是否可以生成考虑颜色和透明度的热图,这两个参数由两个不同的矩阵给出(矩阵1定义颜色,矩阵2定义alpha)?
关于我所追求的更多信息:
我已成功使用g和gplots包中的heatmap.2函数生成热图 - 在这种情况下可视化miRNA相互作用 . 在这里,我想要展示的是沿着miRNA的典型20-24个核苷酸的特定核苷酸参与靶配对的概率 . 我的热图矩阵由miRNA(行)和位置1-24(列)组成,每个单元格中具有数字削减概率 . 一个例子是改变由矩阵值确定的颜色的alpha参数,使得white = no配对,而暗红色=高配对 .
heatmap.2函数适用于单个此类图,但我现在想从两个不同的物种中获取重叠信息 . 因此,我需要我的热图基本上考虑两个矩阵:
1)具有物种重叠程度的矩阵,例如,从红色 - 紫色 - 蓝色到物种1 - 到物种1到物种2 - 仅 .
2)具有平均配对程度的矩阵,例如,通过α参数可视化,该参数来自矩阵1中给定位置处的弱到强的平均配对(无论颜色) .
我试图使用这篇文章中的原则:
但未能将其建议应用于我自己的问题 .
提前致谢!