#{}不自动改参数类型_R的命令行参数解析

为了能够使用Make来构建完整的数据自动分析流程，我们就需要R代码能够从命令行解析参数并在R代码中使用。argparse包是受到Python中同名包的启发开发的，其用法与Python中接近，可以让我们在跨语言编程的时候更加轻松。

Linux/Unix Shebang

在命令行中运行R脚本，可以使用Rscript example.R的方式，其中example.R是我们希望运行的脚本。在Linux和Unix系统中，有一种更简介的方式，即通过在脚本第一行添加#! /usr/bin/env Rscript的方式，来告诉操作系统这段脚本的要调用Rscript来运行。此时只要进入到example.R所在的路径中，使用命令./exmaple.R便可以直接运行这段代码。类似地，如果是一段Python3脚本的话，我们可以使用``#! /usr/bin/env Python3`

另外，!#被称作Shebang，翻译过来就是"井号叹号"，上一次我听到这么草率的命名还是我办公室所在的"新建楼"。

argparse包实例

argparse包使用起来非常简洁，也没有太多函数。我们其官方教程中的一个实例来介绍如何使用它。

在命令行中的参数可以完整参数(用--调用)，与短参数(用-调用)，同时每一个参数都有其缺省值，以及对应的帮助文档解释。命令行参数本身有各种灵活的设置方式，感兴趣的读者可以进一步阅读Data Science at the Command Line[1]。详细介绍这部分内容并不是本书的使命。

argparse包分为三个步骤，第一步是使用ArgumentParser()创建一个参数解析对象，第二步是使用add_argument函数为前面的对象增加参数，第三步是通过parse_args()把解析对象赋值并在后续程序中调用。

我们可以先把下面的脚本储存成为example.R，这段脚本的作用是输出若干个随机数，具体的随机分布与输出参数数量由命令行参数决定。

#! /usr/bin/env Rscript
library(argparse)

# 创建参数解析对象
parser <- ArgumentParser()

# 设置参数
# 设置第一个参数verbose，缩写为v，其作用是告诉脚本是否打印完整的计算过程，其缺省值为TRUE
parser$add_argument("-v", "--verbose", action="store_true", default=TRUE,
        help="Print extra output [default]")

# 设置第二个参数quietly，缩写为q，其作用是修改verbose参数，当调用改参数时，verbose被修改为FALSE，从而导致不再打印计算过程
parser$add_argument("-q", "--quietly", action="store_false", 
        dest="verbose", help="Print little output")

# 设置第三个参数count，缩写为c，这是一个整数参数，缺省值5，在后续的代码中被用作确定输出随机数的个数
parser$add_argument("-c", "--count", type="integer", default=5, 
        help="Number of random normals to generate [default %(default)s]",
        metavar="number")

# 设置第四个参数generator，无缩写，用于确定调用何种随机分布，缺省值rnorm对应于正态分布
parser$add_argument("--generator", default="rnorm", 
        help = "Function to generate random deviates [default "%(default)s"]")

# 设置第五个参数mean，无缩写，浮点数，用于确定正态分布的均值，缺省值为0
parser$add_argument("--mean", default=0, type="double",
        help="Mean if generator == "rnorm" [default %(default)s]")

# 设置第五个参数sd，无缩写，浮点数，用于确定正态分布的标准差，缺省值为1
parser$add_argument("--sd", default=1, type="double",
        metavar="standard deviation",
        help="Standard deviation if generator == "rnorm" [default %(default)s]")

# 调用解析器，此时args就被赋值为命令行参数输入的相应值
args <- parser$parse_args()

# 根据verbose确定是否打印计算过程
if ( args$verbose ) { 
        write("writing some verbose output to standard error...n", stderr()) 
}

# 根据其他参数，确定输出随机数的类型与次数
if( args$generator == "rnorm") {
        cat(paste(rnorm(args$count, mean=args$mean, sd=args$sd), collapse="n"))
} else {
        cat(paste(do.call(args$generator, list(args$count)), collapse="n"))
}
cat("n")

之后我们需要首先在命令行修改脚本的权限，为其添加可执行权限

sudo chmod +x example.R

然后便可以执行该脚本，例如我们可以查该脚本对应的帮助，

./example.R --help

输出结果为：

或者使用参数输出3个正态分布随机数。

./example.R --mean=10 --sd=10 --count=3

输出结果如下：

也可以输出均匀分布随机数，并且选择不打印计算过程。

./example.R --quiet -c 4 --generator="runif"

输出结果如下：

References

[1] Data Science at the Command Line: https://www.datascienceatthecommandline.com/1e/