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代码来自老大github:https://github.com/jmzeng1314/tcga_example中的step05-lasso
这篇仅仅是代码,图片的解析后面学习过再继续记录呢~
获得生存资料和表达矩阵数据rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)
Rdata_dir='../Rdata/'
Figure_dir='../figures/'
# 加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样本临床信息。
load( file =
file.path(Rdata_dir,'TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata')
)
dim(expr)
dim(meta)
# 可以看到是 537个病人,但是有593个样本,每个样本有 552个miRNA信息。
# 当然,这个数据集可以下载原始测序数据进行重新比对,可以拿到更多的miRNA信息
# 这里需要解析TCGA数据库的ID规律,来判断样本归类问题。
group_list=ifelse(as.numeric(substr(colnames(expr),14,15)) 10,'tumor','normal')
table(group_list)
exprSe