生信小窝的博客

原创 【物种样点数据去冗余原理】为什么推荐 “ENMTools工具”筛选物种分布数据而非“缓冲区法”筛选分布数据

055B-27 原始数据计算与绘制高清AICc-Omission rate高清矢量图3-数据筛选与绘图之局部区域放大。055B-25 原始数据计算与绘制高清AICc-Omission rate高清矢量图1-原始图含义说明解读。055B-26 原始数据计算与绘制高清AICc-Omission rate高清矢量图2-数据计算与绘图。055B-19 中国分布区美化制图-竖图（加审图号）-世界范围掩摸提取制图为例。055B-20 中国分布区美化制图-竖图（加审图号）-中国范围为例。

原创 R包kuenm和ENMeval--你用对了吗？

该套课程特点：（1）采用最新版本R包，Kuenm支持分类变量（植被类型、土地类型等）和连续变量混合使用，早期版本默认全部作为连续变量导致结果不准确；（2）新版ENMeval（版本 v2.0.4）支持分类变量（植被类型、土地类型等）和连续变量混合使用，增加数据导出和多指标自定义制图内容。本教程旨在通过系统的培训学习，学员掌握最新版R包Kuenm和R包ENMeval的使用方法，以及分类变量数据和连续变量在Kuenm和ENMeval中混合使用的方法，结果解读和可视化制图。专题一 相关软件安装。

原创 068B-基于R语言平台Biomod2集成模型的物种分布模型构建和数据可视化教程【2027】

该套课程特点：（1）采用最新版本Biomod2-v4.2.6-2版本，模型数量更多内容更丰富；（2）利用R一键快速统一变量数据属性（数据精度、范围、坐标系）；（3）利用R一键快速对样点数据去冗余，解决ENMtool处理样点数据后数据变化问题；（4）支持模型bigBOSS自动调参优化模型参数，支持自定义MaxEnt（FC和RM）参数+其它模型自动调参，也支持默认参数建模；（5）优化参数，减少模型报错概率（常规数据可以使用12+个模型建模），解决Biomod2低版本痛点；（6）模型结果评估指标增加到14个，结果

原创 067B-基于R语言平台Biomod2模型的物种分布建模与数据可视化-高阶课程【2025】

该套课程具有以下特点：（1）采用最新版本Biomod2-4.2.5版本，模型数量更多内容更丰富；（6）伪不存在点不同生成方式、生成数量、以及伪不存在点导出Excel数据，解决Biomod2老版本伪不存在点制图问题；（7）可以流程化自动运行出图与导出数据；本教程旨在通过系统的培训学习，学员可以掌握Biomod2模型最新版本的使用方法，最新版包含12个模型（ANN, CTA, FDA, GAM, GBM, GLM, MARS, MAXENT, MAXNET, RF, SRE, XGBOOST）；

原创 生态位模型降重创新专题系列【2025

本内容旨在丰富最大熵模型的分析内容，并针对目前文章存在的问题：（1）分析内容单一，重复度高和查重率高，（2）建模流程过于简单，结果可信度评估方法过于单一等；由于教程资料刚推出，以下专题内容（专题二到专题九）目前国内中文查重率为0。补充说明：物种分布建模（SDM）和生态位建模（ENM）的区别。当强调估计物种的环境偏好，目的是寻找不同时间或空间中相似条件时，我们建议使用“ENM”。ENM的常见应用包括表征物种的完整地理分布，估计物种入侵的地理潜力，以及预测气候变化对物种分布的可能影响（本课程专题包含内容）。

原创 MaxEnt模型文章中存在的问题和处理方法（050B更新）2024.5.24

*问题二：**在做多时期建模时，很多文章会分开建模，导致会有多组当前的结果和多个AUC值，正确的做法应该是多个时期一次性完成建模（例如：当前，过去，未来2050和2070多个时期，应该一次性完成建模，所有结果文件都在一个文件夹中一次性生成）。050B-47 3个及3个以上物种适宜区叠加制图（该课程以052B-SDM工具为基础，无052B基础的不提供技术支持）050B-46 2个物种适宜区叠加制图（该课程以052B-SDM工具为基础，无052B基础的不提供技术支持）

原创 中国地图（2024版审图号地图）和地图变化说明

地图的正确使用至关重要，因为地图不仅具有实用性，更体现了国家的政治立场、外交态度和领土完整。因此，规范、正确地使用每一张地图，自觉维护国家领土和主权完整，避免对国家利益和民族尊严造成损害，是每一位公民的责任和义务。地图内容的丰富：新版地图不仅涵盖了中国地图，还包括了各洲地图、世界地图和我国的河流湖泊分布地图等多种类型地图，满足了公众使用者对多样化地图的使用需求。中印边界的争议地区：新版地图将以往与印度存在争议的阿克赛钦、藏南、洞朗等地区全部纳入中国领土，抹去了以往地图上边界未定的标注。

原创 系统进化分析中对DNA序列选择的基本要求

差异性指的是不同物种DNA序列之间的差异程度，而相似度则是指物种间DNA序列的相似程度。以全局比对为例，假设我们有两个物种A和B的DNA序列，通过全局比对算法，我们可以找出这两个序列之间的最佳匹配方式，并计算出它们之间的相似度得分。例如，在对鸟类进行系统发育分析时，研究者发现不同鸟类之间的DNA序列存在一定的差异性，但某些特定的基因区域（如控制羽毛颜色的基因）则表现出较高的相似度。通过对不同物种的DNA序列进行比对，可以找出它们之间的相似性和差异性，进而推断出物种之间的进化关系。

原创 Maxent模型---bias files文件制作方法：

请注意，这些步骤提供了一个基本的框架，但具体的操作步骤可能因ArcGIS版本、Maxent版本和数据特性的不同而有所变化。因此，在实际操作中，请确保参考ArcGIS和Maxent的官方文档，并根据你的具体情况进行适当的调整。此外，采样偏差的处理是一个复杂的问题，可能需要进一步的数据分析和模型验证来确保结果的准确性和可靠性。

原创 Biomod2结果预览（部分结果草图预览）

原创 基于R语言平台Biomod2模型的物种分布建模与可视化分析

!](https://img-blog.csdnimg.cn/84e1cc8c7f9b4b6ab60903ffa17d82f0.jpeg#pic_center)

原创 基于R语言平台Biomod2模型的物种分布建模与可视化分析

本次培训旨在通过系统的培训学习，学员可以掌握Biomod2模型的使用方法，包括数据的获取、建模、调参和数据可视化等，学员可以自行操作分析数据完成自己的课题研究。关于生态位模型，目前常用的有Biomod2、GARP、MAXENT和climex等，由于Biomod2的操作需要在R平台中完成，操作流程复杂，所以对于初学者有较大难度，往往需要系统的培训才能掌握。【会议时间】：2023年12月17日 （早上：9:00-12:00 下午：2:30-5:00）1.2 R软件和biomod2包安装（安装报错说明）

转载 GARP生态位模型数据分析建模-2023第一期

目前主流的生态位模型软件有MAXENT、GARP、climex和biomod2等，其中MAXENT模型近三年的见刊文章数量在1555篇以上，而GARP模型相关文章近三年的见刊数量不足20篇。知识点11 GARP参数设置和分析2-软件Rule types（规则类型）分析。知识点12 GARP参数设置和分析2-Rule types结果解读和选择。知识点8 GARP-采用基础参数预测结果解读和制图。知识点10 GARP参数设置和分析1-数据结果解读。知识点17 个性化制图2-制图数据准备和说明。

原创 056B R包ENMeval教程-基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参和结果评价制图(更新)

056B-12 基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参-脚本参数调整。056B-7 基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参-注意事项说明。056B-9 基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参-结果解读说明。056B-10 基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参-结果制图1。056B-11 基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参-结果制图2。056B-8 基于R包ENMeval对MaxEnt模型优化调参-过程演示。056B-15 关于结果质量的补充说明。

原创 050B 基于最大熵模型软件（MaxEnt）和ArcGis地理系统的分布区（适生区）预测基础教程 更新2022-12

050B 基于最大熵模型软件（MaxEnt）和ArcGis地理系统的分布区（适生区）预测基础

原创 058B--GARP生态位模型分布区预测高阶教程------ 2022-10

GARP生态位模型分布区预测高阶教程

原创 关于maxent报错的解决办法-have different geographic dimensions； 海拔-土壤-19个气候因子等混合使用时MaxEnt报错解决方法

关于maxent报错的解决办法，have different geographic dimensions；海拔-土壤-19个气候因子等混合使用时MaxEnt报错解决方法

原创 中国行政区划shp地图数据-2022最新数据预览图

中国行政区划shp地图数据-2022最新数据预览图

原创 050B 基于最大熵模型软件（MaxEnt）和ArcGis地理系统的分布区（适生区）预测教程

050B 基于最大熵模型软件（MaxEnt）和ArcGis地理系统的分布区（适生区）预测教程

原创 CLIMEX生态位模型教程更新2022-08-18

climex生态位模型学习

原创 CLIMEX生态位模型教程更新2022-08

CLIMEX生态位模型数据分析制图流程

原创 利用R快速下载和筛选GBIF物种分布数据

利用R快速下载和筛选GBIF物种数据

原创 061B CLimex生态位模型教程

CLimex生态位模型使用方法及其最新文献解读，写作技巧指导。

原创 050B-基于最大熵Maxent-ArcGis地理分布预测教程更新内容发布-2022-06

050B-31 基于3种不同方法划分适生等级的说明及参考资料讲解050B-32 基于MTSPS (maximum test sensitivity)划分适生等级操作方法演示050B-33 关于Suitable habitat index,SHi参数说明主要更新内容：提供新的适生等级划分方法和最新中英文参考资料，解决因适生等级划分原因被巨的问题。已更新完整内容：050B-1 软件-数据-地图-文献下载-持续更新050B-2 MaxEnt最大熵分布预测软件的下载安装050B-3 ArcGis10.

原创 DesktopGarp软件安装包及其安装报错解决办法

主要内容如下：1.软件安装包2.软件安装报错解决办法3.软件使用分析制图教程视频文件

原创 055B ENMTools教程-基于R语言对MaxEnt模型优化调参教程 2022.01.03更新

055B-1 软件-文献-数据等055B-2 ENMTools软件下载安装055B-3 R软件和工具包安装055B-4 生物气候因子的精度说明与选择方法（理论课程）055B-5 利用R批量将TIF栅格数据转为ASC数据055B-6 基于ENMTools筛选分布数据（避免过拟合）055B-7 基于ENMTools对气候因子的相关性分析055B-8 MaxEnt软件参数含义说明-参数优化内容（理论课程）055B-9 基于R语言（脚本说明）拆分数据-准备工作实操055B-10 MaxEnt模型优

原创 marxan系统保护规划教程更新-2021.10

059A-01 教程附带资料（软件+数据+参考文献+实验方法等）059A-02 基础理论课程-模型介绍等059A-03 软件分析流程（技术路线）说明059A-04 Marxan软件下载和官网介绍059A-05 ArcGIS软件安装和参数设置059A-06 Marxan数据分析流程说明059A-07 矢量地图文件说明和处理实操演示059A-08 PU成本数据文件处理-土壤面积单因素成本实例059A-09 PU成本数据文件处理-海拔高度单因素成本实例059A-10 PU成本数据文件处理-人口数

原创 055B ENMTools教程-基于R语言对MaxEnt模型优化-MaxEnt调参教程--更新日期2021-9

055B-1 视频附带资料下载和密码：软件-数据-文献下载-持续更新055B-2 ENMTools软件下载安装055B-3 R软件和工具包安装055B-4 生物气候因子的精度说明与选择方法（理论课程）055B-5 利用R批量将TIF栅格数据转为ASC数据055B-6 基于ENMTools筛选分布数据（避免过拟合）055B-7 基于ENMTools对气候因子的相关性分析055B-8 MaxEnt软件参数含义说明-参数优化内容（理论课程）055B-9 基于R语言（脚本说明）拆分数据-准备工作实操

原创 059A Marxan系统保护区规划教程

059A-01 教程附带资料059A-02 基础理论课程-模型介绍等059A-03 Marxan软件下载和官网介绍059A-03-1 ArcGIS软件安装和参数设置059A-04 Marxan数据分析流程说明059A-05 矢量地图文件说明和处理实操演示059A-06 PU成本数据文件处理-单因素成本实例059A-07 Puvspr文件制备方法演示和注意事项说明059A-08 栅格文件坐标系转换实操教程059A-09 输入数据bound.dat文件的制备教程和参数说明059A-10 输入

原创 环境数据-全球中国土壤数据资源下载和提取教程

资源下载链接：http://lucky-boy.ys168.com/中国土壤数据精度30S栅格TIF数据可转ASC ：T_ECE: Real (电导率)中国土壤数据精度30S栅格TIF数据可转ASC ：T_ESP: Real (可交换钠盐)中国土壤数据精度30S栅格TIF数据可转ASC ：T_CASO4: Real (硫酸盐含量)中国土壤数据精度30S栅格TIF数据可转ASC ：T_CACO3: Real (碳酸盐或石灰含量)中国土壤数据精度30S栅格TIF数据可转ASC ：T_TEB: Real

原创 053B 土壤数据的下载提取与单位说明教程

053B-1 附带数据资料下载053B-2 全球土壤原始数据的下载和页面说明053B-3 土壤因子提取与保存实操教程-上053B-4 土壤因子提取与保存实操教程-下053B-5 土壤因子提取结果转格式实操教程053B-6 不同土壤因子单位说明土壤因子是影响多数物种生长分布的重要因素，也是目前文章中常用的变量数据，因此做动植物适宜性的研究非常有必要加入土壤变量，例如土壤PH，土壤质地类型，有机碳含量，水含量，碳酸盐等因子。数据下载链接：http://lucky-boy.ys168.com.

原创 土壤因子-中国和世界土壤因子数据说明和下载链接

中国土壤类型空间分布数据，数据来源于Hamonized World Soil Database (version 1.1), 2009年，数据联合国粮农组织（FAO）和维也纳国际应用系统研究所(IIASA)所构建的世界土壤数据库(Harmonized World Soil Database version 1.1 )(HWSD). 中国境内数据源是中科院所土壤所提供的1：100万土壤数据。 该数据可为建模者提供模型输入参数,农业角度可用来研究生态农业分区,粮食安全和气候变化等。数据格式:img栅格格式，投

原创 058B GARP生态位模型分布区预测高阶教程

058B-2 需要软件和数据准备说明058B-3 GARP软件安装方法和说明058B-4 环境数据格式说明和处理058B-5 GARP所需数据处理与文件生成058B-6 物种分布数据格式说明和处理058B-7 GARP-采用基础参数设置来预测分布区教程058B-8 GARP-采用基础参数预测结果解读和制图058B-9 GARP参数设置和分析1-基于刀切法分析选择环境因子058B-10 GARP参数设置和分析1-数据结果解读058B-11 GARP参数设置和分析2-软件Rule types（

原创 MaxEnt生态位模型课程大纲

课程 主要内容专题一：文章解读和MaxEnt模型介绍2020-2021最新中文核心文章分析写作内容解读；MaxEnt生态位模型软件介绍；专题二：软件安装和参数配置MaxEnt软件下载安装；ArcGIS软件安装和参数设置；ENMtool软件安装；R软件的安装；专题三：数据文件准备和处理物种分布数据的获取途径和处理方法介绍；Wordclim网站环境数据介绍和下载方法；常用生物环境变量数据的获取途径和处理方法介绍；基础地图数据的获取途径介绍；专题四：基于MaxEnt建模预测

原创 GARP生态位模型分布区预测教程

GARP生态位模型分布区预测教程058B-1 需要软件和数据准备说明058B-2 GARP软件安装方法和说明058B-3 环境数据格式说明和处理058B-4 GARP所需数据处理与文件生成058B-5 物种分布数据格式说明和处理058B-6 软件界面说明058B-7 GARP参数设置和分析1-基于刀切法分析选择环境因子058B-8 GARP参数设置和分析1-数据结果解读058B-9 GARP参数设置和分析2-软件Rule types（规则类型）分析058B-10 GARP参数设置和分析2

原创 ENMTools教程-基于R语言对MaxEnt模型优化-MaxEnt调参教程-更新于2021.2.28

ENMTools教程-基于R语言对MaxEnt模型优化-MaxEnt调参教程055B-2 ENMTools软件下载安装055B-3 R软件和工具包安装055B-4 生物气候因子的精度说明与选择方法（理论课程）055B-5 利用R批量将TIF栅格数据转为ASC数据055B-6 基于ENMTools筛选分布数据（避免过拟合）055B-7 基于ENMTools对气候因子的相关性分析055B-8 MaxEnt软件参数含义说明-参数优化内容（理论课程）055B-9 基于R语言（脚本说明）拆分数据-准备

原创 SDMtool工具使用教程-基于最大熵Maxent-ArcGis地理分布预测高级分析内容 更新于2021.2.28

052B-2 SDMtool工具下载安装与设置（高阶个性化分析课程）052B-3 分析所需数据准备与说明（高阶个性化分析课程）052B-4 不同时期物种适生区的变化比较与面积变化分析教程-1052B-5 不同时期物种适生区的变化比较与面积变化分析教程-2052B-6 不同时期物种适生区的变化比较与面积变化分析教程-3052B-7 不同时期物种适生区的变化比较与面积变化分析教程-4052B-8 分析结果文件说明与解读052B-9 分析结果制图与美化052B-10 质心转移基础知识讲解052B

原创 基于最大熵Maxent-ArcGis地理分布预测教程

基于最大熵Maxent-ArcGis地理分布预测教程050B-2 MaxEnt最大熵分布预测软件的下载安装050B-3 ArcGis10.2软件的下载安装和参数设置-附带软件包（V3版）050B-4 ArcGis10.4软件的下载安装和参数设置-附带软件包催）050B-5 基于MaxEnt和ArcGis地理分布于测的科学分析流程介绍（V3版）050B-6 Wordclim环境数据下载说明-末次盛冰期-当前和未来气候数据（V3版）050B-7 物种分布数据预处理与格式说明（V3版）050B-8

原创 Ntsys软件教程-PAUP软件教程之基于01矩阵数据建树分析

025-026 利用01矩阵构建系统进化树：025-1 基于01矩阵分析所需软件安装方法和电脑设置025-2 基于PAUP对01矩阵聚类分析-（数据预处理）025-3 基于PAUP对01矩阵聚类分析-（建树分析）025-4 基于PAUP对01矩阵聚类分析-（树图编辑美化处理）026-1 基于Ntsys对01矩阵聚类分析-（数据预处理1）026-2 基于Ntsys对01矩阵聚类分析-（数据预处理2）026-3 基于Ntsys对01矩阵聚类分析-（物种相似度计算）026-4 基于Ntsys对01

原创 分子系统学-多序列比对和系统进化分析教程

分子系统学-多序列比对和系统进化分析003-1 MAFFT多序列比对教程-本地版003-2 MAFFT多序列比对教程-在线版003-3 序列格式转换工具-推荐使用003-4 Jmodeltest模型计算方法与说明004-1 多基因序列快速联合（拼接）与格式转换-软件SequenceMatrix004-2 多基因序列快速联合（拼接）详细版-SequenceMatrix004-3 贝叶斯多基因片段联合分区建树（分区设定模型）005-1 MEGA置根-修改树图标尺-显示分枝长度-自举值显示方式等设