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一些小操作
weixin_41783077
这个作者很懒,什么都没留下…
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画轮廓曲线
def test_single_volume(image, label, net, classes, patch_size=[256, 256], test_save_path=None, case=None, z_spacing=1): image, label = image.squeeze(0).cpu().detach().numpy(), label.squeeze(0).cpu().detach().numpy() if len(image.shape) == 3: .原创 2021-05-03 15:20:09 · 555 阅读 · 1 评论 -
读取医学图像
import numpy as npimport osfrom keras.backend.tensorflow_backend import set_sessionfrom random import randint,shuffleimport nibabel as nibdef read_file_list(domain='source'):# train_path = './dataset/train_info_part.csv' train_path = 'E:\\Wi.原创 2021-04-21 23:42:13 · 377 阅读 · 1 评论 -
python pyplot画多条折线图
from matplotlib import pyplotimport matplotlib.pyplot as pltfrom matplotlib.ticker import FuncFormatterpyplot.figure(figsize=(6, 4.5))plt.style.use( 'seaborn-whitegrid') palette = pyplot.get_cmap('Set1')#plt.rcParams['font.family'] = ['Times New Rom.原创 2020-12-06 14:51:57 · 4664 阅读 · 0 评论 -
python画ROC曲线如何画的好看
import numpy as npfrom sklearn.metrics import confusion_matrix, accuracy_score,f1_score,roc_auc_score,recall_score,precision_scorefrom sklearn import metricsfrom matplotlib import pyplotstyles=['fivethirtyeight', 'dark_background', 'bmh', 'classi.原创 2020-05-28 22:18:10 · 3732 阅读 · 3 评论 -
多分类任务混淆矩阵(python代码实现)
from sklearn.metrics import confusion_matriximport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as npdef plot_confusion_matrix(cm, result_path, title='Confusion Matrix'): plt.figure(figsize=(4, 4), dpi=300) np.set_printoptions(precision=2) # 在混淆.原创 2020-05-27 17:42:11 · 6873 阅读 · 0 评论 -
python画小猪佩奇——给最爱的人一份甜甜的温暖
今天是2020年1月17日,农历小年。在公司完成了今天的工作,但还要一个小时才能下班。好久没写博客了,今天为大家提供一个画小猪佩奇的python代码。代码运行后是画的过程展示,以下是几个画的过程及最终结果图:接下来上代码:import turtle as t'''t.pu() 提起画笔t.pd() 移动时绘制图形,缺省时也为绘制t.seth 设置当...原创 2020-01-17 17:03:39 · 861 阅读 · 1 评论 -
python画ROC曲线
import numpy as npfrom sklearn import metrics from matplotlib import pyplotpath = "PFS3_val_result.csv"with open(path, 'r') as f: file_list = f.read() file_list = file_list.split('\n')[1...原创 2020-01-08 10:08:22 · 515 阅读 · 0 评论 -
AUC,准确率,敏感性,特异性计算
import numpy as npfrom sklearn.metrics import confusion_matrix,accuracy_score,f1_score,roc_auc_score,recall_score,precision_scoredef calculate_metric(gt, pred): pred[pred>0.5]=1 pred[p...原创 2020-01-08 10:05:20 · 9516 阅读 · 4 评论 -
PyTorch 的一些小trick
目录: 指定GPU编号 查看模型每层输出详情 梯度裁剪 扩展单张图片维度 独热编码 防止验证模型时爆显存 学习率衰减 冻结某些层的参数 对不同层使用不同学习率 1、指定GPU编号 设置当前使用的GPU设备仅为0号设备,设备名称为/gpu:0:os.environ["CUDA_VISIBLE_DE...原创 2019-08-27 17:03:24 · 483 阅读 · 0 评论 -
从PDF中批量提取图片(Python实现)
作为医学图像处理大军中的一员,大家都知道MICCAI论文2018年MICCAI论文分为4个pdf合集,平均每个合集100多M想从中提取出图片来看,发现网上在线提取的网站一般只能上传2M以下的文件,要传2M以上的要充会员这就很不爽了,于是我决定自己写代码搞首先需要安装个pymupdf:pip install pymupdf然后运行以下代码就行:import fitz...原创 2019-08-14 23:36:04 · 5129 阅读 · 6 评论 -
auc计算 python实现
import numpy as npfrom sklearn.metrics import roc_auc_scorey_pred=np.array([ 0.14554659, 0.03533667, 0.29994351, 0.48392016, 0.5657261 ,0.65832479, 0.69833894, 0.7236181 , 0.84575142, 0.94...原创 2018-11-28 21:53:56 · 1992 阅读 · 0 评论 -
python实现图像字符化
这次又带来一个关于python的小操作哈首先什么是图像字符化呢,就是将一幅图片用各种字符进行显示,下面是个例子: → 看起来蛮高大上的样子,其实很容易实现啦,代码如下:# 导入模块from PIL import Image# 转换函数def convert(img): # 要索引的字符列表 ascii_char = list("$@...原创 2018-11-11 20:53:50 · 1922 阅读 · 0 评论 -
dice系数作为损失函数的网络模型如何加载(ValueError: Unknown loss function:dice_coef_loss)
使用深度学习做医学图像分割时,经常会用dice系数作为损失函数。定义的方式网上有很多就不讲了,但在加载时经常遇到麻烦。使用keras时,一般用load_model()函数加载模型,但无法直接加载dice系数作为损失函数的模型,如果强行加载会报以下的错误:ValueError: Unknown loss function:dice_coef_loss怎么解决这个问题呢,其实很简单。...原创 2018-11-06 16:39:38 · 13590 阅读 · 14 评论 -
ipynb文件转py文件
在.ipynb文件的文件夹下打开cmd终端然后输入: jupyter nbconvert --to script *.ipynb 就能把当前文件夹下面的所有的.ipynb文件转化为.py文件原创 2018-11-03 11:24:22 · 4769 阅读 · 0 评论