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随着生物数据越来越多,生物统计学的作用越来越明显了。因此,R语言在生物数据分析和挖掘中扮演着越来越重要的作用,越来越多的分析都可以直接使用R软件来完成。虽然R语言可以在windows和MacOS等图形化界面下使用,也很方便,但是使用Linux版本的R,可以充分利用服务器大的资源,并且命令行版本更适合批量化和自动化。
利用yum安装R
默认的CentOS源中是没有R软件的,需要安装epel源,我们之前已经安装了,R软件在里面的名字为R.x86_64,如果不知道这个名字,可以使用yum search进行搜索。由于yum search不能使用正则表达式进行限制范围,会将所有包含R字符的结果都列出来,这里我们利用一个技巧。
# yum install -y epel-release
yum list |grep "^R
R.x86_64 3.5.2-2.el7 epel
R-RInside.x86_64 0.2.15-1.el7 epel
R-RInside-devel.x86_64 0.2.15-1.el7 epel
R-RInside-examples.x86_64 0.2.15-1.el7 epel
R-RUnit.noarch 0.4.26-7.el7 epel
R-Rcpp.x86_64 1.0.1-1.el7 epel
R-Rcpp-devel.x86_64 1.0.1-1.el7 epel
R-Rcpp-examples.x86_64 1.0.1-1.el7 epel
R-core.x86_64 3.5.2-2.el7 epel
R-core-devel.x86_64 3.5.2-2.el7 epel
R-devel.x86_64
其中的R.x86_64就是要的结果,当前还是3.5.2的版本,软件源里的结果比R官网要慢一下,目前R官网最新版本是3.6。不过这个版本也足够用了。
安装R
yum install -y R.x86_64
安装Rstudio-server
Rstudio是R的集成开发环境,非常的好用,在服务器端安装Rstudio-server之后就可以通过浏览器访问R,非常的方便。
下载最新版Rstudio-serverhttps://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
yum install -y rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
开启8787端口
CentOS7 系统采用新的防火墙策略,因此,安装完成Rstudio之后,还不能通过浏览器访问,需要进行防火墙设置才行,ubuntu系统可以直接访问,下面的设置非常重要。
systemctl enable rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service
systemctl status rstudio-server
firewalld
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/udp
firewall-cmd --reload
这样就完成了R与Rstudio-server的安装,通过IP地址加端口好就可以访问了。例如http://it.tongyuangene.com:8787
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