r语言热图对列不进行聚类_R语言:手把手教你画pheatmap热图

R语言:手把手教你画pheatmap热图

微生态

导读:

pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求。利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据,然后再展示这些参数的具体使用方法。

一、模拟输入矩阵

set.seed(1995)

# 随机种子

data=matrix(abs(round(rnorm(200, mean=0.5, sd=0.25))), 20, 10)

# 随机正整数,20行,20列

colnames(data)=paste("Species", 1:10, sep=".")

# 列名-细菌

rownames(data)=paste("Sample", 1:20, sep=".")

# 行名-样品

data_norm=data

for(i in 1:20){

sample_sum=apply(data, 1, sum)

for(j in 1:10){

data_norm[i,j]=data[i,j]/sample_sum[i]

}

}

# 标准化

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