python怎么保存为nii文件_Ubuntu+python将nii图像保存成png格式

这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法：

系统：Ubuntu 16.04

软件： python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

import nibabel as nib

import numpy as np

import imageio

import os

def read_niifile(niifile): #读取niifile文件

img = nib.load(niifile) #下载niifile文件(其实是提取文件)

img_fdata = img.get_fdata() #获取niifile数据

return img_fdata

def save_fig(file): #保存为图片

fdata = read_niifile(file) #调用上面的函数，获得数据

(x,y,z) = fdata.shape #获得数据shape信息：(长，宽，维度-切片数量)

for k in range(z):

silce = fdata[k,:,:] #三个位置表示三个不同角度的切片

imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)

#将切片信息保存为png格式

dir = './.nii' #nii的路径

savepicdir = '' #保存png的路径

os.mkdir(savepicdir) #创建文件夹

save_fig(dir) #运行程序，保存为图像

不要忘记返回img_fdata，否则下一个文件会报错。

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持脚本之家。