gromacs ngmx_Gromacs教程II(MD结果分析)-

Gromacs

教程

II

(

MD

结果分析)

-

全球中文课程

(

二

):

结果分析

海怀素衣

9MD

结果分析

模拟完成后，

可对数据进行分析分析包括三个阶段首先，

有必要检查

模拟的质量。

如果检查结果表明模拟是好的，

那么模拟可以用来回答

所研究的问题。最后，可以组合不同的模拟结果

注意

:

文件名应该反映文件的内容，它根据您的模拟系统而变化。让

我们假设使用默认文件名，然后将生成以下文件

:

？？？？？？

topol.tpr:

模拟开始时包含完整系统描述的输入文件；

Confout.gro:

健

壮的结构，

包括最后一步的坐标和速度；

Traj.trr:

所有精确轨迹，

包括

位置、速度和时变力

traj.xtc:

压缩轨迹文件，仅包含低精度

(0.001 nm)

坐标信息；

Ener.edr:

一段时间内的能量数据

md.log:

模拟过程日志

注

:

许多分析工具都可以生成。

xvg

文件这些文件可以通过

xmgr

或

xmgrace

查看，也可以通过

python

脚本

xvg2ascii.py

在终端上显示

每个小组写一份报告。对于一般问题，报告中应给出一个答案。每个

模拟的具体问题应该是

g

。在开始分析之前，确保模拟正确完成。导

致仿真中断的原因有很多，

特别是与力场和系统的平衡不充分引起的

问题。要检查模拟是否正确完成，请运行

gmxcheck

程序

: