python gdb调试_如何自学Python用gdb调试python多线程代码-记一次死锁的发现

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前言

相信很多人都有使用过sqlite3的经验，一年前因为项目上的需要，写了一个基于sqlite3的持久化队列库(persist-queue)，已经发布在pypi上有段时间了。 前段时间，一下子来了两个issues，一个是关于in-memory database的support，一个是sqlite3 队列性能的问题。在数据量不大的情况下，sqlite的队列会在某些情况下出现：

sqlite3.OperationalError: database is locked

在修复上面的问题的时候，注意到，在多线程的情况下更容易触发上面的exception，并且比较怪的是，有时测试还有两个问题： 1. 出现死锁，并且CPU占用会一直保持在100%。

在程序里面下断点(import pdb;pdb.set_trace())和log都不好使，关键是无法精确定位到所有线程在当时的运行状态。

找了不少方法，最后还是发现了管用的方法，使用大名鼎鼎的：   gdb

相比pdb，gdb有以下几个优点：

不需要显示的下断点，如"import pdb;pdb.set_trace()"

可以方便的调试多线程程序，允许你调试过程中切换调试线程。很多python debug是不支持的如 winpdb, pydevd

如果python解释器core dump了，生成的core dump文件可以直接用gdb 来分析，而gdb只能望“dump”兴叹了。

Python给gdb准备了以extension，方便用户不仅可以查看Python解释器的运行情况，还可以查看用户程序的运行情况。

python gdb extension在gdb的环境下提供了如下几个py-*命令

py-list查看当前python应用程序上下文

py-bt          查看当前python应用程序调用堆栈

py-bt-full   查看当前python应用程序调用堆栈，并且显示每个frame的详细情况

py-print    查看python变量

py-locals   查看当前的scope的变量

py-up         查看上一个frame

py-down    查看下一个frame

环境准备

首先按照需要的各种调试用到的包

1. 安装gdb, 调试的主要工具

sudo apt-get install gdb

2. 安装python-dbg, 用来在调试的时候看到python源代码的call stack

sudo apt-get install python-dbg

这里面我都是用的python2.7，如果用的是python3.5，需要对应的安装python3.5-dbg

重现问题(死锁，Hung process)

$ tox -e py27

py27 develop-inst-nodeps: /home/peter/Documents/persist-queue

py27 installed: configparser==3.5.0,cov-core==1.15.0,coverage==4.4.1,enum-compat==0.0.2,enum34==1.1.6,eventlet==0.21.0,flake8==3.5.0,funcsigs==1.0.2,greenlet==0.4.12,mccabe==0.6.1,mock==2.0.0,nose2==0.6.5,pbr==3.1.1,-e git+https://github.com/peter-wangxu/persist-queue@d26561e3c7c9a35fd75ddedf0a023a7dcbd563a9#egg=persist_queue,pkg-resources==0.0.0,pycodestyle==2.3.1,pyflakes==1.6.0,six==1.11.0,virtualenv==15.1.0

py27 runtests: PYTHONHASHSEED='564480154'

py27 runtests: commands[0] | nose2 --with-coverage --coverage-report xml --coverage-report term

WARNING:persistqueue.sqlbase:auto_commit=False is still experimental,only use it with care.

....

上面的测试永远不会返回，悲伤啊。。

使用gdb加载symbols

1. 首先找到进程号

$ ps -ef | grep tox

peter 9376 1777 0 15:10 pts/17 00:00:00 /usr/bin/python3 /usr/bin/tox

peter 9409 9376 67 15:10 pts/17 01:04:14 /home/peter/Documents/persist-queue/.tox/py27/bin/python2.7 .tox/py27/bin/nose2 --with-coverage --coverage-report xml --coverage-report term

peter 9913 9639 0 16:45 pts/18 00:00:00 grep --color=auto tox

上面的 9409 就是我卡住的进程了。

接下来就是使用gdb调试： sudo gdb python -p 9409

记得用用sudo，否则symbols有可能无法加载成功

sudo gdb python -p 9409

GNU gdb (Ubuntu 7.11.1-0ubuntu1~16.5) 7.11.1

Copyright (C) 2016 Free Software Foundation, Inc.

License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later

This is free software: you are free to change and redistribute it.

There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law. Type "show copying"

and "show warranty" for details.

This GDB was configured as "x86_64-linux-gnu".

Type "show configuration" for configuration details.

For bug reporting instructions, please see:

.

Find the GDB manual and other documentation resources online at:

.

For help, type "help".

Type "apropos word" to search for commands related to "word"...

Reading symbols from python...Reading symbols from /usr/lib/debug/.build-id/cd/e2c487269892a2815c715667ae336984b82b0c.debug...done.

done.

Attaching to program: /usr/bin/python, process 9409

[New LWP 9427]

[Thread debugging using libthread_db enabled]

Using host libthread_db library "/lib/x86_64-linux-gnu/libthread_db.so.1".

0x00007fb923247827 in futex_abstimed_wait_cancelable (private=0, abstime=0x0, expected=0, futex_word=0x152af60) at ../sysdeps/unix/sysv/linux/futex-internal.h:205

205 ../sysdeps/unix/sysv/linux/futex-internal.h: No such file or directory.

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