Linux安装SemRep

Linux安装SemRep

• SemRep的安装是基于MetaRap，安装MetaRap前需要申请UMLS帐号
• 帐号的申请推荐不要使用个人邮箱，一般大学、学术机构、政府的比较好申请，我用自己的邮箱没有申请过去
• MeteRap的安装借鉴以下教程：
  MetaRap安装
  官方安装说明书

SemRep的安装

• 自己安装了MeteRap 2018版，故SemRep也安装了2018

• 安装过程借鉴官网：Linux安装SemRep
  1.下载安装包，这里有五个文件，原则上下载前三个够用了，只不过第3、4使用的是2006AA版的数据文件，也可一起下载2006AA和2018AA，在使用的时候可以选择文件的版本。如果都下载需要60G的内存（自己5个文件都下载了）
  
  2. 解压安装包

   	- semrep安装包用命令：tar xvfj public_semrep_v1.8_Linux.tar.bz2 
   	- Lexlcon命令：tar xvfj public_semrep_v1.8_lex_db_06_Linux.tar.bz2 
   	- hier命令：tar xvfj public_semrep_v1.8_hier_db_06_Linux.tar.bz2 
  

3.安装过程

	- 获取java路径，命令：which java
		如果显示： /usr/local/jre1.8.0/bin/java, 那么 JAVA_HOME 路径应该设为： /usr/local/jre1.8.0/
		
	- 设置JAVA_HOME路径，命令：export JAVA_HOME=/usr/local/jre1.8.0 
	
	- 还需要将“ public_semrep / bin”目录添加到程序路径：export PATH=$PATH: public_semrep's parent dir/public_semrep/bin 
	
	- 到public_semrep，命令：cd public_semrep 
	
	- 运行install.sh 命令：./bin/install.sh 
	
	-会让你依次输入SemRep、MeteRap、JAVA_HOME的路径，我的输入如下：

上面一行为系统提示，下面为输入

出现下面结果表示安装成功：

4.启动SemRep

	 -命令： ./bin/semrep.v1.8
	 如果使用2018AA版本数据文件，使用命令： ./bin/semrep.v1.8 -L 2018 -Z 2018AA 

5.测试SemRep

	命令：./runTest_v1.8.sh 

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