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原创 CUDA中Unified Memory函数cudaMallocManaged的使用

Unified Memory是啥参见其他博主文章,主要就是简化代码,不需要各种cudamalloc和cudamemcpy。cuda_runtime_api.h中的接口:extern host cudart_builtin cudaError_t CUDARTAPI cudaMallocManaged(void **devPtr, size_t size, unsigned int flags __dv(cudaMemAttachGlobal));一般传前两个参数即可。传指针时先在C代码中malloc,

2021-11-12 14:35:35 4414

原创 safegraph数据预处理(五):pandas选取需要的数据并用边集数组+边权重的方式保存图数据

根据2020年nature上发表的论文《Mobility network models of COVID-19explain inequities and inform reopening》其中的内容,借鉴其构建二部图的思路。需要两个字典dist_placekey和dist_cbg,将placekey作为V_poi的唯一标识,将cbg作为V_cbg的唯一标识,cbg->poi的人数作为边的权重。数据处理的关键在于visitor_daytime_cbgs。可能需要两种边,第一种visitor_ho

2021-02-02 02:45:03 610 5

原创 safegraph数据预处理(四):按照美国前十大都会区进行分组

由于无法找到合适的都会区分组数据,故暂时搁置,直接进行下一步,根据POI和CBG组合二部图

2021-02-01 07:39:46 275 1

原创 safegraph数据预处理(三):将csv文件按指定字段不同的值进行拆分

将Nin1.csv按region不同的值进行拆分,保存为xxx-region.csv,经验证全部55个子文件大小之和等于父文件的大小。import pandas as pdimport time# fileLocation='D:/2020-06-08-weekly-patterns.csv'# fileLocation='D:/baidu_netdisk/safegraph/weeklyPlacesPatterns/patterns_backfill/2020/12/14/21/2020/06/0

2021-02-01 05:41:12 418

原创 safegraph数据预处理(二):将指定文件夹内的.csv文件合并

将weekly-pattern-2020-12-14-backfill中的,指定文件夹内的xxx-partx.csv合并。import pandas as pdimport osfile_dir = 'D:/baidu_netdisk/safegraph/weeklyPlacesPatterns/patterns_backfill/2020/12/14/21/2020/06/08'csv_list =[]# 将该文件夹下的所有文件名存入列表files = os.listdir(file_di

2021-02-01 04:39:38 314

原创 safegraph数据预处理(一):解压给定目录内所有.gz类型的压缩文件

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2021-02-01 03:28:12 488 1

原创 safegraph数据清洗-2020-06-08-weekly-patterns.csv

以2020-06-08-weekly-patterns.csv为例:文件大小4.37GB,内容时间段20200608-20200615。共25个字段,上百万条数据,正常环境下使用python的pandas加载需要60秒以上。使用sublime text3打开体感需要20秒~40秒。使用WPS加载体感需要40秒以上,并且打开多个类似大小或几十万条数据的csv时,WPS会无法成功打开,并且向下滚动滚轮会卡屏。使用MySQL数据库服务的话,数据库装在笔记本上,使用标准配置,即按照开发环境配置数据库,数据

2021-01-31 19:44:30 544 1

原创 graphsage:example_supervised.sh在docker中运行

由于直接使用linux自带的python2.7和pip无法直接运行supervised.sh故本文介绍如何解决这个问题问题:root@862cbef0b220:/notebooks# sh example_supervised.sh/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/h5py/__init__.py:34: FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `floa

2021-01-30 20:28:24 261 1

原创 graphsage:example_unsupervised.sh在docker中运行

GraphSAGE项目github代码跑通下载项目https://github.com/xslwyz/GraphSAGE安装docker将GraphSAGE项目拷贝到linux中并且将项目根目录.sh文件中的内容做如下修改#example_supervised.shpython -m graphsage.supervised_train --train_prefix ./example_data/toy-ppi --model graphsage_mean --sigmoid#exampl

2021-01-30 17:57:37 243 2

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