写在前面
这两天有看到几个用户朋友在生信札记讨论群中讨论了基因结构图的绘制。看到其他用户一直推荐 GSDS,我便也没有作声,毕竟 GSDS 确实是很优秀的网页软件。而现实情况是,近期 GSDS 网站无法访问。这或许就是网页或者在线软件的一个麻烦事。与之相比,TBtools 几乎不可能宕机,只要你手上安装了,该更新就更新。QQ群有安装软件,github也有,甚至问你身边的朋友,他们也有。类似的,其实 MEME suite 似乎也宕机了。
针对这两个分析需求,TBtools 其实早已提供可能更为便利的解决方案。
TBtools 干不了这事?
这是一个有趣的事情。几年前,我在 TBtools 上推出基因结构图绘制的时候,主要注明的优势就是,啥也不用管,用上直接下载的全基因组注释 GFF3/GTF 文件,只要感兴趣的 ID,就可以绘制基因结构图。于是,似乎所有人都觉得 TBtools 确实便利,却只能基于基因结构注释文件来绘制基因结构。
于是,总是存在部分人,不知为何,就是手上有:
- CDS序列
- DNA序列
换句话说,他们希望基于序列,绘制基因结构图。这是一个有趣的事情,因为这明显是基于序列比对,预测基因结构。或者说得更贴近基因组数据分析,那么是基于序列比对直接进行基因结构注释。了解这块的人就应是清楚,这类操作,不可能完美,多多少说会有细节上的小问题,当然几乎不可能影响具体基因结构样式。
GSDS 提供了这个操作接口;而 TBtools 确实没有。
是的,没有,