重要的意义。本文就目前国内可以公开查询到的有关天然产物的实物库和数据库建设情况进行概述，希望对天然产物的研究与开发有所帮助。1、中国天然产物数据库[Chinese Natural Product Database (CNPDTM)]CNPDTM 数据库包括两方面内容：一是库管理系统，二是数据本身。...
2019-01-23 14:03:29
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转载 ipmDraw——化学结构编辑器
简介：ipmDraw是一款爱菩新医药自主研发的结构编辑器，支持在线绘制化学结构及化学反应式；可应用于化学、医药、生物和农药等领域，也可用于结构式搜索服务。 主要特点：1、兼容各大主流浏览器，如google、搜狗、火狐、IE10以上、猎豹、百度等主要浏览器；2、支持识别常见基团缩写，如-Boc、-Ph、-COOH等；3、引入常见模板，如氨基酸、二环类化合物及DNA模板等；4、支...
2019-01-21 13:59:45
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转载 InfoBase（英夫）——大数据时代企业及高校科研机构化合物管理
忽如一夜春风来,千树万树梨花开——我们已经进入大数据时代。 中国正在快步进入创新型国家行列，与之同时，企业与高校科研机构的科研创新能力也在不断提高。随之而来的是，科研数据井喷式增长。而传统数据管理依旧停留在纸质记录、单机版软件管理，数据分散存储，数据格式不规范，数据不易保存，存在流失风险，且数据难以查询，不易重复利用。而这些研发数据是企业及高校科研机构宝贵的知识财富，也是企业及高校科...
2019-01-18 11:58:05
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原创 妇科千金片抗菌与崖豆藤抗菌有什么关系呢？——异戊二烯化异黄酮
抗菌靶点的寻找也是令广大研究人员头疼的事情，大多数时候都是停留在表型活性研究，难以有突破性的进展。接下来小编分享一种思路，希望对大家有所帮助。我们先来回顾一下不同时期不同研究人员所做的抗菌研究：（研究一）中药千金拔抗菌活性成分研究妇科千金，呵护至今。妇科千金片、千金抗菌洗液，大家一定不会陌生，尤其是女性朋友们，用于私处抗菌治疗与护理。那他们为什么具有抗菌的作用呢？妇科千金片千金...
2019-01-17 09:24:22
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原创 WEGA算法——基于分子形状的三维相似度计算方法
分子形状比较方法广泛应用于药物研发领域，如虚拟筛选，骨架跃迁以及分子叠合等。分子形状比较方法一般而言分为两种，一种是直接的形状比较；另一种是基于形状描述符的比较。虽然基于形状描述符的比较方法速度较快，但是具有局限性——两个相似的分子，其描述符可能不尽相同。描述符目前学术界认为直接形状比较方法更有效，因为这些方法通常可以获得形状匹配的最佳对齐，并且可以发现一些有用的信息来解释为什么某些配...
2019-01-16 08:47:16
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原创 抗增殖活性天然产物分子机制研究——药物靶点预测系统案例分析3
天然产物的活性研究，不少研究人员惯性对天然产物进行细胞增殖抑制试验研究（细胞毒性试验或抗肿瘤活性试验），以期尽快寻找活性突破口，早点发表文章，以免新化合物被抢发！因此，很多人也不会去研究分子机制，寻找靶点。因为与细胞增殖相关的靶点太多了，增殖异常时，不少生物标志物特异性升高。盲目筛选，耗时耗力，当然主要原因还是经费不足。那是否有其他办法辅助靶点预测呢？靶点预测来自中科院合肥物质科学...
2019-01-10 13:54:08
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原创 天然产物分子机制研究（内含彩蛋）——药物靶点预测系统案例分析2
好久不见！上期我们推送了《药物靶点预测系统案例分析1》——报道了药物靶点预测系统精准地预测到化合物2对β2-肾上腺受体的激动作用，与山东大学向兰教授发表于JNP杂志的实验结果一致。 本期，小编为大家分享一种研究思路（也许能发家致富哦！） 化合物的活性寻找是一件让人费心费力的事情，尤其天然产物研究人员对此更是捉急万分。虽然不少研究人员使用活性导向的提取分离方法，但往往只能验证天然...
2019-01-08 11:32:07
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原创 生物医药项目管理系统（InfoBase）——爱菩新
化合物资源是创新药物的源头，化合物筛选已经成为发现先导化合物的主要途径之一。因此化合物库的建设一直是我国发展创新药物研究的工作重点。化合物库是我国创新药物研究的物质基础之一。对于研究机构和企业，化合物库及其数据是研究水平和核心竞争力的体现。化合物库的构建，不仅仅要汇集化合物样品，建立化合物实体库，还需配套建设化合物信息库，用于管理化合物的信息及其库存。然而让研究机构和企业头疼的是，一个化合...
2019-01-03 16:23:45
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原创 国内有哪些大型的药物筛选中心？
药物筛选是现代药物开发流程中检验和获取具有特定生理活性化合物的一个步骤，系指通过规范化的实验手段从大量化合物或者新化合物中选择对某一特定作用靶点具有较高活性的化合物的过程。药物筛选的过程从本质上讲就是对化合物进行药理活性实验的过程，随着药物开发技术的发展，对新化合物的生理活性实验从早期的验证性实验，逐渐转变为筛选性实验，即所谓的药物筛选。 我国具有多家药物筛选中心，药物筛选的研究机构主...
2019-01-02 15:10:25
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原创 药物筛选管理系统
一款综合虚拟筛选与实体筛选的药物筛选数据管理软件:1、虚拟筛选管理提供基于分子拓扑相似和三维形状相似两种方法，一个活性化合物发现多个活性化合物，加速药物发现；一键提交，筛选高效，速度快，全程可追溯；支持子结构查询，内置自主开发的化合物结构编辑器。 2、实体筛选管理对化合物及其生物活性筛选数据进行管理，支持分子水平、细胞水平、动物水平等不同层次药物筛选的数据管理；...
2018-12-28 09:34:25
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原创 英国Cresset集团公司与我公司签订商务合作协议
3月1日，英国Cresset集团公司商务总监David Bardsley博士应我公司科研顾问、中山大学药学院徐峻教授的邀请，访问中大药学院，与我公司总裁张德康先生签署了广州爱菩新医药科技公司与英国Cresset集团公司的商务合作协议。同时在徐峻教授、黄志纾教授等学者的见证下，中大胡文浩院长和Bardsley博士分别代表双方签署了战略合作框架协议。在2016年，中山大学药学院药物分子设...
2018-12-25 13:50:04
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原创 当虚拟筛选遇上高通量筛选
新药研究属于高科技领域,世界各国对新药研究的投入逐年增加。据统计,1981年全世界对R&D投入为52亿美元,至1996 年已达到450亿美元。虽然新药研究开发的投入逐年增加,但每年上市的新的一类新药(NCE)却逐年减少,60年代初期,每年上市的NCE约100 个,1996年仅40个,由此可见，平均每一个新药的成本亦大幅度的增加。人类基因组计划的完成以及后续功能基因组(结构基因组、...
2018-12-25 09:23:16
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原创 分享：虚拟筛选常用化合物库
虚拟筛选依赖分子模拟技术，从大量的有机化合物中遴选出可能有效的候选化合物，避免了对化合物的盲目筛选，从而大大降低了发现活性先导化合物的成本。虚拟筛选作为计算机辅助药物设计中的一项实用化技术，在当代的创新药物研发中发挥着重要的作用。 近些年来，国内外针对一些重大疾病药物靶标均有许多成功使用虚拟筛选的实例。在这些成功的实例中，多种不同类型的小分子化合物数据库（通常包括100,000~1000,...
2018-12-24 16:14:57
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