rda冗余分析步骤_群落分析的典范对应分析（CCA）概述-CSDN博客

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本文介绍了CCA（典范对应分析）的计算过程，包括基于迭代的CCA方法，强调了其在环境变量解释生物群落结构中的作用。CCA通过多元回归结合环境因子，提供物种与环境变量间的关系。此外，还提到了DCCA用于去除弓形效应，并提供了相关资源以深入理解CCA和相关生态学分析。

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典范对应分析(CCA)与去趋势典范对应分析(DCCA)概述

典范对应分析(canonical correspondence analysis，CCA)是单峰约束排序方法，是对应分析 (CA)与多元回归的结合，其算法源自冗余分析 (RDA)。同RDA，CCA涉及两个数据矩阵，响应变量矩阵(物种多度数据集)以及解释变量矩阵(环境变量数据集)。与仅使用物种多度数据的CA相比，CCA可以结合多种环境变量一起分析，从而更好地反映群落与环境的关系。与CA一致，响应变量矩阵必须为频度或类频度、同量纲的非负数据。 CA 中有时会产生“弓形效应”， CCA 中同样如此。与此对应，衍生了去趋势典范对应分析( Detrended Canonical Correspondence Analysis ， DCCA )以解决这个问题。本篇对 CCA 和 DCCA 作个简介。

CCA算法的简化描述

CA的发展过程中出现了两种计算方法，与此对应，存在两种CCA的计算方法。尽管计算过程存在区别，但结果都是一致的。以下是CCA计算过程简述，细节部分可参考Legendre和Legendre(1998)“Numerical Ecology”，594页后的内容。

基于迭代的CCA(最初方法)

这种CCA 方法的基本思路是在基于迭代的CA过程中，将每轮迭代获得的样方得分(坐标值)都与环境因子以多元回归的方式相结合。简化步骤如下：

(1)从任意(随机)样方得分(x_i)开始。

(2)以样方中物种丰度加权的样方得分(x_i)平均值计算物种得分(u_j)，权重(w_ij)代表了物种(j)在样方(i)中的丰度。

u_j = ∑(w_ij * x_i) / ∑(w_ij)