hdf5安装_01 Abinit安装

经过多天抉择，最终笔者为课题组选定的第一性原理计算软件为：Abinit + CP2K。打算以Abinit为主计算所涉及的课题，CP2K为辅应用全电子势函数验证Abinit关键结果。在确定了使用的软件之后，下一个挑战不言而喻就是软件的安装。

课题组工作站基本情况如下：

图1. 课题组工作站基本情况

之前笔者在硕博期间有过在Ubuntu 12.04和Ubuntu 14.04上安装VASP 5.2.10的经验。可能由于当时对Linux系统了解不多，再加上英语水平有限，因此安装VASP将近花费一周时间，才把VASP及其VTST附加包一并顺利编译通过。再加上迄今为止，笔者从未接触过Debian，因此对Debian系统的操作极不熟练。为了克服这个问题，笔者果断地选择站在巨人的肩膀上，求助于鸟哥，Debian社区，大师兄科研网以及万能的谷歌。如果读者初次接触Linux，鉴于Linux的知识浩如烟海，笔者建议先去了解如下知识点：

1. Linux终端是什么，基本命令有哪些。建议了解如下常用命令如：cd, cp, rm, mv, mkdir, ls, which (或 whereis 或locate), vi (或gedit), apt-get, grep等相关命令；
2. Linux shell脚本是什么，不需要会写脚本，只要见到脚本不怵头即可；
3. Linux系统中关键变量和文件，诸如：PATH变量，/etc/bash.bashrc, /etc/profile, ~/.bashrc；
4. 部分读者可能需要了解一下网络代理问题，因为有的读者的所在单位是通过代理连接的外网。可以参考文末推荐阅读4，5进行设置

有了这些基本知识以后，基本上可以对着自己课题组的Linux系统升级打怪刷经验了。其实笔者第一次也就了解这么多，然后就开始折腾当时课题组里的两台工作站，想一想这两台工作站其实还是蛮可怜的。言归正传，为了安装Abinit，最好的帮助手册就是Abinit官网（不得不说Abinit官网比VASP用户体验好很多）。尽管如此，笔者仍旧在安装Abinit之路上走了不少弯路。为了方便自己和后人，笔者将对此辛酸史一一道来。

在Abinit官方Wiki中，详细介绍了Abinit安装的要求，以及需要提前安装的软件。笔者在看过这些之后便开始按照教程去安装这些需要的软件。之后就发现走入了一个大坑。有两个主要原因：1. Wiki上虽然给出了这些软件的安装步骤，但是由于时间问题。Wiki上的帖子是比较老的版本，因此使用新版本时安装存在一定问题；2. 即使顺利安装成功，在后期安装Abinit时可能发现自己千辛万苦安装的新版本软件，Abinit可能不支持。正确的步骤如下，可以参考推荐阅读7：

1. 下载Abinit安装包，解压，进入目录；

2. 为了防止误操作，建议新建目录build，在此目录下安装；

3. 编辑configure script文件，可以参考推荐阅读7，8。需要先查询自己的主机名（使用hostname命令），然后在build文件夹下创建“主机名.ac”的文件，在终端中输入../configure即可。这时Abinit会根据当前的“主机名.ac”文件，自动配置。

4. 编译。步骤3运行结束且无报错后，输入make进行下一步操作；多核用户可以考虑make mj4或者make mj8。注意mj4和mj8两种选项，其它的不可以。如：笔者工作站是16核，使用make mj16报错。

5. 安装。Make无误后，在终端中输入make install即可。Abinit会根据“主机名.ac”文件指定的安装目录进行安装，事实上即使不使用make install，在文件夹中也已经存在编译好的Abinit程序可用。

建议：编译时最好选择支持netCDF，AtomPAW，BigDFT和Wannier90。因为Abinit的后处理工具Abipy是通过读取netCDF文件格式进行处理的；而AtomPAW可以自己生成PAW势函数，并且Abinit教程中关于PAW部分有2篇专门讲到了AtomPAW如何使用；BigDFT和Wannier90虽然目前没用用到，但是笔者在近期将近一个月的计算中发现Abinit在计算大体系时运算速度较VASP慢很多，因此可能BigDFT是一个很好的选择；Wannier90也是多次出现在Abinit教程中，因此建议安装。

可能遇到的问题： 往往是软件包路径没有正确指定导致的，因此建议在编写“主机名.ac”文件时使用locate命令确认一遍；也可能时编译器版本太低，如笔者课题组中使用gcc 4.3就无法编译Abinit 8.10.1，解决办法升级gcc即可；另外就是之前安装的依赖软件Abinit不支持，如笔者安装了netCDF 4.6.2后Abinit 8.10.1安装时始终报错，解决办法：使用apt-get命令安装或者使用Abinit的Fallbacks机制即可，也就是不需要自己额外安装，仅仅在“主机名.ac”文件中with_dft_flavor行中加入该软件即可

推荐阅读：

1. 鸟哥，《鸟哥的Linux私房菜》，人民邮电出版社；官网：http://cn.linux.vbird.org/
2. Debian Wiki: https://wiki.debian.org/FrontPage
3. 大师兄科研网：Learn VASP The Hard Way
4. Debian系统如何设置代理：https://codepoets.co.uk/2014/debian-http_proxy-setting/
5. Debian系统如何设置代理：https://www.server-world.info/en/note?os=Debian_9&p=squid&f=2
6. Abinit Wiki: https://wiki.abinit.org/doku.php?id=start
7. Youtube上Abinit的安装教程 https://www.youtube.com/watch?v=DppLQ-KQA68
8. Abinit Forum给出的配置文件：https://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=2&t=2807

9. Abinit Wiki给出的安装指南，由浅入深：https://wiki.abinit.org/lib/exe/fetch.php?media=build:installing-abinit.pdf

10. Abinit官网给出的安装笔记：https://docs.abinit.org/installation/