一个搜索框多个按钮_用一个搜索框搜索所有数据库——生物医学搜索导航1.0版本，欢迎拍砖~...

长久以来，我在做文献调研的时候常常面临一个痛苦的问题——当我需要查一个靶点的信息的时候：

我可能需要先分别从书签栏或者地址栏里找出来Uniprot、PDB、BindingDB、Drugbank、guidetopharmacology、Ensembl……等等网站；

然后在他们的搜索栏中一个个输入我的蛋白名字；

最后分别点击搜索，查看想要的结果。

这个过程不仅耗时间，而且常常会在搜索之中忘记上面众多项目中的其中一部分……

于是就出现了如下对话： 导师：这个蛋白有四个亚型啊，在不同的组织中表达，合作者问我们是哪一个？？？ 你：……？？？

于是，我们的生物医学搜索导航1.0就应运而生了！

Biodatabase_Search 生物医学搜索导航1.0

https://bio-lin-187cad-1302119316.tcloudbaseapp.com/ComBio-CN.html

点击上方超链接访问1.0版本

http://biodb.online/index.html

正在内测的2.0版本，主要是跟进了下方展示的标签可调的问题以及大幅度的页面优化。

2020.08.06更新：现在的2.0已经跟1.0几乎截然不同了，各位小伙伴们还是直接用2.0吧

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通过这个标签页（你可以将它固定在你的浏览器上或者设为主页），你可以访问到一些常用的生物医学数据库（你也可以点击下方邮箱给我发邮件让我来添加你常用的网站），使用你感兴趣的关键词在这些不同数据库中搜索：

网页的功能是通过模仿搜索所产生的url链接来实现的，如果你感兴趣，可以直接右键查看网页源代码，原理非常简单，因此即使你对前端网页编写不是很了解但想加入进来，这个项目是几乎没有门槛的~

左侧的标签主要是各种常用的数据库，通过在上方的搜索框中输入关键词，点击下方的图片标签就可以搜索了，数据库主要有下面的这些：

第一个栏目主要是PubMed、Wikipedia和谷歌学术，分别用于查找文献和专业名词，当然，1.0版本还加入了Science Direct来补充实现一些功能（当你无法访问谷歌学术和维基百科时）。

第二个栏目是关于药物设计，包括了主要的带注释的Pubchem数据库（你可以从这里用一个化合物的俗名来获取这个化合物的CAS号、化合物结构、物理化学性质、生物医学相关文献信息），第二个是DrugBank数据库，从这里可以查看一些实验性的、正在临床的以及上市药物的信息，尤其是关于其靶点的信息，第三个BindingDB则偏重于化合物-靶点的亲和力数据，一般用于查看药物的靶点和靶点的药物都有哪些，但是其详细程度和清晰程度均不如第四个Guide to PH药理学网站【真不是我黑它（狗头）】，这个网站尤其适合查看一个靶点有哪些在研药物，这些化合物对同家族的其他蛋白的选择性，以及是否有复合物结构，是否是天然产物，是否上市以及其亲和力数据等等信息，非常详尽。

接下来是几个蛋白质相关信息的数据库，其实相关的数据库还有很多很多，但是因为版面有限只放了最最最常用的几个，第一行的Uniprot和RCSB PDB不用多说，前者是最主要的蛋白质注释信息数据库，后者是PDB数据库中用的人最多的，而剩下的三个可能也被大家熟知，分别是EBI的蛋白相互作用数据库IntAct，两个蛋白质家族数据库Pfam和InterPro（一般用这两个来查看蛋白质的domain信息）。

可能下面的蛋白表达信息数据库可能较少有人知，第一个OPM数据库是一个膜蛋白的数据库，主要功能是告诉我们膜蛋白的结构中膜应该在哪里，在分析和模拟蛋白结构的时候可能有用。剩下的四个放在这里均主要用于检索蛋白质的表达分布和表达水平（但这四个数据库其实各有各的功能），因为并非做这方面的我也不是特别清楚到底哪一个更好，比较推荐中间的Genevisible和最后面的GTEx（GTEx本身的可视化功能不是特别好，但通过GTEx可以访问到前面的Ensembl和其他的几个基因组数据库并直接抵达蛋白质表达水平页面。）

生化相关的数据库主要看KEGG，但是偶尔也会用到剩下的这几个，比如人类代谢物HMDB就包含了很多人类自身代谢、药物代谢、食物代谢以及环境污染物代谢的信息，同样这方面我也不是特别了解，如果有其他的数据库欢迎各位小伙伴邮件给我推荐！

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此外，为了丰富网站的功能，免去从书签中寻找一些常用生信或计算Server的麻烦，我还做了右边的这个cloumn来存放一些在线工具和经常需要打开的网页，希望能够减少浪费在找网站上的时间。这些Server包括了常用的序列比对工具，蛋白质建模工具以及药物靶点研究的工具，这里面特地加入了一些非常有用的Maping和批量下载的工具——比如将BLAST得到的序列的Accession ID转换到Uniprot或者KEGG等其他网站，又比如批量下载从Pubchem找到的感兴趣的小分子的信息。

可以使用ID MAP来进行不同数据库间ID的转换

搜库工具Blast和HHpred，多序列比对MAFFT及其可视化Weblogo，以及最后的Motif查询

除了上面两行常用的生信方面的工具以外，还加入了药物研发、分子对接和蛋白质建模三个板块的一些常用链接

小分子的ADMET性质预测、靶标垂钓、蛋白的药物结合口袋预测以及蛋白-配体复合物亲和力预测

几种不同的建模方式，对于一个未知的蛋白，推荐用前四个都分别试试~

放在这里的主要是蛋白-蛋白或者蛋白-肽对接工具

当你拿到一个基因/蛋白要开始你的项目时，不妨用上面的这些工具来进行一下分析~

有一些可以使用简单的JavaScript制作的简单小工具我也会尽量加到网站上，比如批量下载PDB的功能，最常用的场景可能是在PDB中找到的一堆蛋白，当你想全部下载的时候，可以将搜索页设置为Gallery模式，然后复制这些所有的PDB ID，放到搜索框里点击下方的“批量下载PDB”就可以一键下载了（这个功能调用了PDB自身的批量下载方法，不需要担心频繁访问带来的问题）。

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对于初学者，每一个网站或工具都通过浮动提示的方式提示了常用的功能和介绍，这些介绍会逐步完善，尤其是当有人问我这些网站的使用的问题的时候（让我知道有什么标签可以简短地帮助到网站的使用者）。

如果你有其他时常需要用到的基于url访问的小功能（或者其他我能实现的，仅限对生物医学方向有意义的），也可以联系我加到网页上~

如果你对这个长期的Project感兴趣或者想要寻找志同道合的小伙伴，网站下方的二维码问卷和QQ群（群号：1136682465）或许可能帮助到你。

https://qm.qq.com/cgi-bin/qm/qr?k=BkwF6uWjjFjMEAJ3ev59hOGIR5SypOjC&authKey=bAhDkMB78RFHn8x2i2Wi6A00pFTmG+sEe/gwPIq0tTjMyODXV/YICRSq+vebEahV&noverify=0 (二维码自动识别)