注意return的位置！

import java.util.*;
import java.math.*;

public class Main {

	public static void main(String[] args) {
		// TODO Auto-generated method stub
		Scanner in=new Scanner(System.in);
		while(in.hasNext())
		{
			int sum=in.nextInt();
			int[] num=new int[sum];
			int count=0;
			for(int i=0;i<num.length;i++)
			{
				num[i]=in.nextInt();
			}
			for(int i=0;i<num.length;i++)
				for(int j=i+1;j<num.length;j++)
				{
					if(!exist(num[i],num[j]))
					{
						continue;
					}
					count++;
				}
			System.out.println(count);
		}
	}
	
	public static boolean exist(int a,int b)
	{
		int min=a<b?a:b;
		for(int p=2;p<=min;p++)
		{
			if(a%p==0&&b%p==0)
			{
				return false;
			}
		}
		return true;
	}
		
}

注意exist函数里return的位置···

return要放在for外面！！！