linux 下的igv软件,Linux IGV 自动画图 -- for 自动化报告

本着我自己能想到的别人肯定已经做过的原则，开始找有没有现成的工具。正好gith上有一个项目 IGV Snapshot Automator ，可以满足需求

下载和安装方法，git上都有详细的说明，参考完成。

测试：

python make_IGV_snapshots.py ./test_data/test_alignments.bam

运行软件提供的测试数据后，会生成一个IGV_Snapshots 文件夹，里面包含*.png 图片

(当前python版本 =python3.8)

软件默认:

参考基因组=hg19

截图区间=regions.bed

结果路径=IGV_Snapshots

正式分析：

bam=$1

bed=$2

outdir=$3

/Data/Biosoftware/miniconda3/bin/python /Data/Biosoftware/IGV-snapshot-automator/make_IGV_snapshots.py \

$bam \

-r $bed \

-o $outdir \

-g /Data/userhome/dujl/resources/hg38_ref/hg38.fa

结果示意图：

chr4_54731986_54732109_h500.png