R语言绘制Rank-abundance曲线
在微生物16S/ITS/18S测序分析报告中,我们经常可以看到这样的图,称为Rank-abundance曲线。
Rank Abundance曲线是将样品中的OTUs(可以粗略理解为“物种”)按相对丰度(或者包含的序列数目)由大到小排序得到对应的排序编号,再以OTUs的排序编号为横坐标,OTUs中的相对丰度(也可用该等级OTU中序列数的相对百分含量)为纵坐标,将这些点用折线连接,即绘制得到Rank Abundance曲线,它可直观的反映样品中物种的丰富度和均匀度。在水平方向上,物种的丰富度由曲线的宽度来反映,物种的丰富度越高,曲线在横轴上的跨度越大;在垂直方向上,曲线的平滑程度,反映了样品中物种的均匀程度,曲线越平缓,物种分布越均匀。
下图中,横坐标代表各OTU的排序编号,纵坐标代表各OTU的相对丰度,样本曲线的延伸终点的横坐标位置为对应样本的测序数量。如果曲线越平滑下降表明样本的物种多样性越高,