r语言 index_撰写研究综述R & Python包“导航”

source：Tippmann, 2015

Nature：与R语言一起探索未知的世界

R语言自诞生至今，科学家已经开发了15000+多个R语言软件包，可以用来解决各种各样、遍布各个科研领域的问题。近年来，R语言以其资源丰富、开源、免费、支持多操作系统、易掌握等特点，受到了生态学家的青睐。赖江山等统计了R语言在生态学研究中的使用情况，分析了近十年来30种生态学期刊(IF>3)发表论文中使用R程序包情况，发现由英国生态学主办的 Methods in Ecology and Evolution期刊使用R包比例最高，达53%，详细见@赖江山：生态学研究都在用哪些R程序包？ 本文从物种系统发育树、数据可视化、文本挖掘、网络分析、文献计量学角度总结了一些撰写研究综述常用的R程序包，同时也总结了文献计量学常用Python程序包。

1. R包“导航”

???构建绘制系统发育树常用R包： ape, phytools, ggtree；统计其自发布至今的月下载量，代码如下：

library(dlstats) # or library(cranlogs)library(ggplot2)library(ggthemes)x11 "phytools",x12  "ggtree")x12 3]names(x12)"start",x1 ggplot(x1, aes(end, downloads, group=package, color=package)) +  geom_line(aes(colour=package)) +   geom_point(aes(shape=package))+  labs(x = "date",y='total number of package download',title = "monthly download numbers for each package",subtitle = R.version.string)+  theme_pander()

• ape-⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️

• https://cran.r-project.org/web/packages/ape/index.html

• phytools-⭐️⭐️⭐️⭐️

• https://cran.r-project.org/web/packages/phytools/index.html

• ggtree-⭐️⭐️⭐️

• https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/wiki

???数据可视化常用R包：ggplot2, lattice, map,