Gromacs
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II
(
MD
结果分析)
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全球中文课程
(
二
):
结果分析
海怀素衣
9MD
结果分析
模拟完成后,
可对数据进行分析分析包括三个阶段首先,
有必要检查
模拟的质量。
如果检查结果表明模拟是好的,
那么模拟可以用来回答
所研究的问题。最后,可以组合不同的模拟结果
注意
:
文件名应该反映文件的内容,它根据您的模拟系统而变化。让
我们假设使用默认文件名,然后将生成以下文件
:
??????
topol.tpr:
模拟开始时包含完整系统描述的输入文件;
Confout.gro:
健
壮的结构,
包括最后一步的坐标和速度;
Traj.trr:
所有精确轨迹,
包括
位置、速度和时变力
traj.xtc:
压缩轨迹文件,仅包含低精度
(0.001 nm)
坐标信息;
Ener.edr:
一段时间内的能量数据
md.log:
模拟过程日志
注
:
许多分析工具都可以生成。
xvg
文件这些文件可以通过
xmgr
或
xmgrace
查看,也可以通过
python
脚本
xvg2ascii.py
在终端上显示
每个小组写一份报告。对于一般问题,报告中应给出一个答案。每个
模拟的具体问题应该是
g
。在开始分析之前,确保模拟正确完成。导
致仿真中断的原因有很多,
特别是与力场和系统的平衡不充分引起的
问题。要检查模拟是否正确完成,请运行
gmxcheck
程序
: