DICOM3.0图像,由医学影像设备产生标准医学影像图像,DICOM被广泛应用于放射医疗,心血管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中,DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。
看似神秘的图像文件,究竟是如何读取呢?网上随便 一搜,都有很多方法,但缺乏比较系统的使用方法,下文综合百度资料,结合python2.7,讲解如何读取及使用DICOM图像。
读取DICOM图像,需要以下几个库:pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包,numpy高效处理科学计算的包,依据数据绘图的库。
安装:
1 pip install matplotlib
1 pip install opencv-python #opencv的安装,小度上基本都是要下载包,安装包后把包复制到某个文件夹下,
#后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法,亲测可用
1 pip install pydicom
1 pip install numpy
如果没有记错,安装pydicom时,也会自动把numpy安装上。
安装好这些库后,就可以对dicom文件操作。具体看下面代码:
1 #-*-coding:utf-8-*-
2 importcv23 importnumpy4 importdicom5 from matplotlib importpyplot as plt6
7 dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")8 dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope +dcm.RescaleIntercept9
10 slices =[]11 slices.append(dcm)12 img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()13 ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)14 img =numpy.uint8(img)15
16 im2, contours, _ =cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)17 mask =numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)18 for contour incontours:19 cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)20 img[(mask > 0)] = 255
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23 kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))24 img =cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)25
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27 img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()28 img2[(img == 0)] = -2000
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31 plt.figure(figsize=(12, 12))32 plt.subplot(131)33 plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')34 plt.title('Original')35 plt.subplot(132)36 plt.imshow(img, 'gray')37 plt.title('Mask')38 plt.subplot(133)39 plt.imshow(img2, 'gray')40 plt.title('Result')41 plt.show()
在DICOM图像里,包含了患者的相关信息的字典,我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息,可以通过字典返回相关的值。
1 importdicom2 importjson3 defloadFileInformation(filename):4 information ={}5 ds =dicom.read_file(filename)6 information['PatientID'] =ds.PatientID7 information['PatientName'] =ds.PatientName8 information['PatientBirthDate'] =ds.PatientBirthDate9 information['PatientSex'] =ds.PatientSex10 information['StudyID'] =ds.StudyID11 information['StudyDate'] =ds.StudyDate12 information['StudyTime'] =ds.StudyTime13 information['InstitutionName'] =ds.InstitutionName14 information['Manufacturer'] =ds.Manufacturer15 printdir(ds)16 printtype(information)17 returninformation18
19 a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')20 print a