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ASAP
Furyboyyy
这个作者很懒,什么都没留下…
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kfb转tif后信息丢失的解决方案
江丰生物公司提供了一款无需安装的kfb转tif或svs的软件,只需要通过命令行就可以实现文件转换。但是前不久使用该软件时发现将kfb文件转为tif之后用ASAP打开,只能看到左上角的部分,其余部分显示黑色。用天池宫颈癌的数据集测试,出现了相同的现象。之后试了试用该软件将kfb文件转为svs文件,发现未丢失信息,可以成功打开文件。实际上,直接用svs文件进行下一步的处理也是可以的。但是如果您坚持要转为tif格式再做下一步处理的话,请前往文中的超链接下载,转换之后,文件可以被ASAP顺利打开原创 2020-11-27 14:19:53 · 4227 阅读 · 2 评论 -
ASAP标注无法保存解决方案
ASAP标注无法保存解决方案ASAP是一款专门用来标注病理切片的软件。使用ASAP进行标注通常需要导出为XML文件进行保存。上周和医生一起打标签的时候遇到了标注无法被保存的情况,提示“Annotations can not be saved”。最后排查问题发现是由于源文件放在了C盘,而默认保存到与源文件相同的路径中,刚好他的电脑C盘又只剩下几G了。之后换到一个有空间的硬盘下导出XML文件,成功保存,问题解决。我猜测尽管XML文件很小,但是导出过程中需要比较大的虚拟内存,所以当硬盘控件只有几G时会出现原创 2020-11-27 00:17:12 · 1368 阅读 · 8 评论 -
在Ubuntu18.04上安装Openslide和ASAP
本文总结了在Ubuntu18.04上安装Openslide和ASAP的步骤、方法和注意事项。Openslide是一个处理全视野的病理切片(WSI)的Python库,可以读取tif或svs格式的大切片图像,检测ROI,根据ROI将WSI切割成多个Patch。ASAP是一款专门为标注WSI而开发的软件,同样可以作为一个python的库在python中导入。原创 2020-11-23 18:19:50 · 1895 阅读 · 5 评论